도시재개발법에 의한 재개발사업 시행인가일 이후 토지 및 건축물을 취득하여 조합원이 된 경우 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물이 취득세 비과세 대상에 해당하는지 여부와 그 과세표준이 적법한지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 1998.5.12. 청구인에게 부과 고지한 취득세 4,194,360원, 농어촌특별세 384,480원, 합계 4,578,840원(가산세 포함)을 취득세 4,001,460원, 농어촌특별세 366,800원, 합계 4,368,260원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.2.13.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지ㅇㅇ아파트ㅇㅇ동ㅇㅇ호(토지 43.607㎡, 건축물 114.7㎡, 이하 “이건 아파트”라 한다)를 청구외 ㅇㅇ 제4구역 주택개량재개발조합(이하 “재개발조합”이라 한다)으로부터 취득하였으므로, 그 취득가액(174,765,000원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,194,360원, 농어촌특별세 384,480원, 합계 4,578,840원(가산세 포함)을 1998.5.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1993.2.20.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지재개발구역내의 무허가 주택을 취득한 후 그 부속토지인 시유지 3필지 토지 133㎡에 대하여 처분청과 연부매매계약을 체결하고서 연부금을 지급한 후 1995.11.16. 소유권 이전등기를 하고 취득세 등을 신고납부하였으며, 재개발사업의 시행으로 인하여 소유하고 있던 토지와 건축물에 대한 보상으로 이건 아파트를 총 분양대금중 기존에 소유하고 있던 토지 및 건축물에 대한 평가액(126,087,160원)을 제외한 나머지 금액(48,677,840원)을 청산금으로 지급하고 취득하였다. 따라서 이건 아파트는 청구인이 소유하고 있던 종전 토지와 건축물에 대한 보상으로 대체취득한 것으로, 구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제109조제3항의 규정에 의하여 취득세를 비과세하여야 하는데도, 처분청은 개정된 지방세법을 소급 적용하여 사업시행 인가 당시의 소유자가 아니므로 취득세 비과세 대상에 해당하지 않는다고 판단한 것은 부당하며, 또한 이미 취득세를 납부한 토지가액을 포함한 총 분양가격을 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 도시재개발법에 의한 재개발사업 시행인가일 이후 토지 및 건축물을 취득하여 조합원이 된 경우 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물이 취득세 비과세 대상에 해당하는지 여부와 그 과세표준이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 관련규정을 보면, 구지방세법 제109조제3항에서는 도시계획법에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여 소유자가 환지받는 경우에는 취득세를 비과세하도록 규정하고 있었으나, 개정 후에는 사업시행 인가 당시의 소유자가 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산은 제외)에 대하여 취득세를 비과세하도록 규정하고 있으며, 서울특별시세감면조례 제19조제2호에서는 재개발사업의 최초 고시일 현재 부동산을 소유한 자가 당해 사업의 시행으로 인하여 취득하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주거용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있다. 또한 지방세법 제111조제1항 및 같은법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용이라고 규정하고 있다. 청구인의 경우를 보면, 1993.1.10. 청구외 ㅇㅇㅇ와 재개발구역내의 무허가 건축물에 대한 매매계약을 체결하고 1993.2.20. 취득하였으며, 서울특별시장과ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 2필지 토지지분 133㎡에 대한 연부 매매계약을 체결하고 1995.11.16. 소유권 이전등기를 하여 취득하였다. 그후 1998.2.13. 관리처분계획에 의하여 청산금(48,677,840원)을 지급하여 이건 아파트를 취득한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 따라서 청구인은 구지방세법이 개정되기 이전에 이미 무허가 건축물에 대한 권리를 취득하였음이 확인되고 있으며, 구지방세법 제109조제3항에서는 소유자에 대한 아무런 제한이 없다가 1993.12.27. 당해 규정이 개정되면서 사업시행 인가 당시의 소유자에 대하여만 비과세하는 것으로 변경되었는데, 이렇게 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에는 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1994.5.24. 93누5666)이고, 구지방세법 제109조제3항에서 말하는 소유자란 도시재개발사업의 경우 당해 재개발구역 안의 대지 또는 건축물의 소유자로서 도시재개발법 제40조 소정의 분양신청을 하여 관리처분계획에 따른 사업시행자의 분양처분에 의하여 대지 또는 건축물을 분양받을 자격이 있는 조합원을 의미하므로, 그 소유자라는 개념속에는 사업시행인가 당시의 소유자 뿐만 아니라 그로부터 분양처분이전까지 대지나 건축물의 소유권을 취득하여 당해 조합원의 대지 또는 건축물을 분양받을 권리를 승계하는 자를 포함한다(같은 취지의 대법원판결 1995.8.25. 95누5172)할 것이므로, 청구인의 경우도 이건 아파트의 취득가격중 법 개정 이전에 이미 취득한 무허가 건축물의 보상금(8,037,119원)에 해당하는 취득세 등은 구지방세법 제109조제3항의 규정에 의한 비과세 대상에 해당한다 하겠다. 그러나 1993.12.27. 지방세법 제109조제3항이 개정되면서 사업시행 인가 당시의 소유자가 관리처분계획에 의하여 취득하는 부동산에 한하여 취득세를 비과세하도록 하였고, 청구인이 재개발구역내의 시유지 133㎡를 1995.11.16. 소유권 이전등기하였으므로 개정된 지방세법에 따라 이건 아파트중 종전 토지의 보상금에 해당하는 부분은 취득세 비과세 대상에 해당하지 않는다 하겠으므로 이 토지부분에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 또한 재개발사업지구내의 종전 토지는 서울특별시장으로부터 취득한 것이고, 이건 아파트는 재개발사업이 완료된 후 1998.2.13. 재개발조합으로부터 관리처분계획에 의하여 별도로 취득한 것으로서 청구인이 종전 토지에 대하여 취득세를 납부하였다 하더라도 이는 종전 토지를 취득한데 따른 취득세를 납부한 것에 불과할 뿐 이건 아파트 취득에 따른 취득세를 납부한 것은 아니므로 종전 토지 등의 가액(126,087,160원)에 해당하는 부분도 청구인이 이건 아파트를 취득하기 위하여 현물로 지급한 것과 마찬가지라 할 것으로서 이건 아파트의 분양가액(174,765,000원)에서 종전 토지 및 멸실된 건축물의 가액을 공제한 청산금만에 대해서만 취득세를 납부하여야 한다는 청구인의 주장도 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 구지방세법이 개정되기 이전에 취득한 무허가 건축물에 대한 보상금으로 취득한 부분이 비과세 대상에 해당한다는 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 12. 28. 행 정 자 치 부 장 관