[요지] 일단의 원인행위가 모두 개정조례시행 이전으로서 이와 같은 원인행위시 이미 청구인에게는 종전 조례에 의하여 취득세와 등록세의 50%를 경감받을 것이라고 하는 신뢰가 발생하였고 이러한 신뢰는 기득권에 갈음하는 것으로서 보호되어야 하는 것임
[요지] 일단의 원인행위가 모두 개정조례시행 이전으로서 이와 같은 원인행위시 이미 청구인에게는 종전 조례에 의하여 취득세와 등록세의 50%를 경감받을 것이라고 하는 신뢰가 발생하였고 이러한 신뢰는 기득권에 갈음하는 것으로서 보호되어야 하는 것임
[주 문] 처분청이 1998.6.29.과 1998.7.22. 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 취득세 422,550,020원, 농어촌특별세 42,255,000원, 등록세 633,825,030원, 교육세 126,765,000원, 합계 1,225,395,050원을, 취득세 211,275,010원, 농어촌특별세 21,127,500원, 등록세 316,912,510원, 교육세 63,382,500원, 합계 612,697,520원으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.5.29. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 3필지 토지 18,927㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 6,742.34㎡(이하 이건 토지를 포함하여 “이건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 그 취득가액(21,127,501,115원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 422,550,020원, 농어촌특별세 42,255,000원, 등록세 633,825,030원, 교육세 126,765,000원, 합계 1,225,395,050원을 1998.6.29.과 1998.7.22. 각각 신고 납부하자 같은날 이를 수납하여 징수 결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 처분청이 한 이건 취득세 등 징수 결정 처분의 경정을 구하면서 그 이유로, (주)ㅇㅇ푸드시스템(이하 “청구외 법인”이라 한다)은 IMF이후 경영 압박으로 인하여 주거래은행인 (주)ㅇㅇ신용은행 등으로 부터 자구이행(자산매각) 촉구 요청을 받자, 금융부채 상환 및 기업구조조정 목적으로 1998.3.31. 청구인과 사업양수도 계약을 체결하고, 그 계약에 따라 1998.4.1. 이건 부동산을 청구인에게 매각하기로 매매계약을 체결하였다. 그 후 청구인은 그 매매계약에 의거 1998.5.14.에 계약금(90억원)을, 1998.5.20.에 중도금(50억원)을, 1998.5.29.에 잔금(7,127,501,115원)을 각각지급(1998.7.22. 소유권 이전등기)한 다음, 구ㅇㅇ도도세감면조례(1998.5.18. 조례 제2806호로 개정되기 전의 것) 제29조의2(금융부채 상환에 따른 매입부동산의 감면)의 규정에 의거 1998.6.2. 처분청에 감면신청을 하였으나, 처분청은 1998.5.18. 개정된 ㅇㅇ도도세감면조례 제29조의2제1항과 부칙 제3항의 규정을 적용하여 청구외 법인이 5년 이상 제조업을 영위하지 아니하고, 자산매각을 요청한 금융기관이 이건 부동산에 담보물권을 설정하지 아니하였다는 이유로 감면신청을 반려하였다. 그러나 개정 조례 부칙 제4항의 일반적 경과 조치 규정은 종전 조례에 의하면 등록세 등 면제대상이 되어야 할 부동산 등기가 조례의 개정으로 그 대상에서 제외된 경우에는 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과 규정을 두어 납세자에게 유리한 종전 조례를 적용한다는 특별규정으로 보아야 한다(같은 취지의 대법원 판결 1995.6.30, 94누5502)고 하고 있으므로, 청구인처럼 조례 개정전인 1998.3.31. 체결한 사업양수도 계약에 의거 1998.4.1. 매매계약을 체결하고 1998.4.16. 공정거래위원회로부터 기업결합신고에 대한 회신을 받은 후 계약금(90억원)을 지급한 경우는 사실상 취득으로 보아 종전 조례를 적용하여 취득세 등 100분의 50을 경감하여야 함에도 청구인이 신고 납부한 취득세 등 전액을 수납하여 징수 결정한 것은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 부동산 매매계약 등 원인 행위만 한 상태에서 조례의 개정으로 경감대상에서 제외된 경우 종전의 감면조례를 적용하지 아니하고 개정된 감면 조례를 적용한 것이 적법한지의 여부에 있다. 관계법령을 보면, 구ㅇㅇ도도세감면조례(1998.5.18. 조례 제2806호로 개정되기 전의 것, 이하 “종전 조례”라 한다) 제29조의2에서 제조업 등 사업을 영위하는 기업자가 주거래은행의 요청에 의하여 금융부채상환을 위하여 매각하는 부동산을 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고, 1998.5.18. 개정된 ㅇㅇ도도세감면조례(이하 “개정 조례”라 한다) 제29조의2제1항에서 부동산 매매계약 체결일 현재 계속하여 5년 이상 사업을 영위한 기업이 은행법 및 그밖의 법률에 의한 금융기관의 부채상환을 위하여 금융기관의 담보물권이 설정된 부동산을 당해 금융기관의 요청 또는 동의를 얻어 매도하는 경우에는 그 부동산을 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 개정조례 부칙 제3항에서 제29조의2제1항의 개정규정은 1998.1.1. 이후 이 조례 적용시한 만료일 이전에 매매계약이 체결된 부동산에 대하여 적용한다고 규정하고, 제4항에서는 이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 예에 의한다고 규정하고 있다. 청구인의 경우 1998.3.31. 각종 물품 제조 및 도·소매업 등을 목적사업으로 하는 청구외 법인과 체결한 사업양수도 계약에 의거 1998.4.1. 청구외 법인과 이건 부동산에 대한 매매계약을 체결하고, 1998.4.16. 공정거래위원회로부터 기업결합(영업양수)신고에 대한 회신을 받은 후 1998.5.14.에 계약금을, 1998.5.20.에 중도금을, 1998.5.29.에 잔금을 각각 납부한 사실과, 처분청은 청구외 법인이 5년이상 제조업을 영위하지 아니하고, 자산매각을 요청한 (주)ㅇㅇ신용은행이 이건 부동산에 담보물권을 설정하지 아니하였다는 이유로 감면신청을 거부한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 위의 인정사실에 의하면 청구인이 청구외 법인에게 이건 부동산의 매매대금을 완납한 날(1998.5.29)이 개정조례의 시행일(1998.5.18) 이후라고 하더라도, 청구외 법인이 1998.3.23. 주거래은행인 (주)ㅇㅇ신용은행으로부터 자구이행(자산매각) 촉구 요청을 받고 금융부채 상환을 위하여 매각하기로 한 부동산을 청구인이 취득하기로 1998.4.1. 매매계약을 체결하고, 1998.4.16. 공정거래위원회로부터 기업결합신고 승낙을 받은 후 1998.5.14. 계약금(90억원)을 납부하는 등 일단의 원인행위가 모두 개정조례시행 이전으로서, 이와 같은 원인행위시 이미 청구인에게는 종전 조례에 의하여 취득세와 등록세의 50%를 경감받을 것이라고 하는 신뢰가 발생하였고, 이러한 신뢰는 기득권에 갈음하는 것으로서 보호되어야 한다(같은 취지의 대법원 판결 1998.11.13. 97누201)할 것이므로, 마땅히 종전의 조례를 적용하여 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하여야 함에도 청구인이 신고 납부한 취득세 등 전액을 수납하여 징수 결정한 것은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1999. 1. 27. 행 정 자 치 부 장 관