[요지] 협동화사업계획의 승인을 받은 사실이 없으므로 토지는 계약 체결당시부터 취득세 등의 면제대상에 해당되지 않음
[요지] 협동화사업계획의 승인을 받은 사실이 없으므로 토지는 계약 체결당시부터 취득세 등의 면제대상에 해당되지 않음
[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.10.27. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 26,726.7㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 청구인 명의로 소유권이전등기를 함에 따라 그 취득가액(12,553,225,952원)에 지방세법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액중 등록세 30,127,740원, 교육세 6,025,540원, 합계 36,153,280원은 1999.10.27. 신고납부하고, 과소신고한 등록세 124,276,930원, 교육세 24,855,380원, 합계 149,132,310원(가산세 포함)은 1999.11.6. 신고납부하자 이를 징수결정하였으나, 전체세액에 미달하므로 나머지 등록세 291,485,900원, 교육세 51,367,800원, 합계 342,853,700원(가산세 포함)은 신고납부하지 아니하므로 1999.11.15. 부과고지하였으며, 1999.10.27. 이건 토지의 마지막 연부금을 지급한 후 30일이 경과하여도 취득세를 신고납부하지 아니하므로 그 연부금(3,142,966,790원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 75,431,190원, 농어촌특별세 6,914,520원, 합계 82,345,710원(가산세 포함)을 1999.12.16. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 신고납부한 등록세 및 취득세 부과처분 등에 대한 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 처분청의 방침과 지시에 따라 중소기업협동조합법에 의한 협동조합으로 설립인가를 받은 뒤, 조합원들을 출자자로 하여 상법상 법인인 주식회사를 설립하였고, 청구인이 1992.12.22. 이건 토지에 대한 연부계약을 체결할 당시 구지방세법 제110조의3제2항제12호 및 제128조의2제2항제12호의 규정에 의한 중소기업협동화사업용 부동산으로 취득세와 등록세가 면제될 것으로 신뢰하고 사업을 완료하였으나, 처분청은 동 규정에 의한 감면대상이 되지 아니하고, 또한 1995.12.6. 지방세법 개정시 신설된 제280조제5항의 규정에 의한 유통단지개발촉진법에 의한 유통단지내의 토지에 해당되지 않는다는 이유로 취득세 및 등록세 부과하는 것은 신뢰보호원칙에 어긋날 뿐만 아니라, 유통단지개발촉진법은 1995.12.29. 제정되어 1996.6.30.부터 시행되었고, 동 법 부칙 제2항에서 관계법령의 규정에 의거 설치중인 유통시설중 심의회를 거쳐 건설교통부장관이 인정하는 유통시설에 대하여는 이법의 일부를 적용한다고 규정하고 있으나, 동 법 시행 당시 이미 건축물이 거의 완공된 상태에 있던 청구인으로서는 동 법에서 정하고 있는 유통단지로 지정받기 위한 여건을 구비하기란 사실상 불가능하였으므로 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 이건 토지가 취득세 및 등록세의 면제대상인지의 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 청구인이 이건 토지에 대한 연부취득계약을 체결할 당시인 1992년도에 시행된 구지방세법 제110조의3제2항제12호 및 제128조의2제2항제12호(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것)에서 중소기업협동화조합법에 의하여 설립된 협동조합 및 사업협동조합이 조합원들에게 분양 또는 임대할 목적으로 협동화사업계획 승인을 얻어 취득하는 협동화사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 1995.12.9. 지방세법 개정시 신설된 제280조제5항제1호, 제2호 및 1995.12.30. 신설된 같은법 시행령 제220조의2 제1항에서 유통단지개발촉진법 제5조의 규정에 의한 유통단지안에서 유통단지개발사업시행자가 유통단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산과 유통사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 유통사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 유통단지개발촉진법 제5조제1항에서 유통단지는 건설교통부장관이 지정한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1990.11.7. 중소기업협동조합법에 의거 ㅇㅇ시건축자재판매업협동조합 설립인가를 받아 1992.2.1. ㅇㅇ시로부터 이건 집배송단지조성사업 시행자로 지정받은 후, 1992.8.13. 조합원들로 구성된 ㅇㅇ집배송(주)를 설립하고, 1992.12.22. 한국수자원공사와 이건 토지에 대한 연부계약을 체결하였으며, 1994.7.16. 업무 및 판매시설 건축허가를 받아 1994.12.31. 건축공사에 착공, 1996.11.12. 준공하고 임시사용승인을 받아 건자재판매장을 운영하면서, 1999.10.27. 이건 토지의 마지막 연부금을 완납하고 같은날 청구인 명의로 소유권 이전등기를 경료한 후, 등록세 일부를 신고납부하였고, 처분청에서는 미납된 등록세와 취득세를 부과하였음을 제출된 증빙자료를 통하여 확인할 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이건 토지에 대한 연부취득계약 체결 당시 구지방세법에서는 중소기업협동화사업용 부동산에 대한 감면규정이 있었으므로 취득세와 등록세가 면제될 것으로 신뢰하고 사업을 완료하였고, 1995.12.6. 지방세법 개정시 유통단지에 대한 취득세 등 면제규정을 신설하였으므로 청구인에게 취득세등을 과세하는 것은 신뢰보호원칙에 어긋나는 등 부당하다고 주장하여 이를 살펴보면, 첫째, 지방세법 제110조의3제2항제12호 및 제128조의2제2항제12호에서는 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합이 협동화사업계획의 승인을 얻어 취득하는 협동화사업용 부동산에 대하여 취득세와 등록세 등을 면제한다고 규정하고 있으나 청구인은 중소기업협동조합법에 의거 조합설립인가를 받은 사실이 있을 뿐, 협동화사업계획의 승인을 받은 사실이 없으므로 이건 토지는 계약 체결당시부터 취득세 등의 면제대상에 해당되지 않음이 분명하다 하겠고, 둘째, 1995.12.29. 지방세법 개정시 제280조제5항에서 유통단지개발촉진법에 의한 유통단지내에서 유통단지개발사업시행자등이 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하는 규정을 신설하였고, 유통단지개발촉진법 제5조에서 유통단지는 건설교통부장관이 지정한다고 규정하고 있으나, 청구인의 경우 유통단지로 지정받은 사실이 없고, 1998.4.27. 산업자원부에서 청구인에게 유통단지 지정을 받기 위하여 필요한 조치를 취하도록 당부하였음에도 별다른 조치를 취하지 아니한 채 막연히 유통단지로 지정받을 수 있는 여건이 되지 아니하였다는 주장만 하고 있는 점을 볼 때, 처분청에서 신고납부한 등록세 등을 징수결정하고 취득세 등을 부과한 처분은 적법한 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.
2000. 5. 30. 행 정 자 치 부 장 관