합병으로 인한 취득을 무상취득으로 보아 취득세 등의 과세표준을 시가표준액으로 한 것이 적법한지 여부와 신축건물의 취득가격이 적법하게 계상된 것인지 여부 및 합병으로 인하여 취득한 토지를 매각한데 정당한 사유가 있는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 1998.6.16. 청구인에게 부과 고지한 취득세 39,949,130원, 농어촌특별세 3,661,970원, 등록세 15,804,990원, 교육세 2,897,550원, 합계62,313,640원(가산세 포함)을 취득세 21,452,030원, 농어촌특별세 1,966,410원, 등록세 15,804,990원, 교육세 2,897,550원, 합계 42,120,980원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1994.10.19.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지(현재는ㅇㅇ동ㅇㅇ번지로 변경되었음) 답 2,788㎡(이하 “이건 제1토지”라 한다)와 같은동 201-642번지(현재ㅇㅇ동ㅇㅇ번지로 변경되었음) 잡종지 937㎡(이하 “이건 제2토지”라 한다)을 취득한 후 이건 제1토지를 잡종지로 지목변경하고, 1995.8.7. 그 지상에 자동차관련 건축물(이하 “이건 제1건물”이라 한다)을 신축하였으며, 그 이후 1995.12.19. (합)ㅇㅇ(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병함으로써 피합병법인이 소유하고 있던ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지토지 495.2㎡(이하 “이건 제3토지”라 한다)와 그 지상건축물 160.88㎡(이하 “이건 제2건물”이라 한다)를 취득하였다. 그러나 처분청의 세무조사 결과 이건 제1토지와 제1건물에 대한 과세표준을 과소 신고납부하였으며, 지목변경에 따른 취득세는 신고납부하지 아니하였음이 확인되어 과소신고된 금액(49,004,980원)과 지목변경 비용(328,203,018원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 9,052,970원, 농어촌특별세 829,840원, 합계 9,882,810원(가산세 포함)과, 청구인이 1996.1.18. 이건 제2토지를, 1996.4.18. 이건 제3토지 및 그 지상건축물을 각각 정당한 사유없이 고유업무에 사용하지 아니하고 매각하였으므로, 합병으로 취득한 제3토지 및 제2건물은 비과세한 세액의 추징대상에 해당되고, 제2토지와 제3토지는 법인의 비업무용 토지에도 해당된다고 보아, 그 취득가액(제2토지 82,907,092원, 제3토지 101,020,800원, 제2건물 13,057,434원)에 지방세법 제112조제1항 및 제2항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 31,430,600원, 농어촌특별세 2,881,120원, 합계 34,311,720원(가산세 포함)과, 이건 제1, 3토지 및 제1, 2건물은 대도시내 법인설립후 5년 이내에 취득 등기한 부동산에도 해당된다고 보아 그 취득가액(제1토지 273,850,000원, 제3토지 101,020,800원, 제1건물 117,824,980원, 제2건물 13,057,434원, 합계 505,753,214원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 15,804,990원, 교육세 2,897,550원, 합계 18,702,540원(가산세 포함)을 모두 합산한 취득세 40,483,570원, 농어촌특별세 3,710,960원, 등록세 15,804,990원, 교육세 2,897,550원, 합계 62,897,070원(가산세 포함)을 1998.6.16. 부과고지하였다. 그러나 청구인이 이에 불복하여 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 인천광역시장은 지목변경에 따른 비용중 건설자금이자는 지목변경에 따른 비용으로 볼 수 없는데도 이를 포함하여 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 있다고 보아 당초의 부과처분을 취득세 39,949,130원, 농어촌특별세 3,661,970원, 등록세 15,804,990원, 교육세 2,897,550원, 합계 62,313,640원(가산세 포함)으로 1998.9.14. 경정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 부과처분의 경정을 청구하면서 그 이유로 첫째, 법인 합병으로 인한 부동산의 취득은 유상승계취득한 경우에 해당되고, 유상승계 취득의 경우에는 그 사실상의 취득가격인 법인장부상의 가격(토지 20,836,044원, 건물 10,349,806원, 합계 31,185,850원)이 취득세 등의 과세표준이 되는 것인데도, 처분청은 합병으로 인한 취득을 무상취득으로 보고 피합병법인이 소유하고 있던 부동산의 시가표준액을 취득세 등의 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하며, 둘째, 이건 제1건물의 취득비용을 회계처리하면서 이건 건물이 조립식 경량철골조로 건물구조상 철근 등이 불필요한 건물인데도 철근 등의 투입비용과 진입로 포장공사비, 조경공사비 및 번호판 설치비용 등을 이건 제1건물의 취득비용으로 잘못 회계처리하였는데도 이렇게 잘못 계상된 법인 장부상의 가격을 모두 취득가격에 포함하여 부과 고지한 처분은 부당하고, 셋째, 피합병법인이 10년간 고유업무에 사용하던 이건 제3토지를 합병후 매각하였다 하여 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 합병으로 인한 취득을 무상취득으로 보아 취득세 등의 과세표준을 시가표준액으로 한 것이 적법한지 여부와 신축건물의 취득가격이 적법하게 계상된 것인지 여부 및 합병으로 인하여 취득한 토지를 매각한데 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 관련규정을 보면, 지방세법 제105조제5항에서 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가된 경우에는 이를 취득으로 보도록 규정하고, 같은법 제111조제2항에서 지목변경으로 인한 취득세 과세표준은 지목변경으로 인하여 증가한 가액으로 하며, 같은조 제5항에서는 판결문, 법인장부 등에 의하여 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하되, 증여·기부 기타 무상취득의 경우에는 제외한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제82조 단서에서는 지목변경에 소요된 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다라고 규정하고 있다. 그리고 지방세법 제112조제2항 및 같은법시행령 제84조의4제1항제2호에서는 법인이 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유없이 매각한 토지(2년 이상 고유업무에 사용한 토지는 제외)는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있다. 청구인의 첫째 주장을 보면, 합병으로 인한 취득은 유상취득에 해당되므로 그 사실상의 취득가격인 법인 장부상 취득가격을 취득세 등의 과세표준으로 하여야 한다고 주장하지만, 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합되는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다(같은 취지의 대법원판결 1993.4.27. 92누15895)할 것이고, 법인 합병으로 인한 취득의 경우와 같이 무상취득을 사실상의 취득가격이 입증되는 취득의 범위에서 제외하고 있는 것도 이러한 취지에 따른 것이므로 이건 제2건물 및 제3토지의 피합병법인의 법인 장부상의 가액을 취득세 과세표준으로 하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 청구인의 둘째 주장을 보면, 이건 제1건물의 법인 장부상 취득가격은 117,824,980원이며, 이러한 법인장부가액에는 번호판비, 철근대, 레미콘 공사비, 현장 고목비 등이 포함되어 있는 사실을 제출된 자료에서 알 수 있는 바, 철근대 및 레미콘 공사비는 이건 제1건물의 기초를 조성하기 위한 비용으로 인정되며, 또한 법인장부상 취득가격이 잘못 기재되었다면 이를 주장하는 청구인이 입증하여야 할 것인데도 번호판비와 현장고목비가 구체적으로 어떠한 비용인지 입증자료를 제출하지 아니하므로 이러한 비용을 취득가격에 포함하여 부과 고지한 것이 부당하다는 청구인의 주장도 받아들일 수 없다 하겠다. 셋째, 합병으로 취득한 이건 제3토지를 매각한 데에는 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장에 대해 살펴보면, 이건 제3토지는 피합병법인이 1987.4.23. 환지받아 이건 제2건물과 함께 8년 이상 차고지로 사용하였으며, 주위에 주택이 계속 건축되어 주택이 밀접한 지역에 위치하게 되었고, 그 면적이 협소하여 더 이상 계속하여 차고지로 사용하기가 부적합한 상태에 있었던 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있고, 청구인은 이건 제3토지를 취득하기 이전에 이미 청구인이 이건 제1토지상에 새로운 차고지를 조성하여 사용하고 있는 사실 등에 비추어, 이미 피합병법인이 소유할 때부터 차고지로 계속하여 사용하기 부적합한 사유가 있던 이건 제3토지를 1995.12.19. 청구인이 합병으로 취득하였다가 1996.1.18. 이를 매각하였다면 이는 매각한 정당한 사유가 있다 할 것인데도 처분청이 이건 제3토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세하고 그 지상건축물에 대하여 비과세한 취득세를 추징한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 12. 28. 행 정 자 치 부 장 관