건축물이 등록세 추징대상에 해당되는지(취소)

[주 문] 처분청이 1999.9.10. 청구인에게 부과고지한 등록세 8,253,690원, 교육세1,513,170원, 합계 9,776,860원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 유치원 사업을 목적으로 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재 토지 716.5㎡(이하 “이건 토지”라 한다) 및 지상건축물 595.5㎡(이하 “이건 건축물”이라 하고, 이건 토지와 합하여 “이건 부동산”이라 한다)를 1994.6.27. 취득하고, 1996.4.15.과 1996.7.9.에 등기한데 대하여 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 등기일로부터 3년이내인 1998.3.18. ㅇㅇㅇ 외 1인에게 이건 부동산을 매각하였으므로 비과세된 등록세의 추징대상으로 보아 이건 부동산의 취득가액(427,423,092원)에 지방세법 제131조제1항제3호2목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 15,387,220원, 교육세 2,820,980원, 합계 18,208,200원(가산세 포함)을 부과고지하였고, 청구인이 이에 불복, 이의신청을 제기하자, 이의신청결정청에서는 이건 부동산중 토지부분은 등록세 추징대상에서 제외되는 정당한 사유가 있다고 보아 등록세 8,253,690원, 교육세 1,513,170원, 합계 9,766,860원(가산세 포함)으로 1999.12.27. 경정결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 등록세 등의 부과처분에 대한 취소를 구하면서 그 이유로 처분청에서는 청구인이 등기일로부터 3년이상 이건 부동산을 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 등록세를 추징하였으나, 청구인은 1994.4.4. 이건 부동산을 분양받아 1994.6.27. 잔금을 지급하기 이전인 1994.6.22.부터 유치원으로 사용해 오다가 토지의 경우 토지공사의 토지구획정리가 늦어져 1996.7.9. 등기를 이행하였고, 건물의 경우에는 1996.4.15. 등기를 이행한 것으로 1997.12.31. 유치원을 폐업할 때까지 3년 6개월간 목적사업에 사용한 후, 1998.2.28. ㅇㅇㅇ외 1인에게 이건 부동산을 매각하였고, 이건 부동산을 양수받은 위 ㅇㅇㅇ이 유치원설립자 변경을 하여 현재 유치원을 운영하고 있는데도 처분청에서 등록세를 추징하는 것은 부당하며, 이의신청결정청에서도 이건 부동산중 토지에 대하여만 등록세 부과처분을 취소하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건에 대한 심사청구는 이건 건축물이 등록세 추징대상에 해당되는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 그 제1호에서 ”제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 등기“라고 규정하고, 같은법시행령 제79조제1항에서 ”법 제107조 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다“라고 규정한 다음, 그 제2호에서 ”학교법에 의한 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체“라고 규정하고 있다. 다음으로 이건의 경우를 보면, 청구인은 1994.4.4 이건 부동산을 분양받아(1994.6.27. 잔금지급) 1994.6.22.부터 유치원설립인가를 받아 유치원으로 사용해 오다가 1997.12.31.자로 유치원을 폐업하고 1998.2.28. ㅇㅇㅇ외 1인에게 이건 부동산을 매각하였으며, 이건 부동산에 대한 등기는 건축물의 경우 1996.4.15에, 토지의 경우에는 1996.7.9. 이행하였음을 제출된 증빙자료를 통하여 확인할 수 있다. 이에 대하여 처분청에서는 청구인이 이건 부동산을 등기일부터 3년이상 목적 사업에 사용하지 아니하고 매각하였으므로 지방세법 제127조제1항의 단서규정에 의한 등록세의 추징대상에 해당된다고 보아 등록세 등을 부과하였고, 이의신청결정청에서는 이건 부동산중 토지부분은 등기가 지연된 정당한 사유가 인정되므로 등록세 추징대상에서 제외되지만, 이건 건축물은 달리 정당한 사유가 없다고 보아 이건 등록세 부과처분을 경정하였으나, 비영리사업자에 대한 등록세의 비과세 및 추징에 대한 규정인 지방세법 제127조제1항을 보면, 비영리사업자가 부동산을 등기일부터 유예기간(3년)내에 당해 사업에 사용하지 아니하는 경우에 등록세를 추징한다고 규정하고 있을 뿐, 등기일부터 3년이상 당해 사업에 사용하지 아니하고 매각한 경우에 등록세를 추징하도록 규정하고 있지 아니하므로 유예기간내에 부동산을 당해 목적사업에 사용한 경우에는 추징대상에서 제외된다 할 것인 바(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2000-177호, 2000.3.29), 청구인은 이건 부동산에 대한 등기를 이행하기 이전부터 이건 건축물을 유치원으로 사용해 왔고, 등기를 이행한 1996.4.15.부터 1997.12.31. 폐업할 때까지 1년 8개월여동안 계속하여 유치원으로 사용하고 1998.3.12. 매각하였으므로 처분청에서 이건 건축물에 대한 등록세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2000. 5. 30. 행 정 자 치 부 장 관