농어촌진흥공사가 농림부장관으로부터 사업시행계획 승인을 받고 농어촌휴양지내의 건축물등을 취득하였는지의 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1998.8.19. 청구인으로부터 수납하여 징수결정한 취득세 361,543,700원, 농어촌특별세 36,154,370원, 등록세 98,034,740원, 교육세 19,606,940원, 합계 515,339,750원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998. 7.20. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 26필지 토지(57,138.6㎡)상에 농어촌 관광휴게시설 11,917.28㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 취득한 후 1998.8.5. 처분청에 지방세법 제266조제2항의 규정에 의거 취득세와 등록세 등에 대한 면제신청을 하였으나, 면제대상이 아니라고 함에 따라 이건 건축물과 1998.8.10. 취득한 같은 장소 570번지 토지 10,094.3㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대한 취득세 361,543,700원, 농어촌특별세 36,154,370원, 등록세 98,034,740원, 교육세19,606,940원, 합계 515,339,750원을 1998.8.19. 신고납부하자 같은 날 이를 수납하여 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 처분청이 한 이건 취득세 등 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은ㅇㅇ 농어촌휴양지사업을 시행하기 위하여 1991.2.5. 농림부장관으로부터 농어촌진흥공사및농지관리기금법 41조의 규정에 의거 ㅇㅇ지구 등 3개지구의 국가 소유 간척지 55.5ha에 대한 무상양여 승인을 받은 후 1992.10.9.ㅇㅇ 농어촌휴양지개발 추진계획을 농림부장관에게 보고한 바 있고, 같은 법 제21조제3항의 규정에 의거 농어촌 휴양지개발사업시행계획 승인을 받기 위하여 1992.11.3. ㅇㅇ 농어촌휴양단지 개발 신청서를 농림부장관에게 제출하여 1992.11.10. 농어촌휴양단지개발을 위한 토지사용에 대한 지시 공문을 통하여 사업시행계획을 승인 받았다. 또한, 1992.12.12. 청구인이 관리하고 있는 토지(1.2ha)에 대하여도 농림부장관으로부터 ㅇㅇ지구 ㅇㅇ 사업용 토지에 대한 목적외 사용 승인을 받고 농어촌휴양지 기반조성공사를 완료한 후 1996.6.20. 같은 법 제21조제3항의 규정에 의거 농림부장관에게 ㅇㅇ농림시범단지(ㅇㅇ 농어촌휴양지 포함)개발사업계획 승인 신청을 하여 1997.2.24. 사업계획 승인을 받고 1998.7.20. 이건 건축물 등을 취득하였다. 그런데도 처분청은 청구인이 1993.12.17. 농어촌정비법 제67조(구 농어촌발전특별조치법 제30조)의 규정에 의거 ㅇㅇ도 및 처분청으로부터 ㅇㅇ 농어촌휴양지 지정 승인을 받은 후 1998.5.21. 사업계획 변경 승인을 받았다는 이유로 취득세 등 면제 신청을 거부하고 청구인이 신고 납부한 취득세 등을 수납하여 징수 결정한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 농어촌진흥공사가 농어촌진흥공사및농지관리기금법 제21조제3항의 규정에 의거 농림부장관으로부터 사업시행계획 승인을 받고 농어촌휴양지내의 건축물등을 취득하였는지의 여부에 있다. 관계법령을 보면, 지방세법 제266조제2항에서 농어촌진흥공사및농지관리기금법에 의하여 설립된 농어촌진흥공사가 동법 제21조 및 제41조의 규정에 의하여 취득·소유하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세·등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 농어촌진흥공사및농지관리기금법 제21조제2항제4호에서 공사는 농지의 효율적인 이용과 농업외의 소득의 향상을 위하여 농업진흥지역 밖의 불량농지, 간척지 또는 임야 등을 매입하여 농어촌휴양지 등의 용도로 개발하여 이를 매도할 수 있다고 규정한 다음, 같은조 제3항에서 공사가 제2항의 규정에 의한 사업을 시행하고자 할 때에는 사업시행계획을 수립하여 농림부장관의 승인을 얻어야 한다고 규정하고 있다. 청구인의 경우 1993.12.17. 구농어촌발전특별조치법 제30조(현 농어촌정비법 제67조)의 규정에 의거 ㅇㅇ도지사로부터ㅇㅇ 농어촌휴양지 지정 승인을 받고, 1997.2.24. 농림부장관으로부터ㅇㅇ농업시범단지(ㅇㅇ 농어촌휴양지 포함)개발계획승인을 받은 후 이건 건축물 등을 취득한 사실을 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데, 처분청은 청구인이 구농어촌발전특별조치법 제30조(헌 농어촌정비법 제67조)의 규정에 의거 ㅇㅇ도지사 및 처분청으로부터 농어촌휴양지 지정승인만 받았다는 이유로 취득세 등 면제 신청을 거부하였으나, 농림부장관의 질의 회신공문(용수 13440-226, 1999.4.9.)에 의하면, 청구인이1997.2.24. 농림부장관으로부터 ㅇㅇ 농어촌휴양지를 포함하여 ㅇㅇ농업시범단지에 대한 개발계획 승인을 받은 것은 농어촌진흥공사및농지관리기금법 제21조제3항의 규정에 의거 승인을 받은 것이고, 농어촌진흥공사및농지관리기금법 제21조제3항의 규정에 의거 농림부장관이 사업계획승인을 해주는 것은 농어촌진흥공사가 시행하는 사업이 공사설립목적과의 적합성 여부, 농지의 효율적 이용과 사업시행의 타당성 등을 검토하기 위한 것임에 반해, 농어촌정비법 제67조의 규정에 의거 시장·군수의 승인을 얻도록 한 것은 지역의 균형개발과 휴양단지의 효율적 관리등을 위한 것으로서, 농어촌진흥공사가 농어촌휴양지 등을 개발하고자 할 경우에는 개별법령에 따라 별도의 승인을 받아야 하고, 농어촌진흥공사및농지관리기금법 제21조제3항의 규정에 의거 농어촌휴양지 개발사업에 대한 절차는 농어촌진흥공사가 시행하고 있는 사업전반에 관한 시행절차를 정하고 있는 농어촌정비법을 적용해야 한다고 회신하고 있는 사실로 볼 때, 청구인의 경우 농어촌진흥공사및농지관리기금법 제21조제3항의 규정에 의거 농어촌휴양지 사업계획 승인을 받고 이건 건축물 등을 취득한 것이므로 지방세법 제266조제2항의 규정에 의한 취득세 등 면제 대상에 해당됨에도 청구인에게 취득세 등을 부과 고지한 처분은 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 4. 28. 행 정 자 치 부 장 관