정부출연 연구기관이 취득한 토지를 고유업무에 사용하고 있는지 여부 및 정당한 사유가 있는지(경정)

[주 문] 처분청이 2000.6.16. 청구인에게 부과고지한 취득세 871,884,000원, 농어촌특별세 31,484,700원, 등록세 174,376,800원, 교육세 3,969,080원, 합계 1,081,714,580원(가산세 포함)은 취소하고, 나머지 종합토지세 등에 대한 심사청구는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ㅇㅇ연구기지를 건설할 목적으로 ㅇㅇ시 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 토지 2,155,041㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 1996.6.29. 및 1997.3.25.에 각각 취득한 후 정당한 사유없이 유예기간내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로, 면제한 취득세 등의 추징대상에 해당될 뿐만 아니라 법인의 비업무용 토지에도 해당된다고 보아, 그 취득가액(4,843,800,000원)에 구지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 871,884,000원, 농어촌특별세 31,484,700원, 등록세 174,376,800원, 교육세 3,969,080원, 합계 1,081,714,580(가산세 포함)과 1998년 및 1999년 2개년도분 종합토지세 22,434,970원, 교육세 4,486,980원, 농어촌특별세 1,373,930원, 합계 28,295,880원을 2000.6.16. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 정부출연연구기관등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률의 적용을 받는 연구기관으로서, 이건 토지는 1990년 당시 핵폐기물 처리장 건설 후보지로 지정되어 과학기술처가 제3자 명의로 취득하였던 것을 계획 취소후 청구인이 취득하도록 하였던 토지로서, 이건 토지 취득후 관측탑 2곳과 관측탑으로 오르는 계단과 태양광 발전시스템을 설치하여 연구용에 사용하고 있으므로 고유업무에 사용하고 있는 부동산에 해당될 뿐만 아니라, 당초 취득목적대로 ㅇㅇ연구지기 건설을 하지 못한 것은 예산배정을 받지 못한데에 원인이 있는 것으로, 정부의 예산지원을 받아 연구업무를 수행하는 청구인의 특성상 이와 같이 예산배정을 받지 못해 기지 건설공사를 하지 못한 것은 정당한 사유가 있는 경우에도 해당된다 할 것이므로, 처분청의 이건 부과처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 정부출연 연구기관이 취득한 토지를 고유업무에 사용하고 있는지 여부 및 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구지방세법 제112조제2항, 구지방세법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항 본문 및 제1호에서 법인이 토지를 취득한 날부터 1년내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 같은법 제290조제1항본문 및 제18호에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상 제외)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제하지만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 사용하지 아니하거나 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 정부출연연구기관등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률에 의하여 설립된 연구기관으로서, 당초 ㅇㅇ연구기지를 건설할 목적으로 1996년 및 1997년에 부지를 매입하고 1998년부터 토목공사 등에 착수하기로 계획하고, 그 계획에 따라 국가로부터 1996년 및 1997년에 부지매입비(5,850백만원)를 지원받아 이건 토지를 취득한 후 1998.4.27.에 관측탑을 설치하고, 1999년 및 2000년에 태양광발전시스템과 조절계단(해안에서 섬 정상에 위치한 관측탑에 오를 수 있도록 설치한 조립식 계단)을 설치하였으나, 그후 예산 미배정으로 인하여 본격적인 임해연구기지 건설은 이루어지지 않고 있음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있고, 처분청은 유예기간이 경과하고서야 기상관측탑을 설치하였고, 송수신시설이 없어 사용이 불가능한 상태이었으며, 예산의 경우에도 부지매입비중 일부 부지매입비 잔액을 실시설계 등의 용도로 변경하였음에도 이를 집행하지 않았으며, 그후 예산요구액도 형식적인 요구에 그쳤던 점을 볼 때, 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 볼 수 없다고 하여 이건 부과처분을 하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 보면, 청구인은 유예기간을 경과하고서야 이건 토지중의 극히 일부에 관측탑과 진입계단 등을 설치하여 사용하고 있으나, 이러한 관측탑 등을 설치 사용하고 있다고 하여 이건 토지 전체(2,155,041㎡)를 고유업무에 사용하는 토지로 인정하기는 어렵다 하겠으나, 청구인의 경우 당초 ㅇㅇ연구기지 건설계획에 따라 1997년까지 이건 토지를 예산지원을 받아 취득하였지만, 그후 청구인의 계속적인 예산신청에도 불구하고 관련부처의 사업보류로 인하여 예산지원을 받지 못해 현재까지 본격적인 임해연구기지 건설이 이루어지지 않고 있으며, 처분청은 청구인의 예산 요구가 형식적인 요구에 불과하다고 주장하지만 설계비 364백만원만 예산신청을 하였다고 하여 이를 형식적인 예산요구라고 보기는 어렵다 하겠으므로, 청구인이 이건 토지를 취득목적대로 사용하지 못하고 있는 주요 원인은 예산의 지원을 받지 못한 데에 기인한다 할 것이고, 청구인은 모든 사업예산을 정부로부터 지원받아 운영하고 있는 정부출연연구기관이라는 특수성을 고려할 때, 이러한 사유는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 보는 것이 타당하다(같은 취지의 대법원판결 1984.3.13. 83누121) 하겠으므로, 처분청이 이건 토지에 대해 감면하였던 취득세 등을 추징하고, 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분은 잘못이라 하겠으나, 종합토지세의 경우에는 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하고 있지 않는 이상, 정당한 사유가 있는지 여부에 관계없이 감면대상에 해당되지 않는다 할 것이므로 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 8. 29. 행 정 자 치 부 장 관