1999.8.31. 조세특례제한법 개정이전에 창업한 중소기업이 법개정이후에 취득한 부동산에 대하여 개정후의 법령에 따라 감면할 수 있는지(취소)

[주 문] 처분청이 2000.1.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 18,000,000원, 농어촌특별세 1,650,000원, 등록세 16,875,000원, 교육세 3,375,000원, 합계 39,900,000원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.11.15. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 공장용지 1,226.2㎡ 및 그 지상건축물 361.02㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 1999.11.16. 조세특례제한법 제119조제3항의 규정에 의거 등록세 감면신청을 함에 따라 등록세를 감면하였다가 청구인이 영위하고 있는 지정폐기물재생처리업은 기술집약형 창업중소기업에 해당되지 않는다고 보아, 이건 부동산의 취득가액(750,000,000원)에 지방세법 제112항제1항 및 제131조제1항제3호2목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 18,000,000원, 농어촌특별세 1,650,000원, 등록세 16,875,000원, 교육세 3,375,000원, 합계 39,900,000원을 2000.1.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1999.7.15. 농어촌지역외의 지역에서 지정폐기물재생처리업(폐드럼재생)을 영위하고자 사업자등록증을 발부 받았으나, 그 당시에는 취득한 재산이 없어 사업을 영위하지 아니하고 있다가 1999.11.15. 이건 부동산을 취득하여 사업을 준비중에 있는 바, 이건 부동산을 취득하기 전인 1999.8.31. 조세특례제한법이 개정되어 개정된 법규정을 적용할 경우 취득세 및 등록세의 전액 감면대상에 해당됨에도 1999.8.31. 이전에 창업하였다하여 개정전의 법규정을 적용하여 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 1999.8.31. 조세특례제한법 개정이전에 창업한 중소기업이 법개정이후에 취득한 부동산에 대하여 개정후의 법령에 따라 감면할 수 있는지여부에 있다. 조세특례제한법 제6조제1항의 규정이 1999.8.31.(법률 제5996호로 개정)개정되기 전에는 농어촌지역에서 창업한 중소기업과 농어촌지역외의 지역에서 창업한 기술집약형중소기업을 감면대상으로 하였으나, 1999.8.31. 이후에는 감면대상을 수도권외의 지역에서 창업한 중소기업으로 규정하였고, 같은법 제119조제3항 및 제120조제3항에서는 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대한 취득세와 등록세의 감면비율을 1999.8.31. 이전에는 100분의 75로 규정하였다가, 개정된 후에는 전액 면제하도록 규정하였으며, 그 개정법률 부칙 제10조에서 제119조 내지 제121조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으나, 같은 부칙 제12조제1항에서는 이 법 시행당시 종전의 제6조 및 제63조의 규정을 적용받던 중소기업에 대하여는 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있다. 청구인의 경우를 보면, 청구인은 지정폐기물재생처리업을 영위하기 위하여 농어촌외의 지역인 ㅇㅇ시ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재에서 1999.7.15.에 창업한 중소기업으로서 1999.11.15. 이건 부동산을 취득하였으나, 지정폐기물재생처리업은 기술집약형업종에 포함되지 아니하므로, 처분청은 조세특례제한법에서 창업중소기업에 대한 감면규정을 1999.8.31. 개정전의 규정을 적용하여 이건 부동산에 대한 취득세 등을 부과 고지한 사실을 관련자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인이 이건 부동산 취득 당시 조세특례제한법의 규정에 의하여 이건 부동산은 취득세 및 등록세의 감면대상에 해당된다고 주장하는데 대하여 보면, 1999.8.31. 조세특례제한법이 개정되면서 수도권외의 지역에서 창업한 중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세 및 등록세를 전액 면제하도록 규정하였는 바, 이와 같이 납세자에게 유리하게 법령이 개정된 경우 개정된 법령을 적용하는 것이 합리적이라 하겠으며, 또한 개정된 조세특례제한법의 부칙 제10조에서 “제119조 내지 제121조의 개정 규정은 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용”하도록 명문으로 규정하고 있으므로, 비록 이건의 경우 조세특례제한법이 개정되기 전에는 감면대상에 해당되지 아니하였다 하더라도 이건 부동산 취득당시에는 감면대상에 해당됨이 분명한 이상 취득세 등 감면대상으로 봄이 마땅하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 8. 29. 행 정 자 치 부 장 관