비영리법인에 해당하는지 여부와 출연재산에 대한 등록세율 적용이 적법한지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 1998.7.9. 청구인에게 부과고지한 등록세 14,784,950원, 교육세 2,710,570원, 합계 17,495,520원(가산세 포함)은 이를 등록세 7,053,040원, 교육세 1,293,060원, 합계 8,346,100원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.12.30. 법인설립 등기를 하면서 그 출자총액(2,121,631,256원)에 1000분의 2의 등록세율을 적용하여 산출한 세액을 같은날 신고납부하였고, 1996.1.15. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지외 2필지 대지 1,318.7㎡와 그 지상건축물 3,494㎡(이하 “출연재산”이라 한다)를 소유권이전등기하면서 그 시가표준액(839,648,000원)에 1000분의 8의 등록세율을 적용하여 산출한 세액을 신고납부하였으며, 1996.1.17. 출자액 변경등기를 하면서 그 증가액(1,100,000,000원)에 1000분의 2의 등록세율을 적용하여 산출한 세액을 신고납부하자 같은날 이를 각각 수납하여 징수결정하였다. 그러나 처분청은 청구인이 비영리법인이 아닌데도 그 설립등기 및 출자액 증액등기시 1000분의 2의 등록세율을 적용한 것과 출연재산에 대한 이전등기시 1000분의 8의 등록세율을 적용한 것은 잘못되었다고 보아, 설립등기시 출자액 및 그 출자증가액의 합계액(3,221,631,256원)과 출연재산의 시가표준액에 지방세법 제131조제1항제2호 본문(1000분의 15) 및 제137조제1항제1호(1)목의 세율(1000분의 4)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 14,784,950원, 교육세 2,710,570원, 합계 17,495,520원(가산세 포함)을 1998.7.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 첫째, 청구인은 의료법 제41조의 규정에 의하여 설립된 의료법인으로, 의료법시행령 제18조에서는 의료법인이 영리행위를 하는 것을 금지하고 있고, 재산처분이나 정관변경의 경우에는 도지사의 허가를 받도록 되어 있는 등 비영리재단법인에 해당하는데도 청구인을 영리법인으로 보아 그 설립등기 및 출자액 경정등기에 대하여 1000분의 4의 등록세율을 적용하여 추징한 처분은 부당하며, 둘째, 청구인은 출연재산을 1995.12.27. 증여로 취득하여 1996.1.15. 소유권 이전등기하였다. 1996.1.1. 이전에는 비영리법인이 부동산을 무상취득하는 경우 1000분의 8의 등록세율을 적용하도록 하였으나, 1995.12.6. 지방세법 제131조제1항제2호가 개정되면서 비영리사업자가 무상으로 취득하는 경우에 한하여 1000분의 8의 세율을 적용하도록 개정되었다. 따라서 청구인에게 불리하게 개정된 것으로 부칙의 경과규정에 의하여 개정되기 전의 법에 따라 1000분의 8의 등록세율을 적용하여야 할 것인데도, 처분청이 개정된 후의 법에 따라 1000분의 15의 등록세율을 적용하여 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 셋째, 당초 청구인이 등록세를 신고납부할 당시에 적법한 것으로 보아 납부서를 발급하였다가 그후 이를 추징하면서 가산세를 포함하여 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 비영리법인에 해당하는지 여부와 출연재산에 대한 등록세율 적용이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 관련규정을 보면, 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제131조제1항제2호에서 상속이외의 무상으로 인한 부동산 취득 등기에대하여는 1,000분의 15의 등록세율을 적용하나 지방세법상의 비영리사업자에 대하여는 1,000분의 8의 등록세율을 적용하도록 규정하고, 같은법 제137조제1항 제1호 및 제2호에서 설립 및 출자액 증가 등기에 대하여 상사·회사 기타 영리법인의 경우에는 1,000분의 4의 등록세율을, 비영리법인의 경우에는 1,000분의 2의 등록세율을 적용하도록 규정하고 있다. 청구인의 첫째 주장에 대하여 살펴보면, 청구인은 1995.12.27. ㅇㅇ도지사로부터 의료법에 의한 법인설립허가를 받고, 같은해 12.30. 법인설립등기를 하였으며, 1996.1.15. 출연재산에 대한 소유권 이전등기를 하고, 같은해 1.17. 출자액 증가에 따른 변경등기를 하였음이 제출된 법인등기부등본, 법인설립허가증 등에서 알 수 있다. 의료법인은 의료법 등의 규정에 비추어 볼 때 재단법인으로서의 성격을 갖추고 있고, 영리를 목적으로 하는 재단법인은 민법상 인정되지 않으므로 비영리법인으로 보아야 할 것이다. 그러므로 처분청이 청구인의 법인설립 등기 및 출자액 변경 등기에 대하여 영리법인에 대한 등록세율을 적용하여 추징한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 둘째, 청구인은 출연재산의 소유권 이전등기에 대하여 1,000분의 8의 등록세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 1995.12.6. 지방세법 제131조제1항제2호가 개정되기 이전에도 종교단체와 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인이 상속이외의 무상으로 인한 부동산 취득 등기에 한하여 1,000분의 8의 세율을 적용하도록 규정하고 있었다. 따라서 청구인과 같이 민법이 아닌 의료법에 의하여 설립된 법인은 이에 해당되지 않았으며, 개정된 이후에도 역시 비영리사업자에 해당되지 않으므로 청구인에게 불리하게 지방세법이 개정되었다고 볼 수 없어 등기 당시의 법에 따라 1,000분의 15의 등록세율을 적용하여 추징한 처분은 적법하다 하겠다. 셋째, 청구인은 가산세를 포함하여 부과고지한 처분이 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법에 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(같은 취지의 대법원판결 1993.11.23. 93누15939)할 것이고, 등록세가 신고납부방식의 지방세로서 신고납부시 이를 그대로 수납하고 나중에 과소신고납부되었다면 추징할 수 있는 것으로, 청구인이 당초 낮은 세율을 적용하여 과소 신고를 하였고 처분청이 납부서를 발급하였다 하더라도 이러한 사유만으로 과소 신고납부한 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 2. 27. 행 정 자 치 부 장 관