현물출자로 취득한 부동산중 본점 사업용 부동산에 대하여 감면하여야 할 취득세액을 중과세율에 의한 산출세액으로 보고, 이를 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 추징한 처분(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.3.7. 현물출자로 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 1필지 토지 922.3㎡와 그 지상건축물 2,047.5㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)에 대하여 구조세감면규제법(1996.12.30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것) 제114조제1항제3호의 규정에 의하여 취득세는 감면받고, 이건 부동산의 취득가액에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세액을 과세표준으로 한 농어촌특별세 848,410원을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 그후 세무조사결과 이건 부동산중 건축물의 일부(291.6㎡)는 본점 사업용 부동산이므로 취득세 중과대상에 해당되어 이 부분에 대한 감면 취득세액이 증가함에 따라 이를 과세표준으로 하는 농어촌특별세가 과소신고납부되었다고 보아, 이 본점사업용 부동산에 대한 취득세 정당 감면세액(17,532,320원)에 농어촌특별세법 제5조제1항제1호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 농어촌특별세 3,086,680원(가산세 포함)을 1999.12.17. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 이건 부동산을 취득한 후 취득세는 감면확인을 받고, 농어촌특별세는 처분청 담당공무원이 산출하여 교부한 납부서에 따라 하였는 바, 등록세의 경우는 지방세법 제138조에서 중과세 제외규정을 두어 현물출자로 취득한 부동산에 대해 중과세에서 제외하도록 하고 있고, 지방세법 제112조제2항에서 본점 사업용 부동산에 대해서는 중과세한다는 규정이 없으므로, 처분청이 당초 감면한 취득세액을 잘못 계산하였다고 보아 이를 과세표준으로 한 농어촌특별세를 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 현물출자로 취득한 부동산중 본점 사업용 부동산에 대하여 감면하여야 할 취득세액을 중과세율에 의한 산출세액으로 보고, 이를 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 추징한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제112조제3항, 같은법시행령 제84조의2에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 취득하는 경우에는 취득세를 5배 중과세하도록 규정하고 있고, 구농어촌특별세법(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것) 제3조제1호 및 제5조제1항제1호에서는 취득세를 감면받은 자는 농어촌특별세를 납부할 의무가 있으며, 취득세 감면세액의 100분의 20을 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고납부하도록 규정하고 있다. 이에 대하여 청구인은 등록세는 현물출자로 취득한 부동산의 경우 중과세를 배제하면서 취득세의 경우에는 중과세율을 적용하여 산출한 세액을 감면하였다고 보는 것은 부당하고, 지방세법 제112조제2항에선 본점 사업용 부동산의 경우는 중과세한다는 규정이 없으므로 처분청이 중과세율에 의하여 산출한 취득세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 추징한 것이 부당하다고 주장하지만, 청구인의 경우 과밀억제권역내에 소재한 이건 부동산을 취득하여 그중 일부를 본점 사업용 부동산으로 사용하고 있고, 이러한 본점 사업용 부동산의 경우에는 구지방세법 제112조제3항의 규정에 의하여 취득세를 중과세하도록 규정하고 있으나, 현물출자로 취득한 부동산에 대하여는 구조세감면조제법 제114조의 규정에 의하여 취득세를 감면하도록 규정하고 있으므로 중과세율에 의하여 산출한 취득세가 모두 감면이 되었지만, 농어촌특별세는 감면대상이 아니므로 이러한 감면세액을 과세표준으로 하여 신고납부하여야 할 것인데도, 청구인은 본점 사업용 부동산에 대하여 취득세 감면세액을 일반세율에 의하여 산출한 세액으로 보고, 이를 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 신고납부함으로써 농어촌특별세를 과소신고납부하였음이 명백한 이상, 이에 대한 청구인의 주장은 모두 받아들일수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 2. 23. 행 정 자 치 부 장 관