[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 법인인 청구인이 1994.8.7.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 710㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하고, 1997.2.19. 이건 토지상에 조합회관용 건축물 781.8㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 신축 취득하였으므로 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제110조의4제1항제9호와 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것)제291조제1항제9호에 의하여 이건 토지 및 건축물에 대하여 취득세와 등록세의 100분의 50을 감면하였으나, 청구인이 이건 토지를 취득한 후 정당한 사유없이 2년 이내에 고유업무에 사용하지 아니하였으므로 이건 토지에 대하여 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당되고, 또한 이건 토지는 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 이건 토지의 취득가액(300,000,000원)에 구지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 50,400,000원, 농어촌특별세 3,960,000원, 등록세 4,500,000원, 교육세 900,000원, 합계 59,760,000원(가산세 포함)을 1998.8.13. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 중소기업협동조합법에 설립된 법인으로서 인천광역시와 경기도 일원에 소재한 230여개 두부류 등 제조업체를 회원으로 하여 구성되어 있는 바, 청구인은 상설 의사결정기구가 없어 조합 운영에 있어 중요한 안건이 발생할 때마다 이사회를 개최하여 의사결정을 하고 있으며, 독자적인 사업기금이 마련되어 있지 아니하여 자금수요가 생기면 조합원의 출자금으로 충당하고 있는 상태로써, 청구인은 조합원의 부담절감을 위하여 창고를 겸한 자체 건물을 소유하기로 1990.2.16. 정기총회의 의결을 거쳐, 회관건립추진위원회를 구성하고 회관건립을 위한 출자금을 1991.4.1.부터 출자받기로 하였으며, 그 이후 확보된 출자금으로 1994.8.7. 이건 토지를 매입하였으며, 이건 토지를 취득한 후 그 건축비에 충당하기 위한 출자금을 계속하여 출자받아 이건 건축물을 신축한 것으로써, 의결기구인 이사회가 비상설기관인 특성상 의사결정과정에 상당한 기간이 소요될 수 밖에 없었으며, 그 소요자금을 조달하는 것을 모두 조합원의 출자금에 의존하고 있어 자금조달에 상당한 시간이 경과하게 된 것으로 이러한 청구인의 특성과 건축준비를 위한 기간 등을 고려할 때 청구인이 이건 토지를 유예기간이 경과하여 고유업무에 사용하였다 하더라도 그러한 데에는 정당한 사유가 있다 할 것인데도 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하고 감면한 등록세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 취득세 등의 감면법인이 취득한 토지를 유예기간 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제110조의4제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 제112조제1항의 세율에 의하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 취득한 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제9호에서 “중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합...”라고 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용 토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고서, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호(1996.12.31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것)에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 다음 각목에 정하는 기간내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사에 착공하는 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보되, 정당한 사유없이 공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고서, 마목(1995.12.30. 대통령령 제14878호로 개정되기 전의 것)에서 “가목 내지 라목외의 토지는 1년”이라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제128조의3제1항에서 “법제110조의4제1항각호의 법인의 부동산에 관한 등기 또는 등록(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 관하여는 제131조의 세율에 의하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. 다만, 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1994.8.7. 이건 토지를 취득하고 정당한 사유없이 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 상설의결기구가 없이 중소기업을 회원으로 하여 중요안건이 발생할 때마다 이사회를 개최, 의결하고 있으며, 조합원의 출자금으로 사업경비를 충당하게 되는데 이러한 사업자금을 조달하는 과정에서 조합원의 영세성 등으로 인하여 상당한 기간이 경과된 것으로 조합의 특성 등을 고려할 때 이건 토지를 유예기간 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 처분청이 이건 토지에 대하여 감면한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
- 다. 이건 관계법령과 청구인의 주장과의 관계를 판단한 결과 구지방세법 제110조의4제1항제9호, 제112조제2항, 제128조의3제1항, 구지방세법시행령 제84조의4제1항제1호마목의 규정을 종합하면, 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합이 고유업무에 사용하기 위하여 취득 등기하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세의 100분의 50을 감면하는 것이나, 정당한 사유없이 그 취득(등기)일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면한 세액을 추징하고, 토지에 대하여는 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세하도록 규정하고 있는 바, 여기에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26. 92누8750)으로서, 청구인의 경우 이건 토지를 취득하기 전인 1990.3월경부터 회관건립을 추진하기 시작하여 조합원들의 출자금으로 1994.8.7. 이건 토지를 취득하였고, 이건 토지상에 취득목적대로 회관을 건립하기 위한 내부회의만을 개최하다가 1년을 경과한 1995.9.15. 종합건축사사무소 청구외 (주)ㅇㅇ과 이건 건축물에 대한 설계용역계약을 체결하고, 이건 토지 취득일로부터 1년 5개월이 경과한 1996.1.25. 처분청으로부터 건축허가를 받았으며, 건축허가를 받고서도 9개월이 경과한 1996.10.11.에서야 공사착공신고서를 제출하여 1997.2.19. 처분청으로부터 이건 건축물에 대한 사용승인을 받아 이건 건축물을 취득한 사실이 제출된 설계용역계약서, 건축물사용승인서에서 확인되고 있는 바, 청구인이 230여개 중소기업을 조합원으로 하여 운영되는 협동조합이라는 점을 고려할 때 내부의사결정에 상당한 기간이 소요될 수 있다는 점과 그 소요경비를 조합원의 출자금에 의존하고 있으며, 조합원이 소규모의 중소업체들이므로 일시에 건축비 마련에 어려움이 있었다는 점은 인정되지만, 이러한 사유는 청구인의 내부적인 사유로서 이러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 인정될 수는 없다 하겠으며, 결국 이건 토지를 유예기간 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 주된 사유는 청구인이 그 소요비용과 추진일정에 대한 충분한 검토없이 회관건립을 추진하게 된 것에 기인한다고 보는 것이 타당하다 하겠으므로 그 귀책사유가 청구인에게 있다 하겠고, 달리 유예기간 이내에 청구인이 이건 토지를 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 볼 만한 사유도 없으므로 처분청이 이건 토지에 대하여 감면한 취득세 등을 추징하고, 나아가 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 10. 28. 행 정 자 치 부 장 관