법인의 비업무용 유예기간(3년) 적용시점이 적법한지와 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지의 여부(경정)

[주 문] 처분청이 1998.8.14. 청구인에게 부과 고지한 취득세 252,000,000원, 농어촌특별세 23,100,000원, 등록세 27,000,000원, 교육세 4,950,000원, 합계307,050,000원(가산세 포함)을 취득세 117,000,000원, 농어촌특별세 10,725,000원, 합계 127,725,000원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 창업중소기업인 청구인이 공장설립 목적으로 1995.6.25. 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 8필지 토지 98,554㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 구조세감면규제법(1996.12.30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조제2항 및 제114조제2항의 규정에 의거 취득세와 등록세 등 100분의 50을 경감하였다. 그러나 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 경감된 취득세 등 추징대상 및 법인의 비업무용토지에 해당된다고 보아 그 취득가액(1,500,000,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항·제131조제1항제3호(2)목 및 제112조제2항의세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 252,000,000원, 농어촌특별세 23,100,000원, 등록세 27,000,000원, 교육세 4,950,000원, 합계 307,050,000원(가산세 포함)을 1998.8.14. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1995.6.10. 설립된 창업중소기업으로서 압면공장을 설치하기 위하여 1995.6.25. 이건 토지를 취득한 후 처분청에 중소기업창업사업계획 승인신청과 토지거래허가 신청을 하였으나, 수차례에 걸친 반려끝에 1997.3.25.에야 중소기업창업사업계획 승인을 받고 1997.5.30. 토지거래허가를 받아 1997.7.15. 소유권 이전등기를 한 후 공장설립을 추진하려고 하였다. 그러나, IMF로 인한 자금사정 악화로 이건 토지 취득일(1995.6.25.)로부터 3년(1998.6.25.)이 경과한 1999.3.3. 현재까지 건축공사를 착공하지 못하고 있다. 그러나 처분청에서 공장설립승인일로부터 3년 이내에 공장을 착공하지 않을 경우 창업계획 승인을 취소한다(지경 55141-1515, 1998.5.16.)고 통보하였고, 이건 토지 취득일(1995.6.25.)로부터 1년 11개월이 경과한 1997.5.30.에야 토지거래허가를 해 주었으므로, 이건 토지에 대한 법인의 비업무용토지의 유예기간을 기산함에 있어 토지거래허가일(1997.5.30)을 기준으로 하여 그로부터 3년이 경과한 시점에서 법인의 비업무용토지 해당여부를 판단하여야 함에도 이건 토지 취득일(1995.6.25.)을 기준으로 하여 3년의 유예기간을 적용한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 법인의 비업무용 유예기간(3년) 적용시점이 적법한지와 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지의 여부에 있다. 구조세감면규제법 제113조제2항 및 제114조제2항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 부동산과 그 부동산에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제2항 및 구지방세법시행령(1996.12.31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것) 제84조의4제1항가목에서 법인이 공장용 토지를 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우, 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있다. 여기에서의 『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26. 92누8750)고 할 것이다. 청구인의 경우 1995.6.25. 이건 토지를 취득한 후 1997.3.25. 중소기업창업계획승인을 받고 사업을 추진하려고 하던중 IMF로 인한 자금사정 악화로 고유업무에 직접 사용하지 못하였다고 주장하고 있다. 그러나 이는 법인 내부사정에 불과할 뿐 정당한 사유에 해당되지 아니하고, 또한 처분청에서 공장설립 승인일로부터 3년 이내에 공장을 착공하도록 통보하였고, 이건 토지 취득일로부터 1년 11개월이 경과한 1997.5.3.에야 토지거래허가를 해주었다고 하더라도 조세법률주의 원칙상 조세의 부과·징수에 관한 구체적 사항은 조세법령에 의해 규율되고, 토지거래계약 허가를 받지 아니하는 경우 물권적 효력은 물론 채권적 효력도 발생하지 아니하여 무효라 할 것이나, 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 된다(같은 취지의 대법원 판결 1997.11.11. 97다8427, 1997.7.25. 97다4357)할 것이므로 이건 토지의 취득시기는 사실상의 잔금지급일(1995.6.25.)이 되고, 법인의 비업무용토지의 유예기간은 이건 토지 취득일로부터 기산하여야 하므로 토지거래허가일로부터 유예기간을 기산하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠다. 그러나 청구인의 경우 1995.6.10. 설립된 창업중소기업으로서 창업일로부터 2년 이내인 1995.6.25. 이건 토지를 취득한 후 구조세감면규제법 제113조제2항 및 제114조제2항의 규정에 의거 취득세와 등록세 등 100분의 50에 상당하는 세액을 감면받았고, 동규정에서 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 감면받은 세액을 추징한다는 규정이 별도로 없는 이상, 청구인이 정당한 사유없이 유예기간(3년) 이내에 이건 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니하여 이건 토지가 법인의 비업무용토지가 되더라도 감면받은 부분에 대해서는 일반세율뿐만 아니라 중과세율에 의한 세액도 추징할 수 없다(같은 취지의 행자부심사결정 1999.3.31. 제99-189호)할 것이다. 그런데도 처분청이 감면받은 부분에 대하여 취득세와 등록세 등을 추징하고 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없으나, 처분청이 구조세감면규제법령을 일부 오해한 잘못이 있으므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 4. 28. 행 정 자 치 부 장 관