일시경작농지의 농지세와 필요경비산정(취소)

[주 문] 처분청이 1999.7.8. 청구인에게 부과 고지한 농지세 759,323,950원, 주민세72,610,730원, 합계 831,934,680원은 농지관리등에 소요된 평균필요경비를 재조사하여 산출한 농지세액으로 경정함을 요한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ㅇㅇ도ㅇㅇ시 및ㅇㅇ군 내ㅇㅇ지구 농업종합개발사업을 시행하여 간척농지(7,595ha)를 조성한 후 1991년부터 1998년(1996년제외)까지 7년간 간척농지중 일부 농지(‘91:1,182ha, ‘92:1,747ha, ‘93:2,364ha, ‘94:2,859ha,‘95:3,859ha, ‘97:2,863ha, ‘98:571ha, 이하 “이건 농지”라 한다)를 지역농민에게 일시 경작하게 하고 이들로부터 수확량의 10%를 경작료로 징수함에 따라 이를 청구인의 농지소득으로 보아 그 농지임대수입금액(7,100,735,750원)에서 임대에 따른 필요경비(4,697,897,079원)와 기초공제액(36,400,000원)을 제외한 금액(2,366,438,671원)에 지방세법 제210조 규정의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 처분청 관내 매립농지면적에 해당하는 비율로 안분한 농지세 759,323,950원, 농지세할주민세 72,610,730원, 합계 1,110,629,320원을 1999.7.8. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 농지세 등 부과 처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 첫째, 청구인이 정부투자기관 회계규정에 따라 장부를 작성하는 관계로 지방세법에서 농지소득을 얻기 위한 필요경비로 규정하고 있는 인건비, 종자대등 13개 항목대로 장부를 구분·작성하지 아니하였으나, 이건 농지 관리업무를 수행하기 위한 ㅇㅇ관리사업소내 이건 농지의 유지관리 업무에 소요된 인건비 등 경비와 이건 농지에 농업용수 공급을 위한 필수시설물인 방조제, 담수호, 양수장, 농로 등의 유지관리에 소요된 비용은 이건 농지관리 등에 사실상 소요된 비용으로서 이를 필요경비로 인정하여 농지세를 부과하여야 하며, 둘째, ㅇㅇ지구 농업종합개발사업은 국가를 대행하여 전액 국고로 시행하였고 조성된 간척농지는 청구인의 명의로 소유권 보존등기 하였으나, 농어촌정비법 제15조의 규정에 의거 농림부장관의 승인을 받아 관리·처분하도록 하고 있어 임의로 소유권을 행사할 수 없으며, 간척농지 매각대금도 국가기금인 농지관리기금에 납부하도록 되어 있으므로 간척농지의 실질적인 소유자는 국가이며, 농림부장관의 일시경작 지침에 따라 징수한 경작료 역시 농림부장관의 승인을 받아 영농시설물의 유지·관리비용으로 집행하고 연도말 결산 상황을 검정·정산하고 있으므로 경작료 수입은 사실상 국가소득이고, 셋째, 간척지에 대한 농지소득은 지방세법 제201조및 같은법시행령 제153조제3항의 규정에 따라 영농을 시작한 때로부터 10년간 비과세 할 수 있도록 규정하고 있는데도 1996년도만을 비과세한 것은 간척농지에 대한 비과세 규정의 취지에 맞지 아니하여 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 일시 경작을 하게 한 간척농지가 사실상 국가소유 토지로서 농지세 등이 비과세 되는지 여부와 농지관리 등에 소요된 필요경비 산정의 적법여부, 지방세법 제201조 규정에 따른 비과세 토지 해당여부 등에 있다 하겠다. 관계법령을 보면, 지방세법 제197조제3호 및 같은법시행령 제147조에서 농지로부터 얻은 수입금액에서 대통령령이 정하는 필요경비인 인건비, 종자대, 비료비, 농약대, 시설비, 농기구구입비, 농기계유지관리비, 공과금, 제재료비, 수리비, 자본용역비, 임차료 및 광열비를 공제한 금액을 농지소득금액으로 한다고 규정하고, 같은법 제208조제1항 및 제3항에서 농지소득금액을 계산할 경우에 필요경비로 산입하는 금액은 당해 과세기간의 수입을 위하여 투하한 비용의 합계액으로 하며, 같은법시행령 제159조제1호에서 법인 또는 개인이 장부를 비치·기장하고 있거나 기타 자료 등에 의하여 사실상 소요된 필요경비가 입증되는 경우에는 당해 장부에 의하여 확인되는 금액을 기초로 계산한다고 규정하고, 그 제2호에서 법인 또는 개인이 장부를 비치·기장하지 아니하였거나 장부 등의 내용을 인정할 수 없는 경우에는 시장·군수가 정한 작물별 평균필요경비(농작물을 재배하게 함으로 인하여 얻는 수입금액의 경우에는 농지관리 등에 소요된 평균필요경비)를 기준으로 계산한다고 규정하고 있다. 이건 처분청의 농지세 등 부과 처분 경위와 사실관계 등을 살펴보면, 청구인은 1979.12.1. 농림부장관에 의하여 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군(현재 ㅇㅇ시) 및 당진군 일대를 사업구역으로 하는 ㅇㅇ지구 농업종합개발사업의 시행자로 지정받아 1981.4.16. 위 농업개발사업공사에 착수하여 1996.3.22.까지 구거, 도로, 제방, 유지 등의 공공시설과 7,595ha(ㅇㅇ시 2,186ha, ㅇㅇ군 5,409ha)의 간척농지를 조성한 후 매립면허준공인가를 받아 1994년～1996년사이에 청구인 명의로 소유권이전등기를 하였으며, 위 농업종합개발사업 시행과정에서 부분적으로 조성된 간척농지를 농업용수공급을 조건으로 1991년부터 지역농민들에게 임대하여 농작물을 재배하게 한 뒤 이들로부터 수확량의 10%를 경작료로 징수하였으며 징수한 경작료는 청구인의 자체수입으로 처리하고 결산을 하여왔으며, 처분청은 1996.10.7에 1991년～1995년까지 5년간 발생한 농지소득에 대한 농지세 등(745,366,300원)을 부과한데 대한 ㅇㅇ고등법원 판결(사건번호 97구 3499) 결과 지방세법시행령 제159조제2호 규정에 따라 농지관리 등에 소요된 평균 필요경비를 산정하지 아니한 잘못이 있다는 이유로 농지세 등 부과처분이 위법하다는 판결을 받은 후, 1991년～1998년(1996년도 제외)도 당시 결정된 작물별 평균 필요경비율을 적용하여 이건 농지세를 다시 부과한 사실은 제출된 자료에서 확인되고 있다. 이건에 관하여 청구인의 주장내용을 차례대로 살펴본다. 첫째, 청구인이 일시경작농지 관리를 위한 관리사무소 운영경비와 농업용수공급을 위한 필수시설물인 방조제, 담수호 등의 유지관리에 소요된 비용을 모두 필요경비로 인정하여야 한다는 주장에 대하여 보면,청구인은 법인장부를 이건 농지에 대한 간척지 일시경작사업과 비간척지(일반지구)사업 및 주수원공관리사업(담수호, 방파제 등 시설 관리)의 3가지로 각각 구분 작성하였으며, 일시경작계약서상에서 청구인이 이건 농지에 용수공급 의무를 부담하는 조건으로 경작료를 받도록 하였으므로 일시경작사업을 위하여 이건 농지에 농업용수의 공급을 위한 각종 시설〔담수호(총 저수량 122백만톤)관리시설(방조제, 배수장), 양수장(7개), 농지용수공급용 수로 등〕의 유지관리등에 소요된 비용으로 법인장부(간척지 일시경작사업과 주수원공관리사업)에 의하여 입증되는 인건비(관리사무소 직원 및 수로관리원 등), 수리비(농수로 시설보수 및 방조제시설물보수비 등), 시설비(농수로 준설비 등)는 필요경비에 포함시키는 것이 마땅하다 하겠다. 그리고 처분청이 ㅇㅇ고등법원에서 이건 농지 임대수입에 대한 필요경비를 법인장부에서 확인할 수 있도록 구분 기장되어 있지 아니하므로 사실상 소요된 필요경비를 계산할 수 없다는 이유로 “농지관리에 소요된 평균필요경비를 정하여 농지세를 부과하도록 한 판결에 따라 필요경비를 계산하면서 농지임대에 소요된 평균필요경비가 아닌경작자가 농작물을 직접 경작하는 경우에 적용하는 작물별 평균필요경비율(’91～’95년: 66%, ’97년: 67%, ’98년: 68%)을 적용하여 필요경비를 계산한 것은 잘못이라 하겠으므로, 처분청은 별도로 이건 농지관리 등에 소요된 평균필요경비를 다시 조사하여 결정한 후 이를 필요경비로 인정하여야 할 것이다. 다만, 청구인이 필요경비 재조사시 청구인의 법인장부(간척지일시경작사업, 주수원공관리사업)상 사실상 소요된 필요경비가 입증되는 인건비, 수리비, 시설비를 필요경비로 인정하되, 주수원공관리사업에 계상되어 있는 인건비 등에 대하여는 간척지 일시경작사업과 비간척지사업에 공통으로 소요된 비용으로 보아야 할 것이므로 이건 농지와 비간척지를 합한 면적(‘91:2,267ha, '92:3,163ha, '93:3,979ha, '94:4,618ha, '95:5,807ha, '97:5,964ha, '98:5,961ha) 중 이건 농지면적이 차지하는 비율(‘91:52.1%, ’92:55.2%, ’93:59.4%, ’94:61.9%, ’95:66.3%, ’97: 64.6%, ’98: 9.5%)로안분한 금액을 필요경비로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 둘째, 이건 농지가 실질적으로는 청구인의 소유가 아닌 국가소유이므로 이건 농지소득은 청구인의 소득이 아닌 국가소득이라는 주장에 대하여 보면, 이건 농지는 농지조성비용을 국가에서 부담하였다 하더라도 소유권이 청구인의 명의로 등기되어 있고 경작료 역시 청구인의 수입으로 결산된 사실이 확인되고 있는 이상, 청구인의 주장을 받아들일 수 없다. 셋째, 처분청이 1996년도 농지세만 비과세하고 그 이전과 이후는 농지세를 비과세하지 아니한 것은 부당하다는 주장에 대하여 보면, 지방세법 제201조 및 같은법시행령 제153조에서 시장·군수가 납세의무자의 비과세 신청에 의거 매립·간척지의 농지소득에 대하여 10년 이내의 기간동안 농지세를 부과하지 아니할 수 있다고 규정하고, 같은법 제204조에서 제201조의 규정에 의하여 농지세를 비과세하는 경우에는 비과세신청을 한 날이 속하는 과세기간분부터 부과하지 아니하도록 규정하고 있는 바, 이는 처분청이 간척지의 농지소득에 대하여 농지세를 반드시 비과세하여야 하는 것은 아니므로 처분청의 판단에 따라 이건 농지에 대한 농지세를 비과세 하지 아니한 것은 별다른 잘못이 없을 뿐만 아니라, 청구인이 이건 농지세 과세년도마다 비과세신청을 하지 아니하였고 비과세신청한 1991년도와 1997년도 농지소득에 대하여도 처분청의 판단에 따라 비과세하지 아니하기로 결정한 것이라 하겠으므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2000. 2. 23. 행 정 자 치 부 장 관