증자시 과점주주가 된 후 추가로 주식을 취득한 경우 소유주식 비율전체에 대하여 취득세를 과세한 처분(경정)

[주 문] 처분청이 1999.10.7. 청구인에게 부과 고지한 취득세 501,156,000원, 농어촌특별세 45,939,300원, 합계 547,095,300원(가산세 포함)을 취득세 405,778,470원, 농어촌특별세 37,196,360원, 합계 442,974,830원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인과 특수관계에 있는 ㅇㅇ제철(주)가 1988.2.17. (주)ㅇㅇ(이하 “당해 법인”이라한다)의 설립당시 발행주식 19%를 소유한 상태에서 1993.6.30. 증자에 의거 청구인이 7.31%를, ㅇㅇ제철(주)가 36.23%를 취득하여 최초로 과점주주(소유주식비율 62.54%)가 된 후 1994.12.23. 청구인이 다른 주주로부터 31.1%의 주식을 추가로취득함으로써 소유주식비율이 93.64%(청구인 38.41%, ㅇㅇ제철(주) 55.23%)가 되었으므로, 취득세 과세대상 물건의 장부가액(54,028,369,000원)에 청구인의 소유주식비율(38.41%)을 곱하여 산출한 금액(20,752,294,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제2항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 501,156,000원, 농어촌특별세 45,939,300원,합계 547,095,300원(가산세 포함)을 1999.10.7. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 취득세 등 부과 처분의 경정을 구하면서 그 이유로, 첫째, 법인의 설립시 이미 과점주주인 자가 다른 주주로부터 추가로 주식을 취득한 경우, 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 주식을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과토록 한 구지방세법시행령(1997.10.1. 법률 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조제1항의 규정이 지방세법 제105조제6항의 규정보다 과세대상의 범위를 확장하고 있어 무효라는 대법원 판결(2000.3.16. 98두 11731)이 있었으므로 이건 과세처분중 1994.12.23. 추가로 취득한 주식 31.1%를 제외한 나머지 부분에 대한 과세처분은 취소되어야 하고, 둘째, 이건 과세표준액에 포함된 제세공과금은 기업회계상 자본적지출로 인정되어 장부상 취득가액에 기장되었지만, 취득과표에서는 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 증자시 과점주주가 된 후 추가로 주식을 취득한 경우 소유주식 비율전체에 대하여 취득세를 과세한 처분이 적법한지 여부와 제세공과금 등이 과세표준에 포함되는지 여부에 있다. 먼저 관련법령의 규정을 보면, 구지방세법 제105조제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 주주 또는 사원으로부터 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보도록 규정하고 있고, 구지방세법시행령 제78조제1항에서 법인의 설립 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 자가 주주 또는 사원으로부터 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우에는 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제111조제4항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 이건의 경우를 보면, 청구인과 특수관계에 있는 ㅇㅇ제철(주)가 1998.2.17. 당해법인 설립당시 19%의 주식을 소유하고 있는 상태에서 1993.6.30. 증자에 의거 청구인이 7.31%를, ㅇㅇ제철(주)가 36.23%를 취득하여 최초로 과점주주가 된 후 1994.12.23. 청구인이 다른 주주로부터 31.1%의 주식을 추가로 취득하여 소유주식비율이 총 93.64%가 되었으므로, 처분청은 청구인이 소유한 주식비율(38.41%)에 해당하는 취득세 과세대상물건을 취득한 것으로 보아 취득세 등을 부과 고지하였음을 알 수 있다. 청구인의 주장을 차례대로 살펴본다. 첫째, 2000.3.16. 구지방세법시행령 제78조제1항의 규정이 위법하다는 대법원 판결이 있었으므로 1994.12.23.에 추가로 취득한 주식 31.1%분을 제외한 나머지 부분에 대한 과세처분은 취소되어야 한다는 주장에 대하여 보면, 2000.3.16.자 대법원 판결(98두 11731)에서 구지방세법시행령 제78조제1항의 규정은 지방세법에서 위임한 범위를 벗어나 과세대상의 범위를 확장하여 규정하였다는 이유로 무효가 되었으므로 청구인이 1994.12.23. 추가로 취득한 주식 31.1%분에 대해서만 과세되어야 함에도 소유주식(38.41%) 전체에 대하여 취득세 등을 부과 고지한 처분은 잘못이라 하겠다. 둘째, 장부가액중 제세공과금은 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구인의 주장에 대하여 보면, 구지방세법 제111조제4항의 규정에서 과점주주에 대한 취득세 과세표준은 취득의제(주식취득) 당시의 그 법인의자산총액을 기준으로 산정하여야 하고, 이 경우 과세표준을 당해법인의 결산서 기타 장부 등에 의한과세대상 자산총액을 기초로 산출하는 경우에는 취득의제 당시의 과세대상물건의 장부가액을 기준으로 과세표준을 산출하여야 한다(같은취지의 대법원 판결, 1983.12.13. 83누 103)할 것이므로, 청구인이1994.12.23. 다른 주주로부터 당해법인의 주식(31.1%)을 추가로 취득할 당시 이미 제세공과금이 취득세 과세대상 물건의 취득원가로자산총액속에 포함되어 법인장부에 계상되어 있는 이상, 제세공과금은 취득세 과세표준에 포함된다 하겠으므로 청구인의 둘째주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 5. 30. 행 정 자 치 부 장 관