[주 문] 처분청이 1997.8.22. 청구인에게 부과 고지한 취득세 163,634,780원(가산세 포함)과 1998.7.13. 부과 고지한 취득세 48,379,870원(가산세 포함), 합계 취득세 212,014,650원(가산세 포함)은 이를 취득세 182,782,910원(가산세 포함)으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1992.10.26.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 4,494.7㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 대체 취득한 후 이건 토지상에 1993.11.4. 건축물 연면적 1,333.66㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 신축한데 대하여 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제109조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 비과세)제1항 단서규정에 의거 이건 토지의 취득가액(3,550,150,000원)과 이건 건축물의 취득가액(2,974,767,034원)에서 종전 부동산의 보상금액(539,676,667원)을 차감한 취득가액에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 119,185,590원을 1992.11.24.부터 1995.6.30.까지 신고 납부(일부는 부과 고지)하였으나, 처분청의 청구인에 대한 1997년도 법인세무조사에서 이건 토지 및 건축물(이하 “이건 부동산”이라 한다)중 일부(토지 1,877.21㎡ 및 건축물 557.01㎡)가 본점 사업용 부동산으로 확인됨에 따라 본점 사업용 부동산의 취득가액(1,959,470,910원)에서 종전 부동산의 보상금액을 차감한 취득가액(1,734,047,967원)에 구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제3항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액(173,404,790원)에서 이미 신고 납부한 세액을 차감한 취득세 166,468,600원(가산세 포함)을 1997.8.12. 부과 고지하였으나, 위 취득가액(1,734,047,967원)에 이미 납부한 취득세액 등이 포함되어 있음이 확인되어 취득가액을 1,704,529,176원으로 정정 산출한 취득세 163,634,780원(가산세 포함)으로 1997.8.22. 변경 부과 고지(감액결정부과)한 후 청구인이 이에 불복하여 1997.10.13.경기도지사에게 이의신청을 제기하였으나, 이의신청기간 경과를 이유로1997.11.28. 각하 결정하자, 청구인이 1998.1.14. 및 1998.2.24. 처분청 및 경기도지사에게 위 취득세 부과처분에 있어 과세표준액이 일부 누락되었다는 이유로 증액경정부과 처분을 요구(진정)하였고, 처분청이 이를 검토한 결과 당초 본점 사업용 부동산으로 보았던 면적 및 과세표준액 산정에 일부 잘못이 있다고 보아 이건 부동산중 46.55%인 토지 2,092.28㎡ 및 건축물 620.81㎡를 본점 사업용 부동산으로 보아 산출한 세액에서 이미 부과한 세액(163,634,780원)을 차감한 취득세 87,565,390원(가산세 포함)을 1998.4.28. 추가로 과세 예고한데 대하여 청구인이 1998.5.13. 경기도지사에게 과세전적부심사 청구를 제기하자, 경기도지사는 청구인의 주장에 일부 이유가 있다고 보아 당초 과세 예고한 취득세를 48,370,590원(가산세 포함)으로1998.5.28. 일부 채택 결정함에 따라 처분청이 1998.7.13. 청구인에게 취득세48,379,870원(가산세 포함)을 부과 고지한데 대하여 청구인이 1998.7.22. 이의신청을 제기하자 경기도지사는 이의신청한 취득세 212,014,650원중 163,634,780원에 대한 이의신청은 각하하고 48,379,870원에 대한 이의신청은 기각하는 결정을 1998.8.28. 하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 액화석유가스 충전사업 및 판매업을 목적사업으로 하여 1980.7.10. 설립된 법인으로서 그동안 사업장 및 본점으로 사용하여 오던ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 대지 1,603㎡가 하남·신장 택지개발 사업지구에 편입됨에 따라 1992.4.9. 539,676,667원의 보상금을 받고 한국토지개발공사에 수용된 후 사업장이 폐쇄됨에 따라 동 사업을 계속 영위하기 위하여 이건 토지를 한국토지개발공사로부터 대체 취득한 후 1993.11.4. 이건 건축물(주용도: 충전소, 부속용도: 사무실)을 신축하여 사용하고 있는 바, 청구인의 경우 이전촉진권역 및 제한정비권역내에서 본점을 두고 사업을 영위하다가 정부의 택지개발사업에 따라 강제 수용된 후 동 사업을 계속하기 위하여 충전사업에 관련된 허가기준면적(최소면적 4,000㎡ 이상)을 취득하여 동 지상에 주용도가 충전소인 건축물을 신축하고 종속건축물 일부를 본점 사무소로 사용한 것이므로 구지방세법 제112조제3항의 본점 사업용 부동산에 대한 중과세 입법취지에 비추어 볼 때 정당한 사유가 있다고 보아 이건 부동산중 본점 사업용 부동산에 대하여 취득세를 중과세 할 수 없다고 할 것이므로 처분청이 1997.8.22. 및 1998.7.13. 청구인에게 부과 고지한 취득세 212,014,650원(가산세 포함)은 전액 취소되어야 하고, 설령 위 본점 사업용 부동산의 취득을 정당한 사유가 있는 대체취득으로 볼 수 없다면, 처분청이 본점 사업용 부동산의 과세표준액을 아무런 법적근거도 없고 비합리적인 방법으로 잘못 산출하였으므로 취득물건의 용도가 구분되는 것은 용도별로 과세표준액을 산출하여야 하고, 용도별 경계가 분명하지 않은 토지의 경우 본점 사무소용 건축물의 바닥면적만을 본점용 토지로 보아 위 세액중 취득세 173,177,386원을 취소하거나, 용도별 경계가 분명하지 않은 토지의 경우 본점 사무소용 건축물의 바닥면적만을 본점용 토지로 볼 수 없다면, 본점용 토지의 과세표준액을 건축물의 바닥면적 비율로 안분 계산하여 위 세액중 취득세 139,909,907원을 취소하여야 한다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소 또는 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제111조제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다 …”라고 규정하고, 제2항(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것)에서 “제1항의 규정에 의한 과세표준액은 조례로 정하는 바에 따라 취득자의 신고에 의한다. 다만 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 대통령령으로 정하는 바에 의한 과세시가표준액(…)에 미달하는 때에는 시가표준액에 의한다”라고 규정하며, 제5항에서 “다음에 게기하는 취득(…)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 …에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “… 법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제82조의2제1항에서 “법 제111조제5항제3호에서 ‘… 법인장부중 대통령령이 정하는 것’이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “법인장부: 법인이 작성한 원장, 보조장, 출납전표, 결산서”라고 규정하며, 구지방세법시행령 제82조의3제2항(1993.12.31. 대통령령 제14041호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에서 “… 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나, 지급하여야 할 일체의 비용(법인세법 제16조제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자, 소개수수료, 설계비 등 취득에 소요된 직접·간접비용을 포함한다)을 말한다 …”라고 규정하고 있고, 구지방세법 제109조제1항에서 “토지수용법, 도시계획법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(…)에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(…)가 당해 사업인정고시일(…) 이후에 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(…)부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산을 취득한 때(…)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고, 지방세법시행령 제79조의3제1항에서 “법 제109조제1항 단서의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 방법은 다음 각호와 같다”라고 규정한 다음, 그 제1호(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것)에서 “부동산의 대체취득이 법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산의 사실상의 취득가격에서 매수·수용·철거된 부동산의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다”라고 규정하는 한편, 구지방세법 제112조제3항에서 “… 수도권정비계획법 제8조의 규정에 의한 이전촉진권역 및 제한정비권역내에서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1992.10.26. 이건 토지를 대체 취득하여 1993.11.4. 이건 건축물을 신축한 후 취득세를 신고 납부하였으나, 세무조사에서 이건 부동산중 일부가 본점 사업용 부동산으로 사용되고 있는 사실이 확인되어 1997.8.12. 취득세 166,468,600원(가산세 포함)을 부과한 후 과세표준액 산출 잘못을 이유로 위 부과세액을 취득세 163,634,780원(가산세 포함)으로 1997.8.22. 감액경정 부과 고지하였고, 이에 대한 이의신청이 각하 결정되자 청구인이 증액경정 부과 처분을 요구하여 처분청이 1998.4.28. 취득세 87,565,390원(가산세 포함)을 추가로 과세 예고한데 대하여 과세전 적부심사 결정에서 취득세 48,370,590원(가산세 포함)으로 일부 채택 결정되자 1998.7.13. 취득세 48,379,870원(가산세 포함)으로 부과 고지하였고, 이의신청에서 일부는 각하되고 일부는 기각 결정된 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 택지개발사업에 의거 기존의 사업장 및 본점이 강제 수용되어 동 사업을 계속하기 위하여 이건 부동산을 취득하여 그 일부를 본점 사무소로 사용한 것이므로 정당한 사유가 있다고 보아 취득세 전액을 취소하여 주거나, 본점 사업용 부동산의 과세표준액 산출에 잘못이 있으므로 취득세를 경정해 주어야 한다고 주장하고 있다.
- 다. 이건 관계 법령과 청구인 주장과의 관계를 판단한 결과 먼저 이건 심사청구가 적법하게 제기되었는지의 여부에 대하여 살펴보면, 이의신청 결정기관인 경기도지사는 처분청이 1997.8.22. 청구인에게 부과 고지한 취득세 163,634,780원(가산세 포함)과 1998.7.13. 부과 고지한 취득세 48,379,870원(가산세 포함), 합계 취득세 212,014,650원(가산세 포함)중 1997.8.22.의 부과한 처분(163,634,780원)은 그에 앞서 1997.8.12. 부과 처분(166,468,600원)의 감액경정 부과 처분에 불과한 것으로서 “과세관청이 과세처분을 한 뒤에 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있음을 발견하여 이를 경정하는 경우에 그것이 감액경정일 때에는 처음의 과세처분에서 결정된 과세표준과 세액의 일부를 취소하는데 지나지 아니하므로 처음의 과세처분이 감액된 범위내에서 존속하게 되고, 이 처분만이 쟁송의 대상이 되며, 경정처분 자체는 쟁송의 대상이 될 수 없다(같은 취지의 대법원 판결 1985.11.26. 85누 632)”고 하여 처음의 과세처분인 1997.8.12. 취득세 납세고지서를 받은 후 60일을 경과한 1998.7.22.에 이의신청을 제기하였다는 이유로1997.8.22. 청구인에게 부과 고지한 취득세 163,634,780원(가산세 포함)에 대한 이의신청을 각하 결정하였지만, “과세관청이 과세처분을 증액 경정하는 처분을 한 경우에는 처음의 과세처분은 뒤의 경정처분의 일부로 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 소멸하고 오직 경정 처분만이 쟁송의 대상이 되고, 처음의 과세처분이 불복기간의 경과나 전심절차의 종결로 이미 확정된 뒤에 증액경정처분을 한 경우에도 당사자는 경정처분에 대한 소송절차에서 이미 확정된 처음의 과세처분에 의하여 결정된 과세표준과 세액에 대하여 그 위법 여부를 다툴 수 있다(같은 취지의 대법원 판결 1991.10.8. 91누 1547)”고 할 것인 바, 청구인의 경우 1997.8.22. 취득세 163,634,780원(가산세 포함)의 부과 처분 이후에 1998.7.13. 청구인에게 취득세 48,379,870원(가산세 포함)의 증액경정처분을 한 것이므로 1998.7.22. 제기한 이의신청에 대하여 이의신청 결정기관인 경기도지사가 본안 심의를 하였어야 하는데도 일부에 대하여 각하 결정한 것은 잘못이 있다고 하겠으므로 이건 심사청구는 본안 심의대상에 해당된다고 할 것이다. 다음으로 처분청이 이건 부동산의 일부를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세를 중과세한 처분이 적법한지의 여부에 대하여 살펴보면, 청구인은 이건 부동산중 일부를 본점 사업용 부동산으로 사용한다고 하더라도 정당한 사유가 있으므로 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하지만, 구지방세법 제109조제1항 단서 및 구지방세법시행령 제79조의3제1항제1호에서 부동산을 대체 취득한 경우에는 취득세를 비과세하되, 새로 취득한 부동산가액의 합계액이 보상금액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하도록 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제3항에서 수도권정비계획법 제8조의 규정에 의한 이전촉진권역 및 제한정비권역내에서 본점 사업용 부동산을 취득한 경우 취득세를 중과세 하도록 규정하면서 정당한 사유가 있는 경우 중과세 하지 아니한다는 별도의 규정이 명시되어 있지 아니하므로 청구인의 주장을 받아 들일수 없다 하겠으며, 또한 청구인은 이건 부동산중 본점 사업용 부동산에 대한 과세표준액을 처분청이 잘못 산출하였다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 지방세법 제111조제5항제3호 및 지방세법시행령 제82조의2제1항제2호에서 법인장부가액을 사실상의 취득가격으로 보도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 이건 건축물의 건축물대장에서 이건 토지(4,494.7㎡)상에 사무동 725.6㎡, 충전장 383.85㎡, 캐노피동 50㎡, 경비실 4.8㎡, 발·변전실 169.41㎡, 합계 1,333.66㎡를 신축하여 1993.11.4. 사용검사를 받은 사실을 알 수 있고, 이건 건축물이 이건 토지상에 분산되어 위치하고 있고, 본점 사업용 부동산과 본점 사업용 부동산 외의 부동산이 혼합되어 있으므로 본점 사무소로 사용되고 있는 건축물을 구분해 보면, 처분청은 사무동 중 1층 257.8㎡ 및 2층 139㎡, 기계실 및 계단실 44.8㎡, 경비실 4.8㎡, 발·변전실 중 1층 45㎡, 2층 임대용 사무실 52.41㎡, 합계 543.81㎡라고 주장하지만, 사무동 중 기계실 및 계단실 44.8㎡는 공용면적으로서 사무소 면적 비율로 안분하여 26.11㎡로 산정하여야 하고, 경비실 4.8㎡는 충전소 건물에 대한 경비실로서 사무소로 볼 수 없으며, 발·변전실중 2층 사무실 52.41㎡는 청구외 경기도 개인택시조합ㅇㅇ시 지부에 임대한 건축물이므로 본점 사무소로 볼 수 없어 본점 사무소로 사용한 건축물 면적은 이건 건축물 연면적 1,333.66㎡중 467.91㎡로 보아야 할 것이고, 본점 사무소용 부속토지는 이건 토지 면적을 이건 건축물 연면적중 본점 사무소용 건축물 연면적 비율로 안분 계산하여야 합리적이라고 할 것이므로, 본점 사무소용 건축물의 바닥면적만을 본점 사무소용 부속토지로 보아야 한다는 주장이나 이건 건축물의 바닥면적중 본점 사무소용 건축물의 바닥면적 비율로 안분 계산하여야 한다는 청구인의 주장들을 받아 들일수 없다 하겠고, 이건 건축물에 대한 청구인의 법인장부상 취득가액 및 조정금액의 총액은 인정할 수 있지만, 청구인의 임의적 기준에 따라 감가상각을 위하여 내부적으로 사무동, 충전장, 캐노피동, 경비실, 발·변전실 등에 배분한 취득가액은 객관성이 결여되어 있어 본점 사업용 부동산(토지, 건축물)의 취득가액을 산출함에 있어서 내부적으로 배분한 취득가액을 기준으로 하여 산출할 수는 없다고 할 것이므로 이를 기준으로 하여 본점 사업용 부동산의 취득가액을 산출하여야 한다는 청구인의 주장 또한 받아 들일수 없다고 하겠으나, 이건 부동산의 법인장부상 가액의 조정금액(이건 토지: 2,802,858,438원, 탱크를 제외한 이건 건축물: 2,623,983,484원, 합계: 5,426,841,922원)을 이건 건축물 연면적(1,333.66㎡)중 본점 사무소용 건축물 연면적(467.91㎡) 비율로 안분하여 본점 사업용 부동산의 취득세 중과세 과세표준액(1,903,988,725원)을 산출하고 그 과세표준액에 중과세율을 적용하여 산출된 세액에서 일반세율에 의한 세액을 차감한 후 가산세율을 적용하여 취득세액(182,782,910원)을 산출하여야 할 것인데도 처분청이 본점 사업용 부동산의 취득가액을 산출하면서 본점 사무소용 건축물의 연면적을 467.91㎡가 아닌 543.81㎡로 보고, 이건 부동산의 취득가액을 5,426,841,922원이 아닌 5,621,199,596원(이건 토지: 2,646,432,562원, 이건 건축물: 2,974,767,034원, 합계: 5,621,199,596원)으로 보아 이건 취득세를 부과 고지한 처분은 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 10. 28. 행 정 자 치 부 장 관