[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.3.18.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 2,110㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 종교시설물 건립목적으로 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(3,418,200,000원)에 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 82,036,800원, 농어촌특별세 7,520,040원과 등록세 등을 과소신고 납부한데 대하여 지방세법 제131조제1항제3호제(2)목의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 72,921,600원, 교육세 13,368,960원, 합계 175,847,400원(가산세 포함)을 1998.8.10. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지정문화재를 보유한 전통사찰보존법의 적용을 받는 비영리 종교사찰로서 서울특별시에서 시행한 목동택지개발예정지구내의 이건 토지를 종교시설 건립목적으로 사용하기 위해 1992.12.24. 서울특별시와 매매계약을 체결하고 대금을 지급하여 왔으나, 서울특별시로부터 소유권 이전등기를 받지 못하게 되자 서울특별시를 상대로 소유권 이전등기 소송을 제기하여 화해를 통해 소유권 이전등기 절차를 이행하라는 판결을 받아 1995.3.28. 소유권 이전등기를 한 후 종교시설을 건립하기 위해 설계도면 작성 및 종교목적으로 활용하고자 노력하였으나, 전통사찰보존법의 적용을 받는 청구인이 지정문화재(보물)를 소유하는 관계로 문화관광부장관의 허가를 받아야 하고, 조계종 총무원의 승인을 받아야 하는 등 여러 가지 절차를 거쳐야 하기 때문에 계약일(1992.12.24.)로부터 3년 이내인 1995.12.24.까지 건축을 할 수 없었던 바, 매매계약서 제2조제1항 및 제2항, 제5조제1항제2호에서 청구인은 계약체결일로부터 3년 이내에 이건 토지를 지정용도로 사용하여야 하고 이를 위반할 경우 이건 토지를 환매할 수 있으며, 계약을 해제할 수 있다고 정하였으므로 언제든지 환매권행사에 의하여 매매계약이 취소될 수 있는 상황으로서 1998.5.25. 서울특별시장의 유권해석 공문(도개 58540-858)에서도 그렇게 해석하고 있고, 만약 청구인이 건물 착공후 서울특별시가 환매를 통지한다면 원상복구에 따른 철거비용, 토지사용료 부담은 물론이고 위약금의 부담 등 엄청난 피해를 감수해야 하는 관계로 건축공사에 착공할 수 없었던 것이므로 이건 토지 취득후 유예기간(3년) 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 볼 수 없다고 할 것인데도 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 등록세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 비영리종교법인이 종교시설물 건립목적으로 토지를 취득한 후 3년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, …취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교 … 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고, 구지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만,...등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교 … 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 대통령령으로 정하는 대도시내에서 등기하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1995.8.21. 대통령령 제14753호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조제2항에서 “법 제127조제1항제1호 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자가 대통령령으로 정하는 대도시내에서 등기하는 경우’라 함은 … 과밀억제권역 …에서 사찰, 사당, 불당 …용 건축물(…)과 그 부속토지에 관한 등기를 하는 경우를 말한다”라고 규정하는 한편, 지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용 토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 당해 각목에서 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지 …”라고 규정하고, 라목에서 “제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년”이라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1995.3.18. 이건 토지를 종교시설물 건립목적으로 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세 하고 과소 신고납부한 등록세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알수 있다. 그런데 청구인은 이건 토지를 종교시설 건립목적으로 사용하기 위해 1992.12.24. 서울특별시와 매매계약을 체결하고 소송을 통하여 취득한 후 1995.3.28. 이전등기를 하였으나, 계약일로부터 3년 이내에 사용하여야 한다는 계약조건을 위반한 것에 대하여 서울특별시의 환매 및 계약해제가 우려되고, 관계기관의 허가 및 승인 등의 절차를 거치느라 유예기간(3년) 이내에 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다.
- 다. 이건 관계 법령과 청구인 주장과의 관계를 판단한 결과 구지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 제112조제2항과 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호라목의 규정을 종합하면, 종교 등을 목적으로 하는 비영리법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득(등기)하는 경우 취득(등록)세를 부과하지 아니하지만, 법인이 토지를 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하고 등록세도 부과하도록 규정하고 있고, 위 규정에서의『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 뜻한다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26. 92누8750)고 할 것인 바, 청구인이 이건 토지를 취득하기 위하여 1992.12.24. 서울특별시와 체결한 매매계약서 제1조에서 중도금은 1993.2.24.에, 잔금은 1993.6.24.에 지급하기로 하였고, 제2조제1항 및 제2항, 제5조제1항제2호에서 청구인은 계약체결일로부터 3년 이내에 이건 토지를 지정용도(종교시설물 건립)로 사용하여야 하고 이를 위반할 경우 이건 토지를 환매할 수 있으며, 계약을 해제할 수 있다고 정한 사실을 알 수 있고, 청구인의 내부적인 사정에 의거 잔금지급일(1993.6.24.)에 잔금을 지급하지 못하고 잔금지급일 이후에 잔금을 지급한 후 서울특별시로부터 소유권 이전등기를 받고자 하였으나 받지 못하게 되자 서울특별시를 상대로 소유권 이전등기 소송을 제기하여 화해조서에 의거 소유권 이전등기 절차를 이행하라는 서울지방법원의 판결(94가합 110577)을 1995.3.18. 받아 이건 토지를 취득하여 1995.3.28. 청구인 명의로 소유권 이전등기를 하였으므로 계약일(1992.12.24.)로부터 3년 이내에 이건 토지를 사용하여야 한다는 계약조건에 따라 3년이 되는 1995.12.24.까지는 9개월의 시간적인 여유가 있어 청구인이 이건 토지상에 종교시설을 건축코자 하였다면 충분히 할 수 있었다고 보아지는데도 계약일로부터 3년 이내인 1995.12.24.까지 착공하지 아니함으로써 계약조건을 위반하여 환매 및 계약해제 대상에 해당하게 된 것은 청구인의 귀책사유에 불과하고, 설령 청구인이 계약조건을 위반하여 이건 토지가 환매 및 계약해제 대상에 해당하게 되었다 하더라도 매도자인 서울특별시가 이건 토지 취득일(1995.3.18.)로부터 3년이 되는 1998.3.18.까지 청구인에게 환매권을 행사하거나 계약을 해제하겠다는 의사표시를 한 사실이 객관적으로 입증되지 아니하고, 1998.5.25. 서울특별시장의 시유재산 매매계약서 유권해석 회신공문(도개 58540-858)은 유예기간(3년)이 경과한 후인 1998.5.20. 청구인의 시유재산 매매계약서 유권해석 의뢰에 따른 회신으로서 매매계약서 제2조제1항 및 제2항, 제5조제1항제2호의 규정 내용을 그대로 해석한 것일 뿐 매도자인 서울특별시가 이건 토지를 환매하거나 계약을 해제하겠다는 뜻으로는 볼 수 없다 할 것으로서 이건 토지 취득일(1995.3.18.)로부터 3년 이내에 충분히 건축을 할 수 있는 상태에 있었다 할 것인데도 청구인은 계약조건을 위반한 것에 대하여 서울특별시의 환매 및 계약해제가 우려되고 공사착공에 문화관광부장관의 허가 및 조계종 총무원의 승인이 필요하다는 이유만으로 심사청구일 현재까지 공사에 착공하기 위한 건축심의 및 건축허가 신청도 하지 아니한 채 이건 토지를 나대지 상태로 방치하고 있으므로 유예기간(3년) 이내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없어 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 적법하다고 하겠으며, 다음으로 등록세 부과 처분이 적법한지 여부에 대하여 살펴보면, 구지방세법 제127조제1항제1호 단서 및 구 지방세법시행령 제94조제2항에서 비영리사업자가 과밀억제권역에서 사찰, 사당, 불당용 건축물과 그 부속토지에 관한 등기를 하는 경우 등록세를 부과하도록 규정하고 있는 바, 과밀억제권역(서울특별시)내에 있는 이건 토지를 청구인이 종교시설물 건립목적으로 취득·등기한 것이므로 등록세 비과세대상에 해당되지 아니하므로 청구인이 이건 토지를 등기하면서 과소 신고납부한 등록세 등을 처분청이 부과 고지한 처분은적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 10. 28. 행 정 자 치 부 장 관