시지역에서 법인설립한 후 본점 소재지를 농어촌으로 이전 한 중소기업의 취득세 면제(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.7.30. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 17필지 토지 12,395㎡를 취득한 후 1998.3.19. 그 지상에 공장건축물 2,750.53㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 취득한 데 대하여 구조세감면규제법(1998.12.28. 법률 제5584호로 조세특례제한법으로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조제2항 및 제114조제2항의 규정에 의하여 농어촌지역에서 창업한 중소기업이 취득한 부동산으로 보아 취득세와 등록세의 100분의 75를 감면하였으나, 그후 세무조사결과 청구인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시에서 본점 설립등기를 하였으므로 농어촌지역에서 창업한 중소기업에 해당되지 않을 뿐만 아니라 일부 과세표준을 과소신고납부한 사실이 확인되어, 이건 부동산의 취득가액(2,379,046,099원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 38,046,240원, 농어촌특별세 3,723,200원, 등록세 16,438,570원, 교육세 3,257,810원, 합계 61,465,820원(가산세 포함)을 1999.9.28. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 어류양식용 사료제조를 주목적으로 하는 법인으로서 당초 법인설립시 제조공장의 입지가 미정인 상태이었기 때문에 일시적으로 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시에서 법인설립 등기를 하였으나, 설립당시에는 사무실을 설치하지도 않았던 상태이었으며, 이건 부동산을 공장부지로 선택하여 공장을 신축한 후 임직원이 공장소재지에 상주하면서 법인업무를 시작하면서 본점소재지 변경 등기를 하였는 바, 사실상 창업은 농어촌지역에서 하였는데도 형식적으로 법인 설립등기를 농어촌지역 이외의 지역에서 하였다고 하여 지방세 감면혜택을 부여하지 않는 것은 실질과세의 원칙에 위배될 뿐만 아니라 입법취지에도 어긋나므로, 처분청이 이미 과세면제하였던 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 농어촌지역에서 창업한 중소기업에 해당하는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구조세감면규제법 제6조제1항제1호, 제113조제2항, 같은법시행령 제6조제1항에서 농어촌발전특별조치법 제2조제4호에서 규정하고 있는 농어촌지역(수도권 제외)에서 창업한 중소기업이 그 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용 재산의 취득 등기에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 75를 감면하도록 규정하고 있고, 농어촌발전특별조치법 제2조제4호, 같은법시행령 제4조에서 농어촌이라 함은 군 지역과 시지역중 주거·상업·공업지역을 제외한 지역을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.1.25. 농어촌지역에 해당되지 않는 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지를 본점 소재지로 하여 법인설립등기를 하고, 같은해 2.13. 사업자등록을 한 후, 같은해 6.20. 중소기업창업지원법의 규정에 의한 사업계획 승인을 받아, 같은해 7.30. 이건 부동산중 토지를 취득하고, 1998.3.19. 공장용 건축물을 신축하고서, 같은해 4.9. 공장등록을 하였으며, 공장신축후 1년이 경과한 1999.4.17. 및 5.6.에 본점이전등기와 사업자등록변경 절차를 이행한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 형식적인 법인설립 등기만 시지역에서 하였을 뿐 사실상으로는 농어촌지역에서 창업하였으므로 감면한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인의 경우와 같이 농어촌지역이 아닌 시지역에서 법인설립 등기를 한 경우까지 감면대상으로 인정한다면, 농어촌지역이 아닌 지역에서의 법인설립 등기에 대하여 등록세를 감면해야 한다는 논리적 모순이 발생되며, 중소기업창업지원법시행규칙 제3조에서 법인의 경우 법인등기일을 사업개시일로 보도록 규정하고 있는 점을 볼 때, 농어촌지역에서 창업한 중소기업이라 함은 법인의 경우 농어촌지역에 본점소재지를 두고 법인설립등기를 마침으로써 사업을 개시한 법인만이 가리키는 것이라고 보아야 할 것(같은 취지의 대법원판결 1993.7.16. 93누3332)으로서, 청구인의 경우와 같이 농어촌지역이 아닌 시지역에서 설립한 후 2년 3개월, 공장설립후 1년 1개월이나 경과한 후에 본점소재지를 농어촌으로 이전하였다하여 소급하여 농어촌지역에서 창업한 중소기업으로 될 수는 없는 것이라 하겠으므로, 청구인의 경우는 감면대상이 되는 창업 중소기업으로 볼 수는 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 2. 23. 행 정 자 치 부 장 관