고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1993.4.7.부터 1995.10.7.까지 ㅇㅇ대학교 부설 연구소 및 부대시설 설치를 목적으로 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 95필지 전·답·임야 280,682㎡(이하 “이건 제1토지”라 한다)와 같은리 ㅇㅇ번지 대지 46㎡(이하 “이건 제2토지”라 한다)를 성업공사로부터 연부취득하여 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 제127조제1항제1호 규정에 따라 취득세·등록세를 비과세 하였으나, 이건 제1토지의 취득일로부터 1년이내에 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 아니하였을 뿐만 아니라, 이건 제1·2토지의 취득일로부터 3년이내에 고유업무에 직접 사용하지도 않았으므로 비과세된 취득세·등록세 등을 추징하고, 구지방세법시행령(1997.10.1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제3항제4호 및 같은법시행령 제84조의4제1항제1호 규정에 따른 법인의 비업무용토지로 보아 이건 제1·2토지의 취득가액(1,656,072,000원)에구지방세법 제112조제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한취득세 276,232,440원, 농어촌특별세 12,296,290원, 등록세 39,425,160원, 교육세 7,227,930원, 합계 335,181,820원(가산세 포함)을 1998.12.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 취득세 등 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 비영리학교법인으로서 ㅇㅇ대학교 부설연구소, 연구원 숙소 및 요양소, 체육장, 실습지 등 부대시설 설치를 목적으로 이건 제1·2토지 280,728㎡(이하 “이건 전체토지”라 한다)를 성업공사로부터 1993.4.7.부터 1995.10.7(30개월)까지 연부로 취득한 후, 1996.2.9. 국토이용관리법 제20조에 의거 ㅇㅇ시에 공공시설입지승인 신청, 교육부에 학교시설사업시행계획 인가신청 등 관계기관과 협의·인가·승인 등의 과정을 거쳐 1998.6.15.과 같은해 6.20. ㅇㅇ시로부터 공공시설입지승인 및 개발행위신고수리를 득하였으며, 1998.8.27. 농지조성비를 납부하고 공공시설입지승인사업 구역에 편입된 공유지(ㅇㅇ시 토지 30,836㎡, 교육청 토지 6,347㎡)에 대한 매각요청을 하였으나 회신이 없어 1999.1.26. ㅇㅇ시 및 ㅇㅇ도 교육청에 매각을 재 요청하는 등 이건 전체토지를 고유업무에 사용하기 위한 노력을 기울여 왔다. 따라서 청구인은 이건 전체토지중 지목이 전·답·임야인 이건 제1토지 취득 후 공공시설입지승인 등 관계기관과의 협의 등을 거치는 과정에서 1년 이내에 지목을 변경할 수 없었으며, 유예기간(3년)내에 당초 부설연구소 등 설치 계획에 의거 정상적으로 사업을 추진하고자 하였으나, 공공시설입지승인 사업구역에 편입된 공유지가 매수되지 아니하여 정상적인 사업 추진이 불가능함에 따라 이건 전체토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 사실은 법인의 비업무용 토지에서 제외되는 “정당한 사유”가 있는 것으로 보아야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 학교법인이 전·답·임야 등을 취득한 후 1년 이내에 지목변경 후 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유 및 유예기간(3년)내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에서 교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위해 취득·등기하는 부동산(법인의 비업무용 토지 등 제외)에 대하여 취득세·등록세를 비과세하지만, 그 토지 취득일부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니하는 경우 비과세된 취득세·등록세를 부과하도록 규정하고, 지방세법 제112조의3 및 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호에서 법인이 토지를 취득한 날부터 3년 내에 정당한 사유없이 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있으며, 구지방세법시행령 제84조의4제3항제4호에서는 농업·축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 전·답·임야 등을 취득한 날부터 1년이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에 법인의 비업무용토지로 보도록 각각 규정하고 있고, 법인이 토지를 취득하여 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정함에 있어 그 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26. 92누8750)할 것이다. 청구인은 비영리 학교법인이므로 이건 전체토지가 비과세 대상이 되거나 법인의 비업무용 토지에서 제외되려면, 1992.10.8. 성업공사와 연부 매매계약을 체결하고 취득한 이건 전체토지중 지목이 전·답·임야인 이건 제1토지는 잔금지급일(취득일)인 1995.10.7.부터 1년 이내에 지목을 변경하여 고유업무에 사용하여야 하고, 지목이 대지인 이건 제2토지는 3년 내에 고유업무에 직접 사용하거나 사용하지 못한 정당한 사유가 있어야 할 것이나, 청구인은 이건 전체토지를 연부계약에 의하여 취득한 후 잔금지급일부터 4개월이 경과한 1996.2.9.에야 ㅇㅇ시에 공공시설입지승인신청을 하였으며, 같은달 15. ㅇㅇ시로부터 서류 보완요청(학교설립 인가 등)을 받았음에도 5개월이 경과한 1996.8.1.에야 교육부에 학교시설 사업시행계획 인가신청을 하였고, 1998.6.15. ㅇㅇ시로부터 공공시설 입지승인을 받고 1998.8.7. 농지조성비를 납입하였음에도 이건 심사청구일(1999.6.25) 현재까지 처분청에 농지전용허가 신청을 한 사실이 없으며, 관계법령 등에 의한 특별한 장애사유 없이 이건 전체토지의 취득 목적인 ㅇㅇ대학교 부설연구소 및 부대시설 건축을 위하여 처분청에 단 한차례의 건축허가 신청을 한 사실조차 없었던 사실을 종합해 볼 때, 청구인이 이건 전체토지를 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 인정할 수 없는 것이라 하겠다. 그리고 이건 전체토지 중 공공시설 입지승인사업구역 내에 공유지가 일부(37,183㎡) 편입되어 있어 고유업무에 사용하지 못하였다는 주장 역시 청구인이 이건 전체토지를 취득하기 이전부터 공유지로 되어 있었던 것이므로 이를 이유로 이건 전체토지를 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 토지로 볼 수도 없다 하겠다. 그러므로 처분청이 이건 전체 토지에 대하여 비과세된 취득세·등록세 등을 추징하고, 나아가 이건 전체토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 정당하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 7. 28. 행 정 자 치 부 장 관