[주 문] 처분청이 1998.2.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 17,331,470원, 농어촌특별세 1,588,710원, 등록세 1,924,720원, 교육세 352,850원, 합계 21,197,750원(가산세 포함)은 이를 취득세 2,310,860원, 농어촌특별세 211,820원, 등록세 1,924,720원, 교육세 352,850원, 합계 4,800,250원(가산세 포함)으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.2.15. 유료 양로시설을 설치할 목적으로ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 외 22필지 토지 153,221㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 교환으로 취득하였으므로 지방세법 제107조제1호의 규정에 의하여 취득세 등을 비과세하였으나, 이건 토지중ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 5필지 토지 2,595㎡(이하 “이건 쟁점토지”라 한다)를 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 이건 쟁점토지는 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당되고 법인의 비업무용 토지에도 해당되므로 이건 쟁점토지의 취득가액(96,286,000원)에 지방세법 제112조제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 17,331,470원, 농어촌특별세 1,588,710원, 등록세 1,924,720원, 교육세 352,850원, 합계 21,197,750원(가산세 포함)을 1998.2.10. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 토지상에 유료양로시설을 설치하기 위하여 이건 토지를 취득하기 이전에 시설가능여부에 대한 적정성 검토 요청을 하여 처분청으로부터 회신을 받았고, 이건 토지를 취득한 후 처분청의 회신내용에 따라 진입로를 확보하기 위하여 진입로 해당토지 소유자인 청구외 ㅇㅇ개발연구원의 사용동의서를 받는 한편, 처분청의 형질변경 세부허가기준을 충족하기 위하여 도시계획시설로 지정을 받기 위한 준비를 하였으며, 청구인의 감독관청인 서울특별시장도 시설설치허가권자인 처분청의 회신내용을 검토하여 이건 토지상에 유료양로시설이 설치가능하리라고 보아 이건 토지의 취득허가를 하였으며, 또한 정부의 유료양로시설 확충정책에 따라 국민연금융자주선시에 처분청이 시설설치가능성을 포함한 적정성을 확인하여 융자를 추천하여 경기도지사가 1995년 유료노인복지시설 설치융자금을 청구인에게 배정통보한 사실도 있으며, 이건 토지상에 유료 양로시설을 설치하기 위한 설계(토목)용역계약 체결, 기본사업계획수립, 설계용역계약 체결 등 정상적인 노력을 진행하던 중 이건 쟁점토지를 유료양로시설 공사비에 충당할 목적으로 서울특별시장의 기본재산처분 허가를 받아 매각한 것으로 이건 쟁점토지를 청구인의 고유업무에 사용하지 못한 것은 처분청의 회신내용에 의하여 유료양로시설의 설치가 가능하였다고 신뢰하였으나 이러한 신뢰에 반하여 처분청이 도시계획시설결정 승인을 불허가함으로써 그 귀책사유가 처분청에 있다 할 것이므로 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있고, 또한 비영리사업자인 사회복지법인이 고유업무를 수행하기 위한 경비를 마련할 목적으로 매각하는 토지는 법인의 비업무용 토지에서 제외하도록 규정하고 있는데도 불구하고 처분청이 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 유료양로시설을 설치하기 위하여 취득한 토지를 유예기간 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각한데 대하여 정당한 사유가 있는지 여부와 비영리사업자가 고유업무 수행경비를 마련할 목적으로 매각한 토지이므로 법인의 비업무용 토지에서 제외되는 경우에 해당하는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인”이라고 규정하고 있고, 지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “제1호에서 “제사·종교·자선... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고서, 지방세법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하고 있고, 지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 당해 각목에서 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보되, 건축공사중이라 하더라도 정당한 사유없이 건축공사를 중단한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고서, 라목에서 “제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년”이라고 규정하고 있고, 같은조같은항 제2호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유없이 매각한 토지...”라고 규정하는 한편, 같은조 제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 보지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제79조의 규정에 해당하는 비영리법인이 고유의 업무를 수행함에 따라 필요한 경비를 마련할 목적으로 매각하는 토지...”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면 처분청은 청구인이 1995.2.15. 이건 토지를 취득하고서 정당한 사유없이 3년 이내에 이건 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세하고 비과세한 등록세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 토지를 취득한 후 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 처분청의 도시계획시설결정 승인 불허가 처분에 따라 고유업무에 사용하지 못하였으므로 사용하지 못한 귀책사유가 처분청에 있고, 또한 이건 쟁점토지는 고유업무를 수행하기 위한 경비를 조달하기 위하여 매각한 토지이므로 법인의 비업무용 토지에 해당되지 아니하는데도 처분청이 이건 쟁점토지에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
- 다. 이건 관계 법령과 청구인 주장과의 관계를 판단한 결과 지방세법 제107조제1호, 제127조제1항제1호, 지방세법시행령 제70조제1항제3호, 제94조제1항의 규정을 종합하면, 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 사업에 사용하기 위하여 취득 등기하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 비과세하지만 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 비과세한 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있고, 지방세법 제112조제2항, 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호라목, 제2호의 규정을 종합하면, 사회복지법인이 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 토지를 정당한 사유없이 3년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하는 경우에는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하지만, 그 고유업무를 수행하기 위한 경비마련 목적으로 매각하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있는 바, 여기에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26. 92누8750)할 것으로서, 청구인의 경우 이건 토지를 취득하기 이전인 1994.6.23. 청구인의 기본재산이었던ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 4필지 토지 5,488.3㎡와 이건 토지를 교환하기 위하여 서대문구청장에게 기본재산 처분허가 신청을 하였고, 서대문구청장은 이러한 신청에 대하여 그 내용을 검토한 바, 이건 토지중ㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 21,322㎡상에 유료양로시설 설치계획이 포함되어 있으므로 그 타당성에 대한 의견조회를 처분청에 하였고, 1994.7.22. 처분청은 이러한 의견조회에 대하여 지역여건, 지역주민 여론, 타법령과의 관계검토표 등을 서대문구청장에게 통보(가정 65240-840)하였으며, 청구인이 다시ㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지상에 유료양로시설의 설치가능여부를 처분청에 문의하자, 1994.8.22. 처분청은 건축물의 대지가 2m 이상의 도로에 접하여야 하고, 보전녹지지역이므로 5,000㎡미만의 토지로서, 임목본수도가 40% 이하이고 경사도 20% 이하인 토지에 대하여만 토지형질변경 허가가 가능하다는 내용으로 회신(주택 58550-3895)을 하였고, 그 이후 1994.12.24. 청구인의 감독관청인 서울특별시장이 청구인의 기본재산 처분(교환) 허가 신청을 허가하였고, 1994.12.29. 서대문구청이 청구인에게 이러한 허가 사실을 통보(가정 65200-2246)하였으며, 1995.2.15. 청구인은 이건 토지를 교환 취득한 후 유료양로시설을 설치하기 위하여 진입로 부지(성남시 분당구 ㅇㅇ동 산 47-7번지)를 확보하고자 1995.5.26. 청구외 ㅇㅇ개발연구원장에게 진입로부지의 사용동의 또는 매각을 요청하였고, 1995.10.9. 청구외 ㅇㅇ개발연구원장은 이러한 청구인의 요청에 따라 토지사용승낙을 하였음을 제출된 토지사용승낙서 등에서 알 수 있고, 이건 토지상에 청구인이 설치하고자 하는 시설면적이 5,000㎡를 초과하므로 도시계획시설로 시설결정되지 아니하면 토지형질변경 허가를 받을 수 없어 도시계획시설로 시설결정 허가를 받고자 1995.5.15. 도시계획시설결정을 위한 설계(토목)용역 계약을 체결하는 한편, 1996.12.26. 청구외 ㅇㅇ신탁 및 ㅇㅇ건설(주)과 토지신탁약정 체결과 시공자 선정을 하여, 1997.12.3. 처분청에 이건 토지중 판교동 산 16번지외 2필지 토지 63,037㎡에 대하여 도시계획시설결정 허가 신청을 하였으나 1998.1.8. 처분청으로부터 임상이 양호하고 경사도가 32%이므로 시설물 설치가 어렵다는 사유로 불허가 처분(성남시 도시 58400-400)을 받은 사실을 알 수 있는 바, 청구인은 이건 토지중ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 21,322㎡에 대하여만 유료양로시설의 설치가 가능한지 사전 확인을 하였을 뿐이고, 처분청의 회신내용도 보전녹지지역이므로 5,000㎡미만의 시설설치만 가능하고, 임야가 포함된 경우 임목본수도가 40% 이하이고, 경사도가 20% 이하인 경우에 한하여 토지형질변경 허가가 가능하다고 통보하고 있으며, 이건 토지중 3필지(산16번지, 산17번지,산18번지)에 대하여만 도시계획시설결정 허가 신청을 한 사실 등을 고려할 때 청구인이 이건 쟁점토지를 유료양로시설을 설치하기 위하여 취득하였다고 인정하기도 어렵고, 또한 이건 토지 전체를 유료양로시설용으로 사용하고자 하였다면 그 설치 가능여부 및 규모 등에 대한 검토와 도시계획시설결정 허가를 받을 수 있는 지 여부에 대한 검토를 하였어야 하는데도 이러한 검토없이 도시계획시설결정 허가가 가능하리라고 보아 계획을 추진하고, 처분청에 시설결정 허가 신청을 하였다가 처분청이 임상의 상태와 경사도가 32%이므로 시설 설치가 불가능하다고 보아 불허가 처분을 하였다면, 이건 토지를 취득목적대로 사용하지 못한 귀책사유가 청구인에게 있다고 보는 것이 타당하다 하겠으므로, 청구인이 이건 쟁점토지를 3년이 경과하기 전인 1997.11.17. 매각하였으므로 매각한 시점에서 처분청이 이건 쟁점토지에 대하여 일반세율로 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다 하겠으며, 다음으로 청구인이 이건 쟁점토지를 고유업무를 수행하기 위한 경비조달 목적으로 매각한 경우에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구인이 1997.7.11. 서대문구청장에게 이건 쟁점토지에 대한 기본재산 처분허가 신청을 하고서, 1997.7.14. 이건 쟁점토지중 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 1,454㎡에 대하여 청구외 ㅇㅇㅇ 개인명의로, ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 3필지 토지 1,141㎡에 대하여 청구외 대한예수교장로회 ㅇㅇ교회 담임목사 ㅇㅇㅇ와 부동산 매매 가계약을 체결하였고, 1997.7.29. 서울특별시장의 기본재산처분(양도)을 허가함에 따라 1997.8.1. 서대문구청장으로부터 매각대금을 유료양로시설의 시설설치자금으로 충당하라는 조건으로 기본재산처분허가 통지를 받아 1997.11.17. 이건 쟁점토지에 대한 잔금을 수령하고 매각한 사실은 확인되고 있으며, 이건 토지중 청구인이 제출한 신탁약정서, 설계용역계약서 등에서도 도시계획시설결정 허가 신청을 한 토지 이외의 토지에 유료양로시설의 설치계획이 없음이 확인되고 있고, 이건 토지중 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 5필지 토지 17,031㎡를 서울특별시장의 기본재산처분허가(1996.2.26)를 받아 청구외 학교법인 ㅇㅇ학원에 매각하였고, 이건 토지중 판교동 산16-1번지외 4필지 토지 7,094㎡는 한국수자원공사에 수용된 사실과 유료양로시설을 설치하기로 계획한 3필지 토지 이외의 토지에 대하여 1997.3.20. ㅇㅇ신문에 매각공고를 게재한 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구인이 이건 쟁점토지를 취득당시부터 유료양로시설 건축을 위한 공사비로 충당할 목적으로 매각하려고 추진하였음이 인정되며, 이러한 취득목적대로 이건 쟁점토지를 유료양로시설 설치자금에 사용하기 위하여 매각하였다면 법인의 비업무용 토지로 취득세 등을 중과세할 수는 없다 할 것인데도 처분청이 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 9. 30. 행 정 자 치 부 장 관