등록세를 부과한 처분청의 과세처분이 적법한 지의 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.4.4 도시개발공사로부터 분양받아 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ(아) ㅇㅇ동 ㅇㅇ호(전용면적 39.84㎡, 토지 27.24㎡ 이하 “이건 아파트”라 한다)중 건물에 대해서는 취득세와 등록세를 감면하였으나 지적공부가 정리되지 않은 그 토지에 대한 소유권은 1999.2.26.에야 이전등기(대지권 표시등기)하게 되었고, 토지소유권 등기일 당시 청구인은 1가구 1주택에 해당되지 않으므로 이건 아파트의 분양가액(53,976,000원)중 토지가액(26,988,000원)에 지방세법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 809,640원, 교육세 161,920원, 합계 971,560원을 신고납부하자 이를 수납하여 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 공동주택의 전유부분(건물)과 대지권(부속토지)은 종속적 일체성이 있어서 분리하여 처분할 수 없고, 1996.4.4.경 이건 아파트를 취득하면서 취득세(건물 및 토지)와 등록세(건물)를 구ㅇㅇ시세감면조례(1996.7.1. 조례 제3311호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제16조제2항에 의하여 감면받은 바 있으며, 토지 등기가 지연된 책임도 사업시행자(건축주)인 도시개발공사에 있으므로, 이건 아파트의 취득(등기) 당시의 세법을 적용하여 감면하지 아니하고 토지의 등기가 이루어지는 시점에 다른 주택(ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ (아)ㅇㅇ동 ㅇㅇ호)을 소유하게 됨에 따라 1세대 2주택으로 판단하여 등록세를 신고납부토록 한 것은 세법을 잘못 해석 적용한 위법한 처분이라고 주장하면서 그 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 공동주택 취득(등기) 당시에 1가구1주택이어서 취득세(건물 및 토지) 및 등록세(건물)를 구ㅇㅇ시세감면조례 제16조제2항에의하여 면제 받았으나, 토지등기는 지적정리가 지연되어 1가구2주택인 시점에서 이루어지는 경우 등록세를 부과한 처분청의 과세처분이 적법한 지의 여부에 다툼이 있다고 하겠다. 지방세법 제29조제1항제2호 및 제30조제1항제1호에 의하여 등록세는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록할 당시에 납세의무가 성립하고 이를 신고납부하는 때에 납세의무가 확정되며, 같은법 제124조에서 재산권 기타 권리의 취득·이전 등에 관한 사항을 공부에 등기하는 자를 납세의무자로 규정하고 있으며, 구ㅇㅇ시세감면조례 제16조의제2항의 본문 및 제1호에서 공공단체·주택건설사업자가 분양할 목적으로 건축한 전용면적 40㎡이하의 공동주택(그 부속토지를 포함한다)을 최초로 분양받아 1세대 1주택이 되는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은조 제4항에서는 “제2항의 1세대 1주택에 대하여 주민등록법에 의한 세대별 주민등록표에 기재되어 있는 세대주와 그 배우자·직계존속·직계비속 및 형제자매 등으로 구성된 1세대가 1주택을 소유하는 것을 말한다.(생략)”라고 규정하고 있으며, 또한, 이건 토지의 이전등기일(1999.2.26) 현재의 ㅇㅇ시세감면조례 제14조제3항에서 ‘1가구1주택’을 1가구가 공동주택의 취득일(등록세의 경우 등록일) 현재 국내에 1개의 주택을 소유하는 것으로 규정하고 있다. 청구인의 경우 이건 아파트를 취득하여 등기하면서 건축물에 대하여는 위 구감면조례에 의하여 취득세 및 등록세를 면제받았으나, 토지 구분소유등기는 1세대 2주택에 해당하는 시점에 이루어졌다. 등록세는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록할 당시에 납세의무가 성립하고, 이를 신고납부하는 때에 납세의무가 확정되는 세목으로서, 이건 아파트중 건물의 이전등기에 따른 등록세는 등록세 납세의무 성립시기인 건물의 이전등기 당시에 1세대 1주택으로 면제받았다 할지라도, 그후 추가로 1구의 주택을 취득한 경우 감면요건에 해당되지 않아 등록세 납세의무가 있다고 하겠다. 또, 토지구분소유권 등기 지연이 사업시행자인 도시개발공사가 늦게 정리함으로 발생한 것으로 본인의 귀책사유에 기인한 것이 아니라 하나 이는 양당사자간 문제로서 지방세법상 논의의 대상이 된다고 할 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 10. 27. 행 정 자 치 부 장 관