비영리학교법인이 취득한 토지가 수용되어 매각된 경우 고유업무에 직접 사용치 못한 정당한 사유에 해당되는지와 부과제척기간이 경과되었는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 비영리법인인 청구인이 1996.2.13. 및 같은해 5.20. ㅇㅇㅇ외 3인으로부터 증여 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 14필지 토지 44,386㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 취득세와 등록세 등을 비과세하였으나, 취득일로부터 3년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 1997.12.5. 매각하였으므로 그 취득가액(2,355,082,866원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제131조제1항제2호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 56,521,980원, 농어촌특별세 5,181,170원, 등록세 22,608,790원, 교육세 4,144,940원, 합계 88,456,880원(가산세 포함)을 1998.7.7. 부과 고지하였다. 그러나 청구인이 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 ㅇㅇ도지사는 청구인이 농어촌특별세법 제4조제12호 및 농어촌특별세법시행령 제4조제6항제5호의 규정에 의한 농어촌특별세 비과세대상임에도 농어촌특별세를 부과 고지한 잘못이 있다 하여 1998.10.31. 당초 부과처분중 농어촌특별세 5,181,170원을 취소하고 나머지 부과처분은 기각 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 비영리학교법인으로서 1991년 독지가가 이건 토지 수증의사를 표명함에 따라 국제학교 중등과정을 설립하기로 하고 실무준비에 들어갔으나, 1993.12.28. 이건 토지 주변일대가 ㅇㅇ ㅇㅇ지구 택지개발사업지구로 지정되어 학교설립에 따른 사업승인신청을 할 수 없었다. 그러나 1991년 당시 독지가가 증여의사를 표명하였을때 이건 토지의 지목이 농지(전)로서 학교설립 승인이 되기 전까지는 소유권 이전이 불가능하여 증여자 명의로 소유할 수 밖에 없다가 1995.4월 택지개발사업지구로 최종확정이 된 후 청구인 명의로 등기를 할 수 있었으며, 택지개발사업지구로 지정되고 나서도 보상금 협의가 되지 않아 청구인이 보상금을 수령하지 아니하자 토지공사에서 공탁을 함에 따라 어쩔수 없이 1997.12.5. 이건 토지를 매각하게 된 것으로서 이는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되며, 또한 청구인이 소유권 이전등기를 하기 위하여 1996.2.13.과 같은해 5.20. 다시 증여계약서를 작성하였다고 하더라도 1991년도에 증여계약을 체결하여 1991.12.16. 이사회의 의결을 거쳤으므로, 부과 제척기간(5년)이 경과하였는데도 비과세된 취득세와 등록세 등을 추징한 처분은 위법하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 비영리학교법인이 취득한 토지가 수용되어 매각된 경우 고유업무에 직접 사용치 못한 정당한 사유에 해당되는지와 부과제척기간이 경과되었는지 여부에 있다. 관계법령을 보면, 지방세법 제30조의4제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 규정하고, 지방세법 제107조제1호, 제127조제1항제1호 및 지방세법시행령 제79조제1항, 제94조제1항에 의하면 교육을 목적사업으로 하는 학교법인이 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하지만, 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 전부 또는 일부를 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 청구인은 첫째, 1991년도에 증여계약을 체결하여 이건 토지를 취득하였으므로 부과 제척기간이 경과되었다고 주장하지만, 청구인의 경우 1996.3.12.과 1996.5.20. ㅇㅇㅇ외 3인으로부터 이건 토지를 증여받기로 계약을 체결하여 1996.3.28.과 1996.6.12. 처분청으로부터 증여계약서에 검인을 받은 사실, ㅇㅇㅇ외 3인은 1996.1월과 1996.5.16. 이건 토지를 청구인에게 기부하기로 기부증서를 작성 제출한 사실, 1996.10.18.과 1998.4.30. 처분청에 제출한 지방세서면조사서 및 지방세결산신고상에 등기일(1996.4.1.과 1996.6.29)을 취득일로 기재한 사실, 1995.11.21.과 1996.5.16. 개최한 임시의사회 및 정기의사회 회의록에 청구인이 이건 토지를 1996년도에 기증받기로 한 사실과, 1996.3월과 1996.6월 처분청에 제출한 취득세와 등록세 비과세신청서상에 1996.3.12.과 1996.5.20. 체결한 증여계약서를 첨부한 사실, 그리고 법인장부상에도 1996년도에 이건 토지를 취득한 것으로 기재한 사실이확인되고 있는 이상, 1991년도에 이건 토지를 증여 취득하였다는 주장은 받아들일 수 없다. 따라서 부과제척기간은 청구인이 이건 토지를 매각한 날(1997.12.5.)로부터 30일이 경과한 다음날(1998.1.5.)부터 기산하여 5년간 지방세를 부과 고지할 수 있으므로 1998.7.7. 이건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 적법하다 하겠다. 둘째, 1993.12.28. 이건 토지 주변일대가 택지개발사업지구로 지정됨에 따라 고유업무에 직접 사용하지 못하고 매각할 수 밖에 없었던 정당한 사유가 있다고 주장하지만, “법인이 토지 취득시에 이미 유예기간 이내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유를 알고 있었고, 그 후 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유때문이라면 취득전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용치 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다”(대법원판결 1995.6.30, 94누6901)할 것이므로, 청구인과 같이 1996.3.12.과 1996.5.20. 이건 토지를 취득할 당시 이미 유예기간(3년) 이내에 고유업무에 직접 사용할 수 없었던 사실상의 장애사유를 알고 있었고, 취득후 동일한 사유로 인하여 고유업무에 직접 사용하지 못한 경우는 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없으므로 처분청이 비과세한 취득세와 등록세 등을 추징한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 2. 27. 행 정 자 치 부 장 관