설립등기를 한 후 구조조정전문회사 등록을 한 경우 그 설립 등기가 등록세 중과제외 대상인지(취소)

[주 문] 처분청이 2000.5.15. 청구인에게 부과고지한 등록세 28,800,000원, 교육세 5,280,000원, 합계 34,080,000원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 3 처분청은 청구인이 1999.10.21. 기업구조조정전문회사를 설립할 목적으로 설립등기를 하면서 그 자본금을 과세표준으로 하여 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였으나, 청구인이 법인설립 등기 당시에는 산업발전법의 규정에 의하여 구조조정전문회사로 등록되어 있지 않았으므로, 그 설립등기는 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아, 그 불입 자본금에 지방세법 제138조제1항제1호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 28,800,000원, 교육세 5,280,000원, 합계 34,080,000원(가산세 포함)을 2000.5.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 산업발전법 제14조의 규정에 의한 사업을 영위하고자 법인설립 등기를 한 후 산업자원부에 구조조정전문회사 등록신청을 하여 등록을 하였는 바, 구조조정전문회사 등록신청을 하기 위해서는 먼저 법인설립 등기를 하고, 등기부등본과 정관을 첨부하여 등록신청을 하여야 하는 것으로, 이와 같이 산업발전법에 의하여 등록한 구조조정전문회사에 대하여는 등록세 중과대상에서 제외하도록 지방세법상 규정하고 있는데도, 처분청은 법인설립등기 당시에는 등록이 되어 있지 않다고 하여 설립 등기에 대해 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 설립등기를 한 후 구조조정전문회사 등록을 한 경우 그 설립 등기가 등록세 중과제외 대상에 해당하는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조제1항 본문 및 제1호, 구지방세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16673호로 개정되기 전의 것) 제101조제30호 및 제102조제1항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역(산업단지 제외)내에서의 법인의 설립(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우 포함)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기에 대하여는 등록세를 중과세하지만, 산업발전법에 의한 구조조정전문회사가 그 설립목적을 위하여 영위하는 사업에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인이 1999.10.22. 구조조정 대상기업에 대한 투자, 구조조정 대상기업의 인수 등을 목적사업으로 하여 법인설립 등기를 한 후, 같은해 11.2. 산업자원부장관에게 기업구조조정 전문회사 등록신청을 하여, 같은해 12.22. 등록증을 교부받았으며, 처분청은 법인설립등기 당시에는 구조조정전문회사로 등록되어 있지 않았으므로 등록세 중과세 제외대상에 해당되지 않는다고 보아 등록세를 중과세하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 보면, 구지방세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16673호로 개정되기 전의 것) 제101조제30호에서 등록세 중과제외 업종으로 “산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사”라고 규정하고 있고, 산업발전법 제14조제1항에서 “제2호 및 제3호의 사업을 포함한 2이상의 사업을 전업으로 영위하는 회사로서 이 법에 의한 지원을 받고자 하는 자는 산업자원부장관에게 등록하여야 한다”는 규정에 비추어 볼 때에도, “기업구조조정전문회사”라 함은 산업발전법 제14조제1항 각호에서 규정하고 있는 사업중 2이상의 사업을 전업으로 영위하는 회사를 말하는 것이고, 기업구조조정전문회사로 등록하는 것은 산업발전법에 의한 지원을 받기 위한 요건에 불과하다고 보아야 할 것이며, 또한 산업발전법의 규정에서 기업구조조정전문회사로 등록하기 위하여는 상법상의 주식회사로서 납입자본금이 30억원 이상이 되어야 하고, 등록신청시 법인등기부등본과 정관, 사업계획서를 제출하여야 하는 절차를 볼 때, 법인설립등기가 선행되어야 등록이 가능하며, 이렇게 설립등기를 먼저 하였다 하여 이를 중과세하는 것은 기업구조조정전문회사가 영위하는 사업에 대해 등록세 중과세를 배제하는 입법취지에도 어긋나므로, 청구인의 경우와 같이 산업발전법 제14호제1항에서 규정하고 있는 사업을 영위하기 위해 법인설립 등기를 하고 그후 산업자원부장관에게 등록한 경우에는 그 설립등기에 대하여 등록세 중과세 대상에서 제외된다고 보아야 할 것인데도, 처분청이 설립등기 당시 산업발전법에 의하여 기업구조조정전문회사로 등록되어 있지 않다고 하여 그 설립등기에 대해 등록세를 중과세한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 7. 25. 행 정 자 치 부 장 관