[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1992.12.30.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지(임야) 10,314㎡중 8,217.96㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 교회 신축목적으로 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(176,686,000원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 31,803,480원과 구지방세법 제127조제1항제1호의 규정에 의거 비과세한 등록세 6,360,690원, 교육세 1,166,120원, 합계 39,330,290원(가산세 포함)을 1998.7.9. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 대한예수교장로회 ㅇㅇ노회 등 노회에 속한 교회가 경영하는 전도교육, 구료 및 종합사회복지사업, 육아사업 등을 위하여 토지, 건물 및 비품을 소유관리하고 필요한 자산을 공급하는 것을 목적사업으로 하는 비영리법인으로서 ㅇㅇ교회가 협소하여 교회를 신축 이전하기 위하여 1992.12.30. 이건 토지를 취득한 후 1993.4.12. 토목공사 설계용역계약을 체결하고 1993.12.31. 건축허가(연면적 310.14㎡)를 받아 같은날 착공신고를 하고 공사를 하던중 토사배출 및 노약자 통행불편, 주택균열 등으로 인근 주민들의 민원이 발생하여 처분청으로부터 공사중지명령을 받아 민원해결을 위해 공사가 중지되었다가 민원을 해결하고 공사를 재개하던 중 토사운반차량인 덤프트럭 운행으로 지반이 흔들리고 도로가 협소하여 보행에 불편하다는 주민들의 민원으로 1994.4.14. 공사중지 명령을 받아 공사가 2차로 중지되었으나, 다시 주민들을 설득하여 공사를 진행하던 중 처분청이 1994.11.7. 영주도시계획시설결정(안) 공람공고 및 1995.8.8. 결정(변경)고시, 1995.10.14. 지적승인고시를 하여 이건 토지의 중간지점을 가로지르는 15m 도로가 20m로 변경되어 당초 설계한 건축면적이 도로에 편입되고 주차면적 등이 협소하여 당초 설계대로의 건축이 불가능하게 되었으므로 1차 설계변경(연면적 2,969.41㎡)을 하여 1995.1.24. 건축허가를 받아 토목공사를 하던 중 암반이 나와 유압타설 방법으로 공사를 하는 관계로 소음이 발생되어 아파트 주민들의 집단민원으로 더이상 공사를 계속할 수 없어 공사자인 청구외 ㅇㅇ종합으로부터 1995.8.25. 공사연기(1995.8.30.～1996.11.30)를 요청하여 주민들과의 협의 및 민원해결, 우수기를 피하기 위하여 청구인이 공사연기(15개월)를 승낙해 주었고, 또한 2차 설계변경(연면적 310.14㎡)을 하여 1996.5.4. 건축허가를 받아 1997.3.20. 형질변경터파기 공사도급계약을 체결하여 현재 형질변경 터파기공사를 완료하고 형질변경 잔디씨 뿌리기와 면포입히기 공사를 하고 있으므로 청구인이 이건 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 볼 수 없다고 할 것인데도 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 등록세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 비영리종교법인이 교회신축목적으로 임야를 취득한 후 1년 이내에 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만,...취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·...기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 지방세법 시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고, 구지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만,...등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교...기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하는 한편, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용 토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(...) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하며, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제4호(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것)에서 “농업·축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는...임야. 다만, 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하는...경우를 제외한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 산림업을 주업으로 하지 아니하는 청구인이 임야인 이건 토지를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세한 등록세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 토지를 취득한 후 건축허가를 받아 착공신고를 하고 공사를 하던중 주민들의 민원발생으로 공사중지 명령을 받았고, 도시계획시설 변경결정으로 도로편입 부지가 변경되어 설계변경을 하였고, 토목공사중 소음 발생으로 집단민원이 제기되어 공사연기를 하였으나, 다시 건축허가를 받아 형질변경 터파기공사를 완료하고 건축공사를 할 예정에 있으므로 유예기간(1년) 내에 이건 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다.
- 다. 이건 관계 법령과 청구인 주장과의 관계를 판단한 결과 구지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 제112조제2항과 구지방세법시행령 제84조의4제1항 및 제3항제4호의 규정을 종합하면, 종교 등을 목적으로 하는 비영리법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득(등기)하는 경우 취득(등록)세를 부과하지 아니하지만, 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 임야를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 그 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세한 등록세를 부과하도록 규정하고 있고, 위 규정에서의『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 뜻한다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26. 92누8750)고 할 것인 바, 청구인의 경우 산립업을 주업으로 하지 아니하는 법인으로서 1992.12.30. 이건 토지를 취득한 후 1년이 훨씬 경과한 1998.9.12. 현재까지 이건 토지의 지목이 임야인 상태로서 다른 지목으로 변경되어 있지 아니한 사실이 이건 토지의 임야대장에 의거 명백히 입증되고 있으므로 정당한 사유가 없는 한 이건 토지는 법인의 비업무용토지에 해당된다고 할 것으로서 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지의 여부에 대하여 살펴보면, 청구인의 주장처럼 1992.12.30. 이건 토지를 취득한 후 공사를 하던 중 주민들의 민원발생 및 이에 따른 처분청의 공사중지명령과 도시계획시설 변경결정 등이 있었다고 하더라고 1995.8.30.부터는 이건 토지를 교회신축 용도로 사용하는데 있어 법령에 의한 금지·제한 등의 외부적인 사유가 있었다고 볼 수 없다 할 것인데도 청구인은 단순히 민원해결과 우수기 및 동절기 공사를 이유로 1995.8.30.부터 1996.11.30.까지 1년 3개월동안 공사를 연기하였고, 1996.11.30. 이후에도 형질변경 터파기공사 및 잔디씨 뿌리기, 면포입히기공사 등 건축공사를 하기 위한 준비단계만 거쳤을 뿐 1998.6.9. 현재까지도 공사가 중단되어 나대지 상태로 관리하고 있음이 처분청 세무담당공무원의 출장복명서에 의거 확인되고 있을 뿐만 아니라, 청구인의 1998.6.7. 회의록에서도 1999년부터 건축공사를 시행하기로 한 사실이 입증되고 있어 유예기간을 경과한 정당한 사유로 볼 수 없다 하겠으므로 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 등록세 등을 부과 고지한 처분은 적법하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 9. 30. 행 정 자 치 부 장 관