면제하였던 쟁점 토지에 대한 취득세 등을 추징할 수 있는지(경정)

[주 문] 처분청에서 1999.12.28. 부과고지한 건물에 대한 취득세 918,691,960원, 농어촌특별세84,213,420원은 이를 취소하고, 토지에 대한 취득세 197,547,070원, 농어촌특별세 18,108,470원, 등록세 296,320,620원, 교육세 54,325,440원, 합계 566,301,600원은 이를 취득세 197,547,070원, 농어촌특별세 18,108,470원, 등록세 286,767,380원, 교육세 52,574,020원, 합계 554,996,940원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1994.12.30. 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 9,866.9㎡(이하 “쟁점 토지”라 한다)에 대하여 지방세법 제280조제2항의 규정에 의한 중소기업진흥공단이 중소기업자에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 해당된다고 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 청구인이 1999.11.5. 동 토지상에 건축물 78,111.31㎡를 신축하고 그 중 1,019.8㎡는 ㅇㅇ은행에 임대하였고, 63,263.81㎡는 청구인이 직접 사용하고 있으며, 나머지 13,827.7㎡만 중소기업에 임대하고 있으므로 이건 건축물에 대한 감면신청에 대하여 청구인이 직접 사용하는 부분 63,263.81㎡(이하 “쟁점 건축물”이라 한다)는 지방세법 제280조제8항의 규정에 의한 취득세 및 등록세의 50% 감면대상에 해당되고, ㅇㅇ은행에 임대한 부분은 감면대상이 되지 아니하며(청구인이 이미 신고납부함), 중소기업에 임대한 부분 13,827.7㎡만 전액면제대상이 된다고 보아 건물에 대한 취득세 918,691,960원, 농어촌특별세 84,213,420원, 합계 1,002,905,380원(가산세 포함)과 이미 면제하였던 토지부분에 대하여도 건축물에 대한 과세비율만큼 안분하여 산출한 취득세 197,547,070원, 농어촌특별세 18,108,470원, 등록세 296,320,620원, 교육세 54,325,440원, 합계 566,301,600원(가산세 포함)을 1999.12.28. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 취득세 등의 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로 먼저, 쟁점 건축물의 경우, 청구인은 이건 토지를 매입할 당시 ㅇㅇ시로부터 협동화사업을 위한 단지조성사업 승인을 얻어 이건 건축물을 신축하여 승인조건대로 ㅇㅇ은행을 제외하고는 모두 중소기업에 임대하였으므로 지방세법 제280조제1항 내지 제2항에 의한 취득세 및 등록세의 면제대상에 해당됨에도 처분청에서는 쟁점 건축물을 청구인이 직접 사용하는 것으로 보아 50%경감 대상으로 보았으나, 쟁점 건축물 부분은 청구인의 자회사이지만 청구인과는 별개의 법인으로서 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는 (주)ㅇㅇ유통센터에 임대하였으므로 취득세와 등록세의 면제요건을 충족하고 있으며, 또한, 쟁점 토지를 1994년에 취득할 당시 관계규정에 의하여 취득세 등을 면제받았음에도 1997.8.30. 신설된 규정을 적용하여 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 쟁점 건축물이 중소기업진흥공단이 중소기업자에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 부동산으로서 취득세 등의 면제대상인지의 여부 및 이미 면제하였던 쟁점 토지에 대한 취득세 등을 추징할 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제280조제2항에서 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률에 의하여 설립된 중소기업진흥공단이 중소기업자에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 1997.8.30. 지방세법 개정시 동법 제280제8항에서 중소기업진흥공단이 중소기업제품판로지원사업을 위하여 취득하는 중소기업종합유통시설용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하는 규정을 신설하였음을 알 수 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 먼저 쟁점 건축물의 경우, 청구인은 중소기업자에게 임대할 목적으로 1994.12.30. 취득한 쟁점 토지상에 지상건축물 연면적 78,111.31㎡(지하5층, 지상17층)를 신축하고, 1999.11.7. 사용승인을 받은 후, 쟁점 건축물 부분은 1999.11.25. (주)ㅇㅇ유통센터와 임대차계약(임대차기간:계약체결일로부터 1년, 월임대로 398,666,660원)을 체결하였고, 임차인인 (주)ㅇㅇ유통센터는 청구인이 100% 출자한 법인이지만 국내외 백화점 등 판매시설의 설치, 운영업, 중소기업제품 수출입업 등을 목적사업으로 1995.12.21. 설립된 법인으로서 중소기업기본법 제2조제1항 및 같은법 시행령 제2조에서 정하고 있는 중소기업으로서의 요건을 충족하고 있음을 제출된 증빙자료 등을 통하여 확인할 수 있으므로 쟁점 건축물은 취득세 등의 면제대상에 해당됨에도 처분청에서 쟁점 부동산을 중소기업자에게 임대하지 아니하고 청구인이 직접 운영하는중소기업종합유통시설용 부동산에 해당된다고 보아 취득세 등을 50% 경감한 것은잘못이라 하겠다. 다음으로 쟁점 토지의 경우 이미 취득세 등을 면제받았음에도 취득시점이후 신설된 다른 조항에 근거하여 추징하는 것은 부당하다는 청구인의 주장에 대하여 보면, 쟁점 토지중 쟁점 건축물에 대한 부속토지(7862.56㎡)는 위에서 살펴본 바와 같이 청구인이 중소기업자에게 임대하였으므로 추징대상이 될 수 없으나 지방세법 제280조제2항에서는 중소기업진흥공단이 중소기업자에게 임대 또는 분양할 목적으로 취득하는 부동산에 한하여 취득세등을 면제한다고 규정하고 있으므로 중소기업자가 아닌 자에게 임대한 경우는 면제요건을 충족하지 못한 것이 분명하므로 면제된 취득세와 등록세등을 추징할 수 있다 할 것인 바, 처분청에서 청구인이 ㅇㅇ은행에 임대한 건축물에 대한 부속토지(128.82㎡)에 대한 등록세등(취득세는 청구인이 신고납부함)을 추징한 데에는 아무런 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 4. 26. 행 정 자 치 부 장 관