비업무용 토지로 보아 중과세한 처분이 적법한지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 1999.8.8. 청구인에게 부과고지한 취득세 21,271,050원, 농어촌특별세 509,100원, 등록세 5,176,180원, 교육세 948,950원, 합계 27,905,280원(가산세 포함)을 취득세 16,661,170원, 농어촌특별세 509,100원, 등록세 3,332,230원, 교육세 610,900원, 합계 21,113,400원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 3 처분청은 청구인이 1995.4.7. 산업단지내의 토지인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 공장용지 1,849㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 1997.1.13. 그 지상에 3개동의 공장용 건축물 1,103.08㎡(A동: 476,54㎡ 공장, B동: 427.82㎡ 공장, C동: 198.72㎡ 사무실, 이하 “이건 건축물”이라 한다)를 취득한데 대하여 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조제1항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 감면하였다. 그러나 그후 세무조사결과 청구인이 이건 건축물중 일부(A동 및 C동 2층 575.9㎡)를 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 임대하였으므로 과세면제한세액의 추징대상에 해당될 뿐만 아니라, 그 부속토지 965.44㎡는 법인의 비업무용 토지에도 해당된다고 보아, 임대한 건축물 및 그 부속토지(이하 “이건 쟁점 부동산”이라 한다)의 취득가액(토지 92,562,090원, 건축물 192,078,952원, 합계 284,641,042원)에 구지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제2항, 제131조제1항제3호 및 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 21,271,050원, 농어촌특별세 509,100원, 등록세 5,176,180원, 교육세 948,950원, 합계 27,905,280원(가산세 포함)을 1999.8.8. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 이건 건축물을 신축하여 일부는 자재창고로 직접 사용하고 나머지는 중소기업자에게 임대한 것으로, 이와 같이 중소기업자에게 임대하고자 취득한 부동산에 대하여도 취득세 등의 과세면제 대상이 되므로 추징대상에 해당되지 않을 뿐만 아니라, 이건 건축물 취득후 2년의 유예기간이 경과하기 전인 1997.8.30. 지방세법 제276조제1항이 개정되면서 유예기간이 3년으로 연장되었으므로 3년의 유예기간이 경과된 후에 추징여부를 판단하여야 할 것으로서, 아직 3년의 유예기간이 경과하지도 않았고, 청구인은 유예기간내에 이건 건축물중 A동의 2분의 1(238.27㎡), B동 전체(427.82㎡) 및 C동 1층 사무실(99.36㎡)을 직접 사용하였으므로, 이건 건축물중 100분의 50 이상을 직접 사용하였는데도, 처분청이 A동의 2분의 1을 청구인이 직접 사용한 것을 인정하지 않고, 이건 쟁점부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하였을 뿐만 아니라, 그 부속토지는 비업무용 토지에 해당한다고 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 공업단지내의 토지를 취득하여 그 지상에 공장용 건축물을 신축한 후 그 일부를 임대한 경우 그 임대부분에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고, 그 부속토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구지방세법 제276조제1항 본문, 제1호가목 및 나목에서 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 공장을 신축하기 위하여 최초로 취득한 토지와 그 토지 취득일로부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(기존 건축물을 취득하는 경우는 제외)에 대하여는 취득세와 등록세를 과세면제하지만, 공장용 부동산의 취득일로부터 2년(1997.8.30. 지방세법 개정시 3년으로 개정되었음) 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우 또는 법인의 비업무용 토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제2항, 구지방세법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항제1호가목에서 공장용 토지를 취득하여 정당한 사유없이 3년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보지만, 같은조제4항제7호에서는 법인이 직접 사용하기 위하여 취득한 건축물로서 취득한 날부터 1년 이내에 당해 법인이 직접 사용하는 부분의 연면적이 그 건축물 연면적의 100분의 50 이상이 되는 경우에는 당해 건축물의 부속토지 전체를, 100분의 50에 미달하는 경우에는 직접 사용하는 비율에 해당하는 부속토지를 비업무용 토지에서 제외하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1995.4.7. 이건 토지를 취득한 후 같은해 12.26. 건축허가를 받아 1997.1.13. 그 지상에 이건 공장용 건축물을 신축한 후 A동은 ㅇㅇ정밀 대표 ㅇㅇㅇ이 전체를 임차하였고, 임차인인 ㅇㅇ정밀은 그중 2분의 1을 1997.3.1.부터 ㅇㅇ전자 대표 ㅇㅇㅇ에게 전대하였으며, ㅇㅇ전자에서 사용하던 부분은 1998.8.1.부터 청구인이 직접 사용하다가 1999.6.14. A동 전체를 (주)ㅇㅇ에 임대하였고, B동은 신축후 1998.7.31.까지 청구인이 자재보관 창고로 직접 사용하다가 1998.8.1.부터 현재까지 ㅇㅇ전자에 임대하고 있으며, C동의 경우 1층은 청구인이 1998.7.31.까지 창고로 사용하다가 그후 현재까지 ㅇㅇ전자에 임대하고 있고, 2층은 1997.2월경부터 ㅇㅇ정밀에서 임차하여 2분의 1은 직접 사용하고, 2분의 1은 1997.3.1.부터 ㅇㅇ전자에 전대하였으며, 1999.6.14.부터는 (주)ㅇㅇ에게 2층 전부를 임대한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있으므로, 임대한 공장의 부속토지는 그 취득일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 직접 사용하지 아니하고 임대하였으므로 법인의 비업무용 토지에 해당됨을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이건 토지 취득후 3년이 되는 시점에서 이건 건축물의 100분의 50 이상을 직접 사용하였으므로 이건 쟁점부동산중 토지부분에 대하여 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분이 부당하다고 주장하지만, 청구인의 경우 1997.1.13. 이건 건축물을 신축하여 그중 A동 전부와 C동 2층 사무실을 임대할 당시 청구인의 법인등기부상 고유업무에는 부동산임대업이 포함되어 있지 않았고, 1998년도의 결산서상에 A동에 대한 임대보증금이 계상되어 있으므로 이건 토지 취득후 3년이 되는 시점에서 이건 건축물 연면적의 100분의 50 이상을 직접 사용하였다고 인정할 수도 없으므로, 유예기간이 경과한 시점에서 임대용 건축물의 부속토지는 법인의 비업무용 토지에 해당된다 하겠으므로 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 그러나 임대한 건축물의 경우 과세면제한 취득세 등을 추징하기 위해서는 건축후 3년간의 유예기간이 종료하는 때에 추징여부를 판단하여야 할 것인데도, 유예기간이 경과되기 전에 임대하였다는 사유만으로 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 11. 24. 행 정 자 치 부 장 관