취득세 등을 신고납부한 후 매매대금의 재협의후 취득세 등의 수정신고를 한 경우 이를 거부한 처분이 적법한지(취소)

[주 문] 처분청이 1999.10.9. 청구인의 취득세 648,700,000원, 농어촌특별세 64,870,000원, 등록세 857,730,000원, 교육세 171,546,000원, 합계 1,742,846,000원에 대한 수정신고를 거부한 처분을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.1.7. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 2필지 토지 64,469㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 그 취득가액(32,435,000,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 648,700,000원, 농어촌특별세 64,870,000원, 등록세 857,730,000원, 교육세 171,546,000원, 합계 1,742,846,000원을 1998.1.10. 및 2.6.에 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다. 그러나 청구인은 당초 지급한 매매대금중 4,935,000,000원을 반환받았으므로, 1999.10.8. 이건 토지의 취득가액을 27,500,000,000원으로 하여 수정신고를 하였으나, 다음날 처분청은 수정신고 대상에 해당되지 않는다고 보아 이를 반려하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 수정신고 거부처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 당초 이건 토지에 대하여 원래의 토지소유자와 275억원에 매매계약을 체결하고 그 매매대금을 지급하였으나, 토지소유자가 매매대금의 증액을 요구하면서 소유권 이전을 거부함에 따라 주택건설사업의 추진을 위하여 매매대금을 추후 다시 협의하기로 하고 잠정적으로 32,435,000,000원으로 하여 매매계약서를 다시 작성, 취득신고를 하고 취득세와 등록세를 신고를 한 후 소유권 이전등기를 하였고, 그후 토지 소유자와의 협의를 통하여 이건 토지의 매매대금을 당초 계약대로 하기로 최종 협의를 하고 과다지급된 매매대금 차액을 반환받았으며, 이에 따른 법인장부 수정과 법인세 수정신고를 하고서, 이를 근거로 취득세 등에 대한 수정신고를 하였는데, 처분청이 이건의 경우에는 수정신고 대상에 해당하지 않는다고 보아 수정신고를 반려한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 토지를 취득하면서 취득세 등을 신고납부한 후 매매대금의 재협의하여 그 일부를 반환받고, 이에 따라 취득세 등의 수정신고를 한 경우 이를 거부한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제71조제1항에서 “이 법에 의한 신고납부기한내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일내에 수정신고를 할 수 있다”라고 규정하고, 제1호에서 “신고납부한 후에 과세표준 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우”를, 제2호에서 “신고납부 당시에 있어서 증빙서류 등의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그후 당해 사유가 소멸된 경우”를 각각 규정하고 있으며, 같은법시행령 제53조에서는 제1호에서 “공사비의 정산 및 건설자금의 이자계산으로 인한 경우에는 기업회계기준에 따라 장부에 기장한 날”을 규정하고 있으며, 취득세의 과세표준에 관하여는 지방세법 제111조제5항 본문 및 제3호에서 법인장부 등에 의하여 사실상의 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 사실상의 취득가액을 과세표준으로 하며, 같은법시행령 제82조의3제1항에서 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 포함하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인이 취득신고시 제출한 검인계약서에는 1996.4.9. 이건 토지에 대한 매매계약을 체결하면서 매매대금은 32,435,000,000원으로 하고, 중도금은 1997.10.6.에, 잔금은 1998.1.7.에 지급하기로 하였으며, 그 계약내용대로 대금을 지급하고, 1998.1.10. 청구인명의로 소유권 이전등기를 하면서, 같은날 등록세를 신고납부하였고, 취득세는 1998.2.6.에 신고납부하였으나, 소유권 이전등기를 하기전인 1997.12.30.에 청구인과 매도자가 합의한 합의서의 내용을 보면 이건 토지내 공원용지 면적이 변동됨에 따라 매도자가 증액을 요구하였으며, 이에 따라 매매대금을 당초 금액(27,500,000,000원)보다 4,935,000,000원 증액한 금액으로 하기로 하되 ㅇㅇ지구의 분양율이 70%에 미달할 경우에는 당초 금액대로 감액하기로 하였고, 1999.8.21. 다시 합의서를 작성하여 매매대금을 당초 금액대로 하기로 최종 합의하였고, 이러한 합의서에 따라 1999.9.10. 과다지급된 매매대금을 반환받고서, 법인장부 정정 및 법인세 수정신고를 한 후 1999.10.8. 이건 취득세 수정신고서를 제출하면서 매매대금이 275억원으로 감액되었다는 당사자간의 합의서와 장부사본을 제출하였으나, 처분청은 다음날 수정신고 대상이 되지 않는다고 보아 수정신고를 반려하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 취득 당시 이건 토지 매도자의 매매대금 증액 요구로 협의가 이루어지지 않아 잠정적으로 매매대금을 결정, 이를 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부하였으나, 그후 매도자와 협의하여 매매대금을 결정하고, 이미 지급된 매매대금중 일부를 반환받고 이에 대한 수정신고를 하였는데 이를 거부한 처분은 부당하다고 주장하고 있으며, 취득세와 등록세의 경우 신고납부방식의 지방세로서 취득 등기 당시 납세자는 그 취득가액에 대하여 거래 당사자간에 다툼이 있다 하더라도 그 과세표준과 세액을 신고납부할 수 밖에 없으므로, 지방세법상 이와 같이 신고납부 당시 그 과세표준과 세액을 정확하게 계산할 수 없었던 부득이한 사유가 있는 경우 납세자 스스로 수정할 수 있는 기회를 부여하여 성실한 납세의무 이행을 유도하기 위하여 수정신고를 할 수 있도록 규정하고 있는 것으로서, 이러한 입법취지에 비추어 볼 때 수정신고 사유중 신고납부 당시 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었던 기타 부득이한 사유란 법령에서 규정하고 있는 공사비의 정산, 건설자금이자의 계산, 확정판결, 법인의 청산 등과 유사한 모든 사유를 포함한다고 보아야 할 것이고, 청구인의 경우 이건 토지를 포함한 주택건설사업부지에 대해 1996.4월 내지 6월경 매매계약을 체결하고 토지를 매입하던 중, 사업부지의 71%를 차지하는 이건 토지에 대하여 거래 당사자간에 다툼이 발생하였고, 이에 따라 매매대금을 잠정적으로 결정하고 추후 사업실적에 따라 이를 정산하기로 하였으며, 이러한 합의에 따라 취득 이후에 매매대금의 일부를 반환받고 취득세의 과세표준이 되는 법인장부를 수정하였다면, 이는 공사비를 사후 정산하는 것과 유사하다고 보아야 할 것이므로 지방세법상 최종 매매대금의 정산이 이루어진 날로부터 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다고 보는 것이 타당하다 하겠으므로, 처분청은 청구인의 수정신고에 대하여 그 과세표준이 적법한지 여부를 판단하여 이를 통보하였어야 할 것인데도 이를 거부한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 4. 26. 행 정 자 치 부 장 관