대도시내에서 지점설치 후 취득한 부동산등기에 대하여 제외대상업종의 시설에 등록세 등을 중과세한 경우, 중과대상 면적 산출이 적법한지(취소)

[주 문] 처분청이 1999.12.10. 청구인에게 부과 고지한 등록세 67,848,790원, 교육세 12,438,940원 합계 80,287,730원(가산세 포함)을 등록세 53,034,270원, 교육세 9,722,940원, 합계 62,757,210원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은청구인이 1996.3.19. 대도시인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 지점을 설치하고 동일 번지의 토지 973.4㎡ 및 건축물 1,151.439㎡(지하 1층, 지상 2층, 이하“기존 부동산”이라 한다)를 1996.7.5. 취득 등기하였고, 같은 해 12.9. 기존 부동산에 건축물 43.2㎡(이하 기존 부동산을 포함하여 “이건 부동산”이라 한다)를 증축한 후 등록세 중과대상에서 제외되는 업종의 공장용으로 168㎡를 사용하고 있으므로, 나머지 건축물 1,026.639㎡ 및 그 부속토지(이하 “이건 쟁점부동산”이라 한다)를 등록세가 중과세 되는 대도시내에서 지점설치 후 5년 이내에 취득한 부동산등기로 보아, 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한세액을 차감한 등록세 67,848,790원, 교육세 12,438,940원,합계 80,287,730원(가산세 포함)을 1999.12.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 등록세 등 부과처분의 경정를 구하면서 그 이유로, 청구인은 대도시내에서의 등록세중과 제외업종인 자원재활용업에 해당하는 공장으로 사용하는 면적이 생산공장, 원자재 보관창고, 당직실, 사무실,임원실 및 기술개발실, 사택으로 사용하는 면적 등 모두 441.449㎡이며, IMF로 인하여 불가피하게 건물 유지관리 차원에서 교회와 점포 5개소 등 실제 임대한 면적은 585.19㎡임에도, 처분청은 단순히 공장등록증에등재된 공장면적 168㎡만을 제외한 나머지 1,026.639㎡를 모두 중과대상으로 보아 이건 등록세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 대도시내에서 지점설치 후 취득한 부동산등기에 대하여 등록세 등을 중과세한 경우, 중과대상 면적 산출이 적법한지 여부에 있다. 먼저 관련법령의 규정인 구지방세법 제138조제1항제3호, 구지방세법시행령(1997.10.1. 대통령령제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제101조제1항제13호와 제102조제1항 및 제2항을 종합해 보면, 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 법인 또는 지점 등의 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후 5년내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대해서는 등록세를 5배 중과세하되, 공업배치 및 공장설립에관한법률시행령의 규정에 의한 자원재활용업종의 경우에는 등록세 중과대상에서 제외하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 건설자재제조, 도매업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 이건 부동산 취득당시 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지에 본점을 두고 있으면서 이건 부동산 소재지에 지점을 설치하고 1996.7.5.과 12.9.에 이건 부동산을 취득한 후, 등록세 중과제외 업종인 자원재활용업을 영위하고 있는 사실과 처분청이 이건 부동산중 공장등록증상의 사업장 면적을 제외한 이건 쟁점부동산을 대도시내에서 지점설치 후 5년내 취득한 부동산 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 사실을 제출된 관계자료에서 알 수 있다. 살피건대, 청구인의 경우 등록세 중과대상에서 제외되는도시형업종인 자원재활용(건축물 강화플라스틱성형제품제조업)의 면적이 공장등록증에는 제조시설면적 126.0㎡, 부대시설면적 42.0㎡, 합계 168.0㎡로 등록되어 있으나, 2000.3.9. 처분청 세무공무원이 현장을 재조사한 바에 의하면 공장등록증에 등록되어 있는 면적 외에 지하 1층에는 원자재 창고 93.21㎡와 당직실 41.73㎡가 있고, 지상 1층에는 임원실 및 사장실 44.82㎡와 기술개발실 44.40㎡가 사용되고 있는 사실이 확인되고 있으므로, 이건 쟁점부동산중 중과세 제외대상업종의 공장부대시설로 사실상 사용하고 있는 건물 224.16㎡와 그 부속토지는 등록세 중과대상에서 제외함이 마땅하다 할 것임에도, 처분청이 공장등록증에 등재된 면적만을 중과세 대상에서 제외하고 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 3. 29. 행 정 자 치 부 장 관