사실상 취득가액을 무엇으로 볼 것인지의 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 청구인은 ㅇㅇ건설(주)이 운영하고 있던 석고보드 공장을 매수하기로 하고, ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 9필지의 공장용지 등 164,077㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상의 건물 37,764.31㎡(이하 “이건 건물”이라 한다) 및 공장시설 일체에 대하여 1997.12.31. 매매계약(이하 “이건 계약서”라 한다)을 체결한 후, 1998.11.13.이건 계약서에 대한 검인을 받고, 1998.11.19. 그 전체 매매대금(부가가치세 제외, 78,788,000,000원)중 이건 토지와 이건 건물부분(이하 “이건 부동산”이라 한다)의 해당액(77,300,000,000원)을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 2,319,000,000원과, 교육세 463,800,000원, 합계 2,782,800,000원을 자진신고 납부하므로, 처분청에서는 같은날 이를 수납하여 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 공장을 취득한 후,소유권을 이전하기 위하여 등록세를 납부하였는데, 그 당시 신고인의 업무 착오로 인하여 금융비용과 영업권 조정가액을 과세표준에 포함하여 등록세액을 산출함으로서, 등록세 686,485,090원과 교육세 137,297,010원, 합계 823,782,100원을 초과납부 하였기 때문에 그 과다납부된 등록세 등은 환부되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 등기 당시의 법인 장부가격을 과세표준으로 하여 등록세를 신고 납부한 후 법인 장부를 수정기재한 경우 이미 납부한 등록세를 환부할 수 있는지에 관한 것으로서, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하는 자에게 부과하되, 그 등기하는 자가 법인인 경우에는 사실상 취득가액을 과세표준으로 하는 것이므로 이건 부동산의 사실상 취득가액을 무엇으로 볼 것인지의 여부에 다툼의 초점이 있다 하겠다. 그런데 청구인은 1997.12.31. 이건 석고보드 공장을 인수하기로 ㅇㅇ건설(주)과 매매계약을 체결하면서,매매계약서 제1조에 이건 공장의 총 매매대금 80,352,100,000원 중 토지는 62,707,000,000원, 건물은 16,052,300,000원(부가가치세 1,459,300,000원 포함), 구축물은 1,592,800,000원(부가가치세 144,800,000원포함)으로 각 물건별 매매가격을 정하고서, 그 제7조에서는 “이 계약의 해석에 관하여 이의가 있거나 이 계약에 규정되지 아니한 사항에 대하여서는 갑과 을이 협의하여 결정한다”라고 약정하였고, 계약 체결일부터 2개월 정도가 지난 후에 계약서에 석고보드사업부분에 대한 영업권이 반영되지 아니하였음을 발견하고, 1998.2.28. 이를 보완한 부속합의서를 새로 작성하였는데, 이때 토지가액을 당초보다 28,324,000,000원이 줄어든 34,383,000,000원으로 수정하였고, 이 같은 내용을 1998.11.20.자로 토지·건물 등의 본계정에 기재한 자료를 제시하면서, 이건 취득가액은 당초계약서상의 금액이 아닌 부속합의서상의 금액으로 하여야 한다고 주장하고 있다. 그러나, 청구인은 매매계약서상 토지가격을 수정한 부속합의서 작성일(1998.2.28.)부터 8개월이나 경과한 1998.11.13.자로 이건 계약서의 검인을 받을 때 새로 작성했다는 그 부속합의서를 첨부하지 않았음은 물론, 1998.11.19.당초에 약정한 계약서상의 금액을 그대로 신고한 점과, 청구인에게 이건 공장을 매각한 ㅇㅇ건설(주)이 ㅇㅇ은행과 연서하여 1998년 5월 ㅇㅇ세무서장에게 제출한 특별부가세면제신청서상의 물건별 양도가액이 청구인이 신고납부한 내용대로 기재되어 있는 사실 및 당초매매계약 자체를 전혀 변경하지 않았다는 점 등을 종합해 보면, 이건 매매계약서상 목적물별 가액을 청구인이 주장하는 대로 인정하기에는 신빙성이 부족하고, 이와 같은 일련의 업무처리 과정이 단순한 착오에 의한 행위라는 주장 또한 받아들이기 어렵다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 7. 28. 행 정 자 치 부 장 관