합병으로 인하여 취득 등기한 부동산이 구조세감면규제법에 의한 등록세 감면대상에 해당 되는지 여부(취소)

[주 문] 청구인이 1998.7.2.부터 같은해 8.17. 사이에 신고납부한 등록세 501,233,020원, 교육세 100,246,590원, 합계 601,479,610원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.6.22. (주)ㅇㅇ개발을 흡수합병하고, 1998.7.2.부터 같은해 8.17. 사이에 피합병법인이 소유하고 있던 토지 3,428,577㎡와 건축물 4,675.33㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)에 대한 소유권 이전등기를 하면서 이건 부동산의 시가표준액(33,415,534,666원)에 지방세법 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 501,233,020원, 교육세 100,246,590원, 합계 601,479,610원을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인이 흡수합병한 (주)ㅇㅇ개발은 1989.3.18. 법인설립이후 골프장업을 하기 위하여 토지를 매입, 1996.11.26. 골프장을 준공하여 사업을 하고 있던 법인이고, 청구인은 건설업 및 신축 분양업을 주된 업무로 하는 법인으로, 설립된지 5년이상 된 (주)ㅇㅇ개발을 청구인이 흡수합병하여 (주)ㅇㅇ개발이 소유하던 이건 부동산을 취득 등기한 것이므로 구조세감면규제법 제113조제1항제2호의 규정에 의하여 등록세 감면대상에 해당하는데도 처분청이 청구인의 등록세 감면신청을 받아들이지 아니하고 신고납부한 등록세 등을 수납하여 징수결정한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 합병으로 인하여 취득 등기한 부동산이 구조세감면규제법에 의한 등록세 감면대상에 해당 되는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 관련규정을 보면, 구조세감면규제법 제113조제1항제2호, 같은법시행령 제104조제1항, 제37조의3제1항각호에서, 구법인세법시행령 제43조제2항의 규정에 의한 부동산업과 같은법 제43조제3항의 규정에 의한 소비성서비스업(이하 “부동산업 등”이라 한다. 직전사업년도 사업별 수입금액중 부동산업 등의 수입금액이 가장 큰 경우에 한함)을 제외한 사업을 5년이상 계속하여 영위한 법인간의 합병(부동산업 등을 5년이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 부동산업 등을 영위하지 아니한 때에는 이를 포함)으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 감면하도록 규정하고 있고, 구법인세법시행령 제43조제2항에서는 “부동산업”을 한국표준산업분류표에 의한 부동산임대업·부동산분양공급업(주거용 건물 분양공급업을 제외)·부동산중개업 및 비주거용건축물의 자영건설업으로 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서는 “소비성 서비스업”을 음식·숙박업, 기타 한국표준산업분류표상 운동·경기 기타 오락관련산업, 기타 공연관련산업, 경기 및 오락용품 임대업 등으로 규정하고 있다. 청구인의 경우를 보면, 흡수합병한 (주)ㅇㅇ개발은 1989.3.18. 관광레저산업, 골프장업 등을 목적사업으로 하여 법인설립을 하고, 1989.3월경 사업자등록을 한 후 1996.11.26. ㅇㅇ골프장을 준공·등록하여 골프장업을 영위하다가, 1998.3.4. 청구인과 같은해 6.1.을 합병기일로 하는 합병계약을 체결하고 1998.6.22. 합병등기를 함으로써 소멸되었다. 그후 청구인은 합병에 따라 (주)ㅇㅇ개발이 소유하던 이건 부동산에 대하여 1998.7.2.～1998.8.17. 사이에 소유권 이전등기를 하면서 등록세 등을 신고납부한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 먼저 합병으로 소멸한 (주)ㅇㅇ개발이 5년 이상 사업을 영위한 법인에 해당되는지 여부에 대하여 살펴보면, (주)ㅇㅇ개발은 실제 골프장 영업을 한 기간이 5년 미만이나, 구조세감면규제법에서 실제로 영업한 기간이 5년이상이 되어야 한다고 규정하고 있지 아니한 이상 사업자등록을 하고 골프장을 건설하는 기간도 비록 수익은 없지만 사업활동은 계속적으로 이루어지고 있었던 기간이라고 보아야 할 것이므로 (주)ㅇㅇ개발은 합병으로 인하여 소멸할 때까지 5년이상 사업을 영위한 법인으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 다음으로 (주)ㅇㅇ개발은 골프장업을 목적사업으로 하는 법인이고, 골프장업은 “부동산업 등”에 포함되는 소비성서비스업(골프장운영업 한국표준사업분류번호 92434)에 해당되나, 합병법인이 부동산업 등을 전혀 영위하지 아니하는 경우는 물론, 합병후 비록 부동산업 등을 일부 영위하더라도 부동산업 등의 수입금액이 다른 사업의 수입금액보다 적은 경우에는 등록세 감면대상에 해당된다(같은 취지의 행정자치부 유권해석 1998.9.3. 세정13407-아354)고 할 것으로서, 청구인의 경우 합병한 후인 1998.7월～11월사이의 청구인의 법인장부상 총수입금액(35,027,319,034원)중 공사수입 등 건설 분양업과 관련한 수입금액이 25,377,658,007원(72.44%), 골프장관련 수입이 2,227,522,502원(6.36%), 콘도 관련수입이 7,037,756,052원(20.1%), 기타 수입이 385,382,473원(1.1%)로서, 청구인의 주업은 건설 분양업인 사실을 알 수 있다. 따라서 청구인은 합병후 부동산업 등을 영위하는 경우에 해당되지 아니하므로 청구인이 합병으로 취득 등기한 이건 부동산은 등록세 과세면제 대상에 해당된다 할 것인데도, 처분청이 감면신청을 받아들이지 아니하고 청구인이 신고납부한 등록세 등을 모두 수납하여 징수결정한 것은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 1. 27. 행 정 자 치 부 장 관