비영리단체가 부동산을 취득한 후 3년 이내에 매각한 정당한 사유가 있는지 여부와 ㅇㅇㅇ의 명의로 취득, 등기한 후 신고 납부한 취득세 등에 대한 환부요청이 적법한(각하)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각하고, 청구외 ㅇㅇㅇ의 심사청구는 각하한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.1.14. 영유아보육시설 건축용으로 취득한ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지토지 587.8㎡와 그 지상건축물 170.59㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)에 대하여, 지방세법 제107조 제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 과세면제 하였으나 이건 부동산의 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니 하였으므로, 이건 부동산의 취득가액(177,800,000원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,267,200원, 농어촌특별세 391,160원과 등록세 6,400,800원, 교육세 1,173,480원, 합계 12,232,640원(가산세 포함)을 1998.5.11. 부과고지 하였으며, 청구외 가 청구인으로부터 이건 부동산을 취득한 후 취득세 2,600,000원, 농어촌특별세 260,000원과 등록세 3,900,000원, 교육세 780,000원, 합계 7,540,000원을 1998.6.10. 신고납부함에 따라 같은날 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인(1997.1.6 색동회, 기타단체로 등록)은 영유아보육시설을 신축 운영할 목적으로 민영기로부터 이건 부동산을 취득하여 취득세 및 등록세의 비과세 감면을 받고 소유권이전등기를 완료한 후 대전광역시장에게 사회복지법인 설립 허가신청을 하였으나 동 신청건에 대한 보완지시(대전 가정 65115-630, 1997.5.26)에 따라 부득이 이건 토지의 소유권을 1997.6.1. 색동회에서 로 이전하는 등 미비사항을 보완하여 사회복지법인 설립허가를 득하고 법인명의로 최종 소유권 이전등기를 완료하였다. 지방세법 제107조제1호 및 동법 제127조제1항제1호에 의해 영유아보육시설로 직접 사용하는 경우에는 취득세를 비과세하도록 되어있는 데도, 법인설립에 대한 부동산의 출연과정에서 과세기관의 부실한 세무지도와 법인설립인허가 과정에서의 신청서류 보완지시에 따라 순차적으로 소유권이 이전(ㅇㅇㅇ⇒ㅇㅇㅇ⇒ㅇㅇㅇ⇒ㅇㅇㅇ)된 것을 소유권이전으로 보아 색동회에 대하여 추징부과고지하고, ㅇㅇㅇ의 경우 신고납부하자 수납하여 징수결정한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 비영리단체가 부동산을 취득한 후 3년 이내에 매각한 정당한 사유가 있는지 여부와 ㅇㅇㅇ의 명의로 취득, 등기한 후 신고 납부한 취득세 등에 대한 환부요청이 적법한지 여부에 있다. 관계법령을 보면, 지방세법 제105조제1항에서 “취득세는 부동산.....의 취득에 대하여...그 취득자에게 부과한다...”라고 규정하고, 같은법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만,... 취득일로부터 1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 취득물건을 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는...취득세를 부과한다.”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사,..., 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리 사업자라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제6호에서“영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만,... 등기일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에... 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는... 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 등기” 라고 규정하고, 지방세법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 대통령령으로 정하는 비영리 사업자라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리 사업자를 말한다”라고 각각 규정하고 있다. 먼저, 본안심의에 앞서 청구외 가 신고납부한 취득세 등의 환부요청에 대하여 살펴보면, 지방세법 제72조, 제73조 및 제74조의 규정에서, 신고납부일로부터 60일 이내에 이의신청을 제기하여야 하고 이의신청에 대한 결정통지를 받은 날로 60일 이내에 심사청구를 하도록 규정하고 있으므로 청구외 ㅇㅇㅇ에 대한 부과처분은 청구인에 대한 부과처분과 별개의 처분으로 전심절차인 이의신청절차를 거쳐야 하나 별개단체인 청구인의 이건 심사청구에 첨부하여 심사청구를 하였기 때문에필요적 전심절차를 결여한 잘못이 있다 하겠다. 다음으로, 영유아보육시설 운영을 목적으로 하는 비영리단체인 청구인이 부동산을 취득한 후 3년 이내에 매각한 정당한 사유가 있는 지 여부를 살펴보면, 이건 부동산은 ㅇㅇㅇ에서 ㅇㅇㅇ(1997.1.14.), ㅇㅇㅇ에서 ㅇㅇㅇ(1997.6.1.), ㅇㅇㅇ에서 ㅇㅇㅇ(1997.9.4.)로 소유권이 변경되었고, 청구인(ㅇㅇㅇ)의 신청에 의하여 취득세 및 등록세가 감면되었음과 청구인이 3년 이내에 이건 부동산을 매각하였음을 관계 증빙서를 통해서 알 수 있다. 청구인은 이건 부동산이 당초 취득목적인 영유아보육시설운영을 목적으로 사용하기 위하여 노력하였으나 잘못된 세무지도와 법인 인·허가 과정에서의 서류보완지시에 따른 결과로 처분청에 귀책사유가 있음을 주장하고 있으나, 지방세법시행령 제79조제1항제6호에서 취득세 등의 감면대상이 “영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자”로서 개인, 법인, 단체에 관계없이 영유아보육시설을 운영하기만 하면 감면을 받을 수 있음을 알 수 있다. 청구인이 3년 이내에 ㅇㅇㅇ에게 이건 부동산을 매각한 것은 지방세와 관계없이 청구인이 국고보조금을 지원(보조금 185,856천원)받는데 유리하도록 매각절차를 진행한 것으로서, 잘못된 세무지도라는 증거자료도 달리 제출하지 못하고 있으므로 정당한 사유를 인정할 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 11. 28. 행 정 자 치 부 장 관