용도지역별 적용배율 초과토지를 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 공공법인인 청구인이 1995.8.31. ㅇㅇ공사와 연부계약을 체결하고 1997.8.29. 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 17,960㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 취득세와 등록세를 과세 면제하였으나, 토지사용이 허용된 1996.4.27.부터 2년이 되는 1998.4.27. 현재 신축중인 건축물의 바닥면적(1,189.83㎡)에 용도지역별 적용배율 7배(자연녹지지역)를 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 8,661.19㎡(이하 “이건 쟁점 토지”라 한다)는 법인의 비업무용 토지에 해당되므로 과세 면제된 취득세 등의 추징 대상(비업무용 중과대상)이 된다고 보아 구지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 171,031,420원, 농어촌특별세15,677,870원, 등록세 34,206,270원, 교육세 6,271,140원, 합계 227,186,700원(가산세 포함)을 1999.10.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 정부의 승인을 받아 사업과 예산을 집행하는 노동부 산하의 정부출연기관으로서 1995.8.31. ㅇㅇ공사와 연부계약을 체결하고 1996.4.27. 토지사용 승낙을 받은 후 1997.4월에 이건 쟁점 토지 소재지로 ㅇㅇ연구원의 이전계획을 수립하여 노동부장관에게 예산승인을 신청하였으나, IMF사태로 인한 정부사업 축소와 예산긴축정책으로 인하여 건물 신축비용에 대한 예산승인이 되지 아니하였고, 또한 1998년도부터 시작된 정부의 구조조정에 의해 기구가 통합되고 인원이 감축되는 등으로 인하여 불가피하게 사업추진을 할 수 없었던 정당한 사유가 있는데도 용도지역별 적용배율을 적용하여 산정한 면적을 초과한다는 이유만으로 취득세와 등록세 등을 추징하고 취득세는 비업무용 토지로 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 용도지역별 적용배율 초과토지를 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조제2항16호에서 한국산업안전공단법에 의하여 설립된 한국산업안전공단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상 제외)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득일부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고, 구지방세법 제112조제2항의 규정에 의한 비업무용 토지에 관하여 구지방세법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제3항제5호에서 지상정착물의 부속토지로서 그 지상정착물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율(자연녹지지역:7배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지는 비업무용 토지로 보도록 규정하고 있다. 다음으로 이건의 경우를 보면, 처분청은 한국산업안전공단법에 의하여 설립된 청구인이 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 이건 토지에 대하여 취득세와 등록세를 과세 면제하였으나, 비업무용 토지에 대한 유예기간인 사용수익 허용일부터 2년이 되는 날(1998.4.27) 현재 건축(1998.2.26 착공)중인 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 적용하여 산정한 면적을 초과하는 토지가 법인의 비업무용 토지에 해당되므로 면제대상이 될 수 없다고 보아 취득세와 등록세 등을 추징(취득세는 중과세율 적용)한 데 대하여, 청구인은 이건 토지에 대한 사용 승낙을 받은 후 그중 이건 쟁점토지상에 산업보건연구원 이전에 따른 건축물을 신축하기 위하여 노동부장관에게 건물신축비용에 대한 예산승인 신청을 하였으나, IMF사태로 인한 정부사업 축소와 예산긴축정책으로 인하여 예산승인이 되지 아니하여 불가피하게 사용할 수 없었던 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다. 그러나, 청구인의 사업계획서를 보면 산업보건연구원의 이전계획을 2000년부터 2005년까지 추진하기로 하였고, 이건 토지의 사용승낙(1996.4.27.)을 받은 후인 1997.4월에 수립하여 노동부에 예산승인 자료로 제출한 보건연구원 신축이전 계획(안)에서도 1999년도부터 토목·건축공사를 추진하는 것으로 되어 있는 점을 보면, 청구인은 당초 산업보건연구원 이전계획을 수립할 단계에서부터 이건 토지중 신축중인 건축물의 부속토지를 제외한 이건 쟁점토지를 토지의 사용이 허용된 날부터 2년이내에 사용할 계획이 없었으므로 청구인이 주장하는 바와 같이 건물신축비용에 대한 예산승인을 받았다고 하더라도 이건 쟁점 토지의 사용 허용일(1996.4.27.)부터 2년이 되는 1998.4.27.까지 건축물을 건축할 수 없었음이 분명하다 하겠으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2000. 5. 30. 행 정 부 치 부 장 관