증자시 과점주주가 된 후 추가로 주식을 취득한 경우 소유주식 비율전체에 대하여 취득세를 과세한 처분(취소)

[주 문] 처분청이 1999.10.4. 청구인에게 부과 고지한 취득세 720,613,000원, 농어촌특별세 66,056,210원, 합계 786,669,210원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은청구인이 1988.2.17. (주)ㅇㅇ(이하 “당해법인”이라 한다)의 설립당시 발행주식 19%를 출자하였고 1993.6.30. 증자시 55.23%로 증가 하였으며, 청구인과 특수관계에 있는 ㅇㅇ개발(주)도 7.31%의 증자 참여로 과점주주가 된 상태에서 1994.12.23. ㅇㅇ개발(주)이 다른 주주로부터 31.1%의 주식을 추가로취득하여 과점주주로서의 납세의무가 성립하였으므로, 1994.12.23.현재 당해법인이 소유하고 있는취득세 과세대상 물건의 장부가액(54,028,369,000원)에 청구인의 소유주식비율(55.23%)을 곱하여 산출한 금액(29,839,865,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항 및 제2항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 1998년도에 과세한 세액을 차감한 취득세 720,613,000원, 농어촌특별세 66,056,210원,합계 786,669,210원(가산세 포함)을 1999.10.4. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 취득세 등 부과 처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 법인의 설립시 이미 과점주주인 자가 다른 주주로부터 추가로 주식을 취득한 경우, 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 주식을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과토록 한 구지방세법시행령(1997.10.1. 법률 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조제1항의 규정이 지방세법 규정보다 과세대상의 범위를 확장하고 있어 무효라는 대법원 판결(2000.3.16. 98두 11731)이 있었으므로 이건 과세처분중 1994.12.23. 추가로 취득한 주식 31.1%를 제외한 나머지 부분에 대한 과세처분은 취소되어야 하고, 또한 이건 과세표준액에 포함한 제세공과금은 기업회계상 자본적지로 인정되어 장부상 취득가액에 포함되어 기장되었지만, 취득과표에서는 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 법인의 설립 및 증자시 과점주주가 된 후 추가로 주식을 취득한 경우 그 소유주식 비율전체에 대하여 취득세를 과세한 처분이 적법한지 여부에 있다. 먼저 관련법령의 규정을 보면, 구지방세법 제105조제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 주주 또는 사원으로부터 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보도록 규정하고 있고, 구지방세법시행령 제78조제1항에서 법인의 설립 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 자가 주주 또는 사원으로부터 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우에는 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제111조제4항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1988.2.17. 당해법인 설립당시 출자지분의 19%를 출자하였다가 1993.6.30. 증자시 소유주식 비율이 55.23%가 되었고, 청구인과 특수관계에 있는 ㅇㅇ개발(주)도 7.31%의 증자에 참여한 후, ㅇㅇ개발(주)가 1994.12.23. 다른 주주로부터 31.1%의 주식을 추가로 취득하여 총 93.64%를 소유한 과점주주가 되었으므로, 처분청은 청구인이 당해법인의 취득세 과세대상 물건중 청구인의 소유주식 비율(55.23%)에 해당하는 과세대상물건을 취득한 것으로 보아 취득세 등을 부과 고지한 사실을 제출된 관련자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 1994.12.22.에 주식을 추가취득한 것은 청구인이 아닌 ㅇㅇ개발(주)이며, 구지방세법시행령 제78조제1항의 규정이 위법하다는 대법원 판결이 있었으므로 이건 부과 처분은 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 법인의 설립 또는 증자로 인하여 최초로 과점주주가 된 자가 다른 주주로부터 추가로 주식을 취득한 경우 그 취득일에 과점주주가 소유하고 있는 주식을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하도록 규정한 구지방세법시행령 제78조제1항에 근거하여 이건 취득세를 부과 하였으나, 2000.3.16.자 대법원 판결(98두 11731)에서 동 규정은 지방세법에서 위임한 범위를 벗어나는 규정이라는 이유로 무효로 되었으므로 다른 주주로부터 취득한 주식(31.1%)이외의 당해법인의 설립 및 증자시 취득하여 보유하고 있는 주식비율(55.23%)에 해당하는 부분에 대하여 과세한 이건 취득세 등의 부과 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 5. 30. 행 정 자 치 부 장 관