비과세된 취득세 등을 추징 부과한 처분이 적법한지의 여부(경정)

[주 문] 처분청이 1998.11.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 5,869,490원, 농어촌특별세 538,030원, 등록세 4,402,120원, 교육세 807,050원, 합계 11,616,690원(가산세 포함)을 취득세 5,869,490원, 농어촌특별세 538,030원, 등록세 2,347,790원, 교육세 430,420원, 합계 9,185,730원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.1.3. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지 대지 284.3㎡ 및 위 지상 건축물(지하 1층, 지상4층 연면적 881.18㎡, 이하 “이건 부동산”이라 한다)을 종교용에 사용하기 위하여 증여로 취득하였으므로 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항제1호 규정에 의거 취득세와 등록세를 비과세 하였으나, 이건 부동산의 일부(지상1층～3층, 362.97㎡, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 고유업무에 사용하지 아니하고 쟁점 부동산을 수익사업인 임대용에 사용하였으므로 비과세한 취득세 5,869,490원, 농어촌특별세 538,030원, 등록세 4,402,120원, 교육세 807,050원, 합계 11,616,690원(가산세 포함)을 1998.11.10. 추징 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 취득세 등 부과 처분의 취소를 청구하면서 그 이유로, 청구인은 선교, 종교교육, 사회봉사, 문화, 구제사업을 고유목적사업으로 하는 비영리종교법인으로서 1997.1.3. 이건 부동산을 고유목적에 사용할 목적으로 ㅇㅇㅇ로부터 증여 받아 취득·등기 한 후 쟁점 부동산을 ㅇㅇㅇ외 6인에게 각각 임대한 사실이 있으나, 임대 규모의 영세성 등을 고려하여 볼 때, 종교를 목적으로 하는 법인의 성격상 쟁점 부동산을 임대한 것을 수익사업으로 볼 수는 없는 것이라 하겠는데도 쟁점 부동산을 수익사업에 사용한 것으로 보아 당초 비과세 하였던 이건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 비영리사업자가 부동산을 취득하여 임대한 경우 수익사업에 사용한 것으로 보아 임대한 부동산에 대하여 당초 비과세된 취득세 등을 추징 부과한 처분이 적법한지의 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조제1호 및 같은법시행령 제78조의2·제79조제1항, 같은법 제127조제1항제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위해 부동산을 취득·등기하는 경우 취득세와 등록세를 비과세하지만 법인세법 제3조의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있고, 법인세법 제3조제2항제1호에서 부동산 임대업은 수익사업에 해당한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인이 쟁점 부동산을 임대한 것이 수익사업에 해당하는지 여부에 대하여 보면, 청구인은 선교, 종교교육, 사회봉사, 문화, 구제사업을 영위하는데 필요한 재산을 소유·관리함을 고유목적사업으로하는 비영리사업자로서 1997.1.3. 이건 부동산을 증여로 취득한 후 ㅇㅇ 세무서에 신규로 사업자등록을 하면서 사업의 종류를 부동산 임대업으로 하고, 사업장소재지를 이건 부동산의 소재지로 신고한 사실이 1997.4.3. 발급받은 사업자등록증에서 확인되고 있고, 청구인이 이건 부동산을 증여 받을 당시에 이건 부동산 중 2·3층 일부(55.79평)가 ㅇㅇㅇ외 1인에게 임대중인 상태(임대기간 1996.4.1.～1997.6.30.)였으며, 위의 임대기간이 종료된 후 쟁점 부동산을 ㅇㅇㅇ외 6인에게 새로이 임대(임대면적:362.97㎡, 임대기간 1997.7.1.～1998.12.14.)한 사실이 1998.10월에 작성된 처분청 담당공무원의 현지확인 복명서와 임대차계약서에서 입증되고, 또한 부동산 임대업은 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항 단서에서 규정하고 있는 수익사업에 해당됨이 분명하므로 처분청이 이건 부동산 중 수익사업에 사용된 쟁점 부동산에 대하여 비과세 되었던 취득세·등록세 등을 추징 부과한 처분은 정당하다 하겠다. 그러나, 지방세법 제131조제1항제2호 단서 규정에서 같은법 제127조제1항제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 무상으로 소유권을 취득하여 등기하는 경우에 적용하는 등록세율은 부동산가액의 1,000분의 8을 적용하도록 규정하고 있음에도 1,000분의 15를 적용하여 등록세를 추징한 것은 잘못이라 하겠으므로 1,000분의 8을 초과하는 부분에 대한 등록세는 감액하여야 할 것이다. 따라서 쟁점 부동산이 종교용으로 사용되는 것으로 보아야 한다는 청구인의 주장은 이유가 없다고 하겠으나, 처분청의 등록세액 산정에 일부 잘못이 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 6. 30. 행 정 자 치 부 장 관