학교법인이 임대사업에 사용한 부동산의 취득세(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.7.22.부터 1997.11.4.까지 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 8필지 토지 83,257㎡(이하 “이건 토지”라 한다)상에 건축물 22,953.245㎡(이하 “이건 건물”이라 한다)를 1999.3.16. 신축 취득한데 대하여 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 그중 일부(6,481.68㎡, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 수익사업에 사용하였으므로 비과세된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 그 취득가액(4,934,098,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제4호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 118,418,330원, 농어촌특별세 10,855,000원, 등록세 17,568,740원, 교육세 2,957,400원, 합계 149,799,470원(가산세 포함)을 1999.12.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 비영리학교법인으로서 교육시설용에 사용할 목적으로 1999.3.16. 이건 건물을 취득한 후 그중 일부를 효율적으로 관리하기 위하여 당해 시설의 운영을 위탁했을 뿐이고, 위탁운영자 또한 최소한의 실비만 납부하고 학생들에게 위 시설을 이용하게 하고 장학후원금과 대학발전기금을 매월 기부하고 있으며, 청구인은 이용료 수입전액을 교비로 사용하고 있으므로 수익이 발생할 여지가 없는데도 당해 시설을 위탁운영하고 있다는 이유만으로 실제 사용관계를 판단하지 아니하고 비과세된 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 학교법인이 부동산을 취득한 후 그중 일부를 임대한 경우 수익사업에 사용한 것으로 보아 비과세된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조제1호, 제127조제1항제1호 및 같은법시행령 제78조의2제1항, 제79조제1항제2호에서 학교를 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하지만, 법인세법 제3조의 규정에 의한 수익사업에 사용하거나 취득일(등기일)로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득 물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 법인세법 제3조제2항제1호 및 법인세법시행령 제2조제1항제3호에서부동산임대 및 사업서비스업을 수익사업으로 규정하고 있는 한편교육서비스업중 교육법에 의한 학교를 경영하는 사업은 수익사업의 범위에서 제외하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 교육 등을 목적사업으로 하는 비영리학교법인으로서 교육연구시설용으로 취득한 이건 부동산의 일부를 (주)ㅇㅇ개발외 5인에게 임대(위탁)하였으므로 수익사업용 부동산에 해당된다고 보아 비과세된 취득세 등을 부과 고지하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 쟁점 부동산을 효율적으로 관리하기 위하여 그 운영을 위탁했을 뿐이고, 위탁운영자도 최소한의 실비만 납부하고 학생들에게 당해 시설을 이용하게 하고 장학후원금과 대학발전기금을 매월 기부하고 있으며, 청구인은 이용료 수입 전액을 교비로 사용하고 있으므로 수익이 발생할 여지가 없는데도 비과세된 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인의 경우 (주)ㅇㅇ개발 등 6인과 체결한 위탁운영약정서에 의하면 이건 건물중 ①지상 1층과 2층은 (주)ㅇㅇ개발외 1인에게 임대(임대보증금 325,000,000원과 매월 장학후원금 10,100,000원 및 대학발전기금 10,150,000원)하여 수영장 및 수영용품점, 사우나탕으로 사용토록 하였고, ②지상 3층은 ㅇㅇㅇ외 2인에게 임대(임대보증금 175,000,000원과 매월 장학후원금 6,200,000원 및 대학발전기금 6,550,000원)하여 헬스, 에어로빅, 당구장, 커피숍, 미용실로 사용토록 하였으며, ③지상 4층은 ㅇㅇㅇ에게 임대(임대보증금 100,000,000원과 년간 임대료 80,000,000원)하여 식당으로 사용토록 한 사실이 입증되고 있는 점을 보면, 비록 청구인이 위탁운영 형식에 의거 위탁운영자로 하여금 쟁점 부동산을 사용토록 하였다고 하더라도 수익사업인 임대사업에 사용한 것으로 보아야 하고, 또한 수익금 전액을 교비로 사용하고 있다고 하더라도 쟁점 부동산을 수익사업에 사용한 이상, 처분청이 쟁점 부동산에 대하여 비과세하였던 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 4. 26. 행 정 자 치 부 장 관