의료법인이 의료기관 신축목적으로 부동산을 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.12.18. (의)ㅇㅇ의료재단[구 (의)ㅇㅇ의료재단]으로부터 증여받아 취득한ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 11필지 토지 54,295㎡(이하 “이건 토지”라 한다) 및 그 지상건축물 3,548.69㎡(이하 이건 토지를 포함하여 “이건 부동산”이라 한다)에 대하여 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제290조제1항제17호의 규정에 의거 취득세와 등록세 등을 과세 면제하였으나, 취득일로부터 1년 이내에 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당될 뿐만 아니라 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 지방세법 제112조제1항, 제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 133,879,200원, 농어촌특별세 12,272,240원, 등록세 14,687,920원, 교육세 2,692,770원, 합계 163,532,170원(가산세 포함)을1998.3.11. 부과 고지하였으나, 청구인이 이의신청을 제기함에 따라 이의신청 결정기관인 경기도지사는 청구인이 농어촌특별세 비과세 대상에 해당됨에도 농어촌특별세를 부과 고지한 잘못이 있으므로 당초 부과 처분중 농어촌특별세 12,272,240원을 취소하고, 나머지 부분에 대해서는 기각 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 의료기관의 설치 운영 및 보건의료에 관한 연구개발을 목적사업으로 하는 비영리법인으로서 의료기관 신축부지로 사용하기 위하여1996.12.18.이건 토지를 취득하였으나, 이건 토지를 취득하기 전인1995.5.4.부터 의료기관 개설허가신청, 개발제한구역내 병원건립 허용건의, 도시계획법시행규칙 개정 건의 등 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하여 왔을 뿐만 아니라, 이건 토지중 781-1번지외 8필지 토지는 임야로서 40～50년생 소나무 등이 식재된 상태로 보전되어 있고, 나머지 토지의 경우도 주택 및 돈사 등이 있는 상태로 사용되고 있으나, 관계법령에서 사용을 제한하고 있어 불가피하게 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는데도 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 의료법인이 의료기관 신축목적으로 부동산을 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 있다. 관계법령을 보면, 구지방세법 제290조제1항제17호에서 의료법에 의하여 설립된 의료법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 지방세법 제112조제2항에서 대통령령으로 정하는 법인의 비업무용토지를 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 법인의 비업무용토지라 함은 법인이 토지를 취득한 날부터 1년내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다고 규정하고 있다. 청구인은 이건 토지를 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하여 왔으나, 관계법령에서 토지사용을 제한함에 따라 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하지만, 위의 관련 규정에서의『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다(같은 취지 대법원 판결 1993.2.26, 92누8750)고 할 것이나, 법인이 토지 취득시에 이미 1년이내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유를 알고 있었고, 취득후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유때문이라면 취득전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다(같은 취지 대법원판결1995.6.30.94누6901) 하겠다. 청구인의 경우 1996.12.18. 의료기관 신축목적으로 이건 부동산을 (의)ㅇㅇ의료재단[구 (의)ㅇㅇ의료재단]으로부터 증여받아 취득하였으나, 이건 부동산을 취득하기 전인 1995.5.4. (의)ㅇㅇ의료재단이처분청에 의료기관 개설허가신청을 함에 따라 처분청은1995.12.20.과 같은해 12.21. 종합병원 건립이 가능하도록 각 정당과 건설교통부에 도시계획법시행규칙의 개정을 건의하였으나, 1996.2.13. 건설교통부에서 일반 주거지역내에 종합병원시설의 입지를 위한 면적이 부족하다 하여 개발제한구역내에 입지토록 도시계획법령을 개정할 수 없으니 산본 신도시내에 이미 계획된 종합의료시설 부지를 이용하는 방안 등 다른 방안을 강구하라고 회신한 사실을 볼 때, 청구인의 경우 이건 부동산 소재지역이 이미 개발제한구역으로 지정되어 있어 의료기관 신축이 불가능하다는 사실을 알고 있었고, 이건 부동산을 취득한 이후에도 동일한 사유로 인하여 고유업무에 직접 사용하지 못한 이상, 정당한 사유에 해당되지 아니할 뿐만 아니라, 이건 부동산 취득후 1997.7.19. 의료기관 개설허가를 신청한 사실만으로는 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 볼 수 없으며, 또한 이건 토지중 ㅇㅇ동 781-5, 6,9번지 토지(20,753㎡)를 성원산업개발에 임대(1997.8.1～1998.7.31.)하여 건설 폐석처리 및 골재생산프랜트장 부지로 사용하기 위한 토지형질 변경신청을 한 사실과 나머지 토지의 경우도 취득 목적대로 사용하지 아니하고 있는 사실로 볼 때, 이건 토지를 고유업무에 직접 사용하고 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 11. 28. 행 정 자 치 부 장 관