산업단지내의 공장용 토지와 건축물을 취득한 후 일시 사용하다가 각각 임대 및 현물출자한 경우 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부와 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1998.5.10. 청구인에게 부과고지한 취득세 130,925,400원, 등록세 36,063,900원, 교육세 6,611,720원, 합계 173,601,080원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1992.7.4. 산업단지내인ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지공장용지 10,489.7㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하였고, 1995.9.7. 이건 토지상에 공장용 건축물 6,905.76㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 신축한 후 1995.9.30. 공장등록을 하고 사용하였으므로 이건 토지 및 건축물에 대하여 취득세와 등록세를 과세면제하였다. 그러나 청구인이 1996.1.1. 이건 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 청구외 ㅇㅇ(주)에 임대하였고, 1996.1.31. 이건 건축물도 같은 법인에게 현물출자하였는 바, 청구인이 이건 토지 및 건축물을 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 과세면제세액의 추징대상에 해당하며, 또한 이건 토지는 법인의 비업무용 토지에도 해당한다고 보아 이건 토지의 취득가액(452,950,000원)과 이건 건축물의 취득가액(2,058,100,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항 및 제2항과 제131조제1항 제3호 및 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 130,925,400원, 등록세 36,063,900원, 교육세 6,611,720원, 합계 173,601,080원(가산세 포함)을 1998.5.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 처분청이 한 이건 부과 처분의 취소를 청구하면서 그 이유로 첫째, 청구인은 이건 토지를 공장을 건축하기 위하여 취득하였으므로 지방세법시행령 제84조의4제3항에서 규정하고 있는 부동산임대용 토지에 해당되지 아니하는데도 처분청은 부동산임대용 토지로 보아 부동산임대업이 주업이 아니므로 비업무용 토지로 본 것은 부당하며, 산업단지내의 공장용 토지 및 건축물에 대한 취득세 등의 과세면제 규정을 살펴보면 공장용 토지와 건축물을 취득한 자가 직접 사용하여야 하는 것이 아니라 공장용에 직접 사용하기만 하면 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당하지 아니하는데도 처분청은 취득한 자가 직접 사용하지 아니하는 경우에도 추징대상에 해당된다고 이 규정을 확대해석하여 이건 부과 처분은 한 것은 부당하다. 둘째, 청구인은 이건 토지상에 이건 건축물을 신축 공장등록을 하고 철강선제조사업을 운영하다가 청구인의 자체 기술력과 판매력으로는 경쟁력확보가 어려워 청구외 일본 ㅇㅇ제강과 합작사업을 하기로 결정하고 한일 합작투자회사인 청구외 ㅇㅇ(주)을 설립하고, 이건 건축물을 현물출자하였고, 이건 토지는 임대한 것으로, 청구인의 출자법인인 청구외 ㅇㅇ(주)은 청구인이 운영하던 사업과 동일한 철강선제조사업을 영위하고 있으므로 이건 토지와 건축물을 임대 및 현물출자하였다 하더라도 그 경위와 과세면제의 취지에 비추어 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 할 것인데도 처분청이 이건 토지와 건축물에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고, 나아가 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 산업단지내의 공장용 토지와 건축물을 취득한 후 일시 사용하다가 각각 임대 및 현물출자한 경우 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부와 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 관계법령을 보면 지방세법 제112조제2항, 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호가목, 제3항제1호다목에서 법인이 공장용 토지를 취득한 후 정당한 사유없이 3년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나, 부동산 임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 지상정착물 연면적의 100분의 10 이상을 직접 사용하지 아니하거나 그 연간 임대수입금액이 토지가액의 100분의 3에 미달하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제276조제1항제1호에서는 산업단지내에서 공장을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 토지와 그 토지 취득일로부터 5년 이내에 취득한 사업용 토지 및 건축물에 대하여는 취득세와 등록세를 감면하는 것이나, 공장용 부동산 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 감면한 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다. 청구인의 첫째 주장에 대하여 살펴보면, 청구인과 같이 토지를 취득하고 공장을 신축하여 일시적으로 직접 사용하다가 임대한 경우, 당초의 취득목적을 변경하여 임대용에 공여하고 있는 경우에도 이러한 임대용 토지에 해당된다고 보는 것이 타당하다 하겠고, 지방세법 제276조제1항 단서규정의 문구상 감면세액의 추징요건은 그 납세의무자를 기준으로 판단하여야 할 것으로서 공장용 부동산의 사용용도 및 사용주체가 모두 감면요건을 충족하는 경우에 한하여 추징대상에서 제외되는 것이므로, 공장용 부동산을 취득한 자가 그 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 사용하지 아니하는 경우 뿐만 아니라 직접 사용하지 아니하는 경우에는 모두 추징대상에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 이건 토지가 임대를 했더라도 공장용에 계속하여 사용하기만 하면 추징대상에 해당하지 아니하다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으나, 이건 토지 및 건축물을 임대 및 현물출자한 데에는 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장에 대하여 살펴보면, 청구인은 이건 토지를 취득하고자 청구외 구ㅇㅇ관리공단(현재는 ㅇㅇ지역관리공단으로 변경) 이사장과 1987.8.20. 입주계약을 체결하였고, 1992.7.4. 분양잔금을 지급한 후 1994.6.10. 이건 토지상에 건축허가를 받고서 1995.9.7. 이건 건축물을 신축하였으며, 1995.9.30. 공장등록을 하여 사용하다가, 1996.1.11. 합작투자회사인 청구외 ㅇㅇ(주)와 이건 건축물에 대한 현물출자 계약(청구인 지분: 49.5%)을 체결하여 1996.1.31. 현물출자를 원인으로 소유권 이전등기하였고, 이건 토지는 3년후에 현물출자하기로 하면서, 1996.1.31. 이건 토지에 대하여 청구외 ㅇㅇ(주)와 임대차계약을 체결하고 임대하였으며, 합작투자회사인 청구외 ㅇㅇ(주)은 1996.4.3. 이건 토지 및 건축물에 대하여 공장등록을 하고 당초 청구인이 영위하던 업종과 동일한 업종의 공장(철강선제조업)으로 사용하고 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 따라서 청구인은 공장 신설목적으로 취득한 이건 토지와 이건 공장용 건축물을 일시적으로 공장으로 직접 사용하다가, 경영개선을 위하여 청구외 일본 ㅇㅇ제강(주)과 합작투자회사인 청구외 ㅇㅇ(주)을 설립하고서, 그 투자회사에 이건 공장용 건축물을 현물출자하고, 그 부속토지인 이건 토지는 임대하여 그 투자회사로 하여금 동일한 업종의 공장을 영위하도록 하고 있으므로, 비록 청구인이 이건 토지 및 건축물을 직접 사용하고 있지 않더라도 국가 및 지방산업단지의 활성화를 위하여 입주업체에 대하여 취득세와 등록세를 감면해주는 입법취지와 법률상으로는 매각 및 임대가 이루어졌지만 사실상 청구인이 이건 토지 및 건축물을 당초 공장용으로 사용하자고 한 취득목적이 그대로 유지되고 있다고 볼 수 있는 점을 고려할 때 청구인이 이건 토지 및 건축물을 매각 및 임대한 데에는 정당한 사유가 있다(같은 취지의 대법원판결 1992.6.9. 91누10725, 행정자치부 심사결정 1998.4.29. 제96-195호, 참조판례 1991.12.27. 91누1080)할 것이므로, 취득세 등 감면세액의 추징대상에 해당되지 아니한다 하겠고, 이러한 취득세 등의 추징대상에 해당한다는 것을 전제로 하여 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 11. 28. 행 정 자 치 부 장 관