부동산임대업을 주업으로 하지 않는 법인이 합병으로 취득한 부동산을 임대업에 사용하였는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 1999.1.11. 청구인에게 부과고지한 취득세 1,071,899,940원, 농어촌특별세 98,257,480원, 등록세 3,497,520원, 교육세 641,210원, 합계 1,174,296,150원(가산세 포함)은 취득세 1,025,149,380원, 농어촌특별세 93,114,920원, 등록세 3,497,520원, 교육세 641,210원, 합계 1,122,403,030원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.11.13. (주)ㅇㅇ유통이 소유하고 있던 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 11필지 토지 45,985.1㎡와 그 지상건축물 13,738.63㎡(이하 “이건 창고”이라 한다)를 합병을 원인으로 취득하였으므로 취득세 등을 비과세하였다. 그러나 청구인이 이건 창고를 취득한 후 일시적으로 창고업을 영위하다가 1998.1.1. 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 청구외 ㅇㅇ(주)에 임대하였으므로 처분청은 이건 창고에 대하여 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당하며, 이건 창고중 토지부분은 법인의 비업무용 토지에 해당한다고 보아, 그 시가표준액(토지 5,646,697,725원, 건축물 1,947,940,420원, 합계 7,594,638,145원)에 구지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제2항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,063,156,150원, 농어촌특별세 97,455,960원, 합계 1,160,612,110원과, 1997.6.30. (주)ㅇㅇ유통이 이건 창고중 건축물을 신축하면서 과소신고한 과세표준액(364,325,468원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 8,743,790원, 농어촌특별세 801,520원, 등록세 3,497,520원, 교육세 641,210원, 합계 13,684,040원을 합산한 취득세 1,071,899,940원, 농어촌특별세 98,257,480원, 등록세 3,497,520원, 교육세 641,210원, 합계 1,174,296,150원(가산세 포함)을 1999.1.11. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인이 이건 부과처분의 경정을 구하는 이유는 다음과 같다. 첫째, 청구인은 법인등기부상 목적사업중 하나로 보관 및 창고업이 등재되어 있으며, 이건 창고와 ㅇㅇ창고에 대하여 (주)ㅇㅇ과 계약을 체결하고 그 사용대가로 보관예치금과 매월 보관료를 받고 있으며, 사업주로서 재산할 사업소세도 납부한 바 있을 뿐만 아니라, 건설교통부장관도 타인의 수요에 응하여 유상으로 창고에 물건을 보관하는 사업이면 창고업에 해당된다고 유권해석(물시 93100-218, 1998.11.5)하고 있으므로 이건 창고는 고유업무에 직접 사용하고 있는 부동산에 해당된다. 둘째, 이건 부동산은 창고업용 부동산이므로 3년간의 유예기간 적용대상에 해당하므로 아직 유예기간이 경과하지 않았는데도 불구하고 토지부분을 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분은 부당하다. 셋째, 구지방세법 제112조제2항에서 규정한 법인의 비업무용 토지에 대한 중과세 규정은 포괄위임입법을 금지하도록 규정한 헌법에 위배된 무효의 규정으로 이러한 무효의 규정을 근거로 한 중과세처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 부동산임대업을 주업으로 하지 않는 법인이 합병으로 취득한 부동산을 임대업에 사용하였는지 여부와 창고업용 부동산을 임대한 경우 3년간의 유예기간을 경과하지 않은 상태에서 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 관련규정을 보면, 구지방세법 제112조제2항, 구지방세법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항제1호나목에서 화물유통촉진법 제2조제10호의 규정에 의한 창고업을 영위하기 위하여 취득한 토지를 정당한 사유없이 3년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 않는 경우에는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한다고 규정하고, 같은조제3항본문 및 제1호다목에서는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 부동산임대업을 주업으로 하지 않는 법인이 정당한 사유없이 그 지상정착물의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하고 임대한 경우에는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한다고 규정하고 있다. 청구인의 첫째 주장에 대하여 살펴보면, 1998.1.1. (주)ㅇㅇ과 청구인 소유의 2개 창고에 대한 사용계약을 체결하면서 청구인이 이건 창고외에 소유하고 있던 ㅇㅇ창고는 하역·출고·제품관리 등을 청구인이 수행하나, 이건 창고는 사용자인 (주)ㅇㅇ이 수행하고, 그에 따른 경비 및 사고책임도 사용자가 부담하도록 하였다. 그리고 매월 보관료로 이건 창고 266,000,000원, ㅇㅇ창고 213,500,000원, 합계 479,500,000원을 지급한다고 계약을 체결하였다. 이러한 계약에 따라 (주)ㅇㅇ은 이건 부동산을 협력업체와 공동으로 사용하면서 자기책임하에 제품의 입출고 등을 수행하고 있으며, 별도로 1997.11월경 ㅇㅇ세관장으로부터 보세장치장 설영특허를 받은 사실 등을 제출된 창고사용계약서, 세무담당공무원 현장출장복명서, 허가서 등에서 알 수 있다. 창고업은 상법상 대표적인 상행위의 한 유형으로 타인을 위하여 창고에 물건을 보관하는 업을 말하는 것으로, 창고업자는 보관물건의 임치를 영업으로 하는 자로서 이에 따라 선량한 관리자로서의 보관의무, 하자통지의무, 손해배상책임 등을 부담하게 되고, 보관료 등의 청구권을 갖게 되는 것이다. 청구인의 경우는 위의 사실관계에서 볼 때 이건 창고를 창고업에 사용하고 있다기 보다는 사실상 이건 창고를 임대하고 그 임대료를 받는 임대차계약을 체결한 것과 그 실질에 있어서는 다를 바 없다 하겠으므로, 이건 창고를 고유업무인 창고업에 사용하고 있다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. 둘째, 유예기간이 경과하지 않았다는 주장에 대하여 살펴보면, 부동산임대업이 주업이 아닌 법인이 취득한 부동산을 유예기간내에 100분의 10 이상을 직접 사용하지 아니하고 임대한 경우, 그 임대가 일시적이라거나 정당한 사유가 있는 등의 경우를 제외하고는 임대한 시점에서 그 토지부분은 유예기간이 경과하였는지 여부에 관계없이 법인의 비업무용 토지에 해당되는 것으로, 청구인의 경우 비록 창고업용 부동산이라 하더라도 이를 임대한 시점에서 법인의 비업무용 토지가 된 것이므로, 유예기간이 경과되지 않았기 때문에 이건 부과처분중 중과세 부분이 부당하다는 청구인의 주장 또한 받아들일 수 없다. 셋째, 법인의 비업무용 토지에 대한 규정이 헌법에 위배된 무효의 규정이므로 이를 근거로 취득세를 중과세한 처분이 부당하다는 주장에 대하여 살펴보면, 헌법재판소의 위헌결정(1998.7.16. 96헌바52)에서 고급주택과 고급오락장의 범위를 법에 명시하지 아니하고 대통령령에 포괄 위임한 것은 헌법상 조세법률주의와 포괄위임금지의 원칙에 어긋난다고 결정하였을 뿐, 법인의 비업무용 토지에 대하여는 별다른 결정이 없었으므로 법인의 비업무용 토지에 대한 중과세 규정이 헌법에 위배되어 부당하다는 청구인의 주장도 받아들일 수 없다. 그러나 청구인은 이건 창고를 합병으로 취득하였고, 합병으로 인한 취득의 경우 취득세를 비과세하되, 합병후에 지방세법 제112조의2 및 제112조의3에 해당하는 경우에는 추징하도록 규정하고 있으며, 이건 창고중 건축물 부분은 합병후 사치성 재산이나 법인의 비업무용 토지에 해당되지 않으므로 비과세한 취득세 등을 추징할 수 없다 할 것인데도 건축물 부분에 대하여 비과세한 취득세 등을 포함하여 부과고지한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 3. 31. 행 정 자 치 부 장 관