[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.8.31. 공장을 신축하기 위하여 인천주물공업단지내인ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지토지 2,007㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하였고, 1996.2.12. 그 지상에 공장용 건축물 856.87㎡(2개동, 1층 및 2층 건축물, 이하 “이건 건축물”이라 한다)을 신축하였으므로 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제276조제1항의 규정에 의하여 각각 취득세와 등록세를 과세면제하였으나, 청구인이 이건 토지의 취득일로부터 2년 이내인 1997.5.1. 이건 토지 및 건축물의 일부(토지 819.7㎡, 건축물 350㎡, 이하 “이건 쟁점부동산”이라 한다)를 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 임대하였으므로 이건 쟁점부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등의 추징요건이 발생하였다고 보아 그 취득가액(토지 125,075,414원, 건축물 116,412,057원, 합계 241,487,471원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호나목 및 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 8,369,140원, 농어촌특별세 767,150원, 등록세 8,687,880원, 교육세 1,592,770원, 합계 16,607,590원(가산세 포함)을 1998.4.15. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1995.1.18.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지에서 설립하여 철강제품 및 고철가공 등의 사업을 영위하다가 1995.8.31. 공장 신축을 목적으로 이건 토지를 취득하였고, 1996.2.12. 그 지상에 이건 건축물을 신축하였는 바, 구지방세법 제276조제1항에서 공업단지내에서 공장을 신축하기 위하여 최초로 취득한 토지와 그 토지취득일로부터 5년이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물에 대해서는 취득세와 등록세를 과세면제하되, 취득일로부터 2년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 세액을 추징하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 이건 토지의 취득일로부터 2년 이내에 공장용 건축물을 건축하였고, 이건 건축물을 준공한 후 2년 이내에 고유업무에 직접 사용하였으므로 과세면제요건을 충족하였고, 추징요건으로서 2년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우만을 규정하고 있을 뿐으로 고유업무에 직접 사용하였다가 2년이내에 임대하는 경우에도 추징하도록 규정하고 있지 아니한데도 처분청이 이건 쟁점부동산에 대하여 2년이내에 고유업무에 사용하였다 하더라도 2년이 경과하기 전에 직접 사용하지 아니하였으므로 추징대상에 해당한다고 본 것은 부당하며, 또한 대도시내의 법인이 대도시외로 이전하는 경우 그 이전에 따른 법인등기 및 부동산등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 지방세법 제274조에서 규정하고 있고, 청구인도 서울특별시내에서 사업을 영위하다가 대도시에서 제외되는 이건 토지 소재지로 이전하였으므로 취득세 등의 과세면제 대상에 해당되어 이건 쟁점부동산을 임대하였는지 여부에 관계없이 추징할 수 없다 할 것인데도 처분청이 이건 쟁점 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 공업단지내의 공장용 토지 및 건축물을 취득하여 공장용에 사용하다가 그 취득일로부터 2년 이내에 임대한 경우 과세면제한 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관련법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제274조제1항에서 “수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 이 절에서 ‘과밀억제권역’이라 한다)안에서 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 영위하는 법인이 당해 본점 또는 주사무소를 매각하고 대통령령이 정하는 대도시(이하 이 절에서 ‘대도시’라 한다)외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하여 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “대도시내에 등기되어 있는 법인이 대도시외로 이전하는 경우에는 그 이전에 따른 법인등기 및 부동산 등기에 대하여는 등록세를 면제한다”라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서 “제1항의 규정에 의한 대도시외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 적용기준은 내무부령으로 정한다”라고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제224조에서 “법제274조제1항에서 ‘대통령령이 정하는 대도시’라 함은 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다)을 말한다”라고 규정하고, 지방세법시행규칙 제114조의2제1항에서 “법 제274조의 규정에 의하여 대도시외 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하여 당해사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로 한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “대도시외의 지역으로 이전하기 위하여 매입한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산일 것”, 그 제2호에서 “대도시내의 본점 또는 주사무소가 대도시외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6월(임차한 경우에는 2년)이상 계속하여 사업을 영위한 실적이 있을 것”, 그 제3호에서 “대도시외의 지역에서 그 사업을 개시한 날부터 6월이내에 대도시안에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것”, 그 제4호에서 “대도시외의 지역에서 본점 또는 주사무소용 부동산을 취득한 날부터 6월이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용할 것. 다만, 정당한 사유가 있을 때에는 그러하지 아니하다”라고 각각 규정하는 한편, 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조제1항에서 “산업단지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장용 건축물을 신축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)에 대하여는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 취득세·등록세...를 면제한다. 다만, 공장용 부동산의 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(...) 또는 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”라고 규정하고서, 가목에서 “공장을 신축하기 위하여 최초로 취득하는 토지”라고 규정하고, 나목에서 “가목의 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(기존 건축물을 취득하는 경우를 제외한다)”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면 처분청은 청구인이 공업단지내의 이건 토지를 취득하고, 그 지상에 공장용 건축물을 건축하였으므로 취득세 등을 과세면제하였으나 그 취득일로부터 2년 이내에 일부를 임대하였으므로 임대한 부분에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 공장을 건축하기 위하여 이건 토지를 취득하고, 그 지상에 공장을 신축하여 2년 이내에 공장용으로 사용하다가 그 일부를 임대한 것으로 반드시 2년이 경과할 때까지 계속하여 공장으로 사용하고 있지 아니한 경우에는 과세면제한 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있지 아니하며, 또한 대도시내의 본점을 대도시외로 이전하는 경우에 취득세 등을 과세면제하도록 규정하고 있고 그 일부를 임대하였다고 하여 면제된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있지도 아니하므로 처분청이 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
- 다. 이건 관계 법령과 청구인 주장과의 관계를 판단한 결과 지방세법 제274조제1항, 제2항 및 제3항, 같은법시행령 제224조, 같은법시행규칙 제114조의2제1항 각호의 규정을 종합하면, 수도권정비계획법에 의한 과밀억제권역(산업단지 제외)내에서 6개월이상 사업을 영위한 법인이 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득 등기하는 부동산으로써 종전의 본점 사무소를 이전후 6월 이내에 폐쇄하고, 취득한 부동산에 6월이내에 건축공사에 착공하거나 직접 사용하는 경우에는 취득세와 등록세를 과세면제하도록 규정하고 있고, 구지방세법 제276조제1항제1호가목 및 나목에서, 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하기 위하여 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일로부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물에 대하여 취득세 등을 과세면제하는 것이나 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우와 법인의 비업무용 토지가 된 경우에는 면제한 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는 바, 먼저 이건 토지와 건축물을 취득하고 그 취득일로부터 2년 이내에 공장용으로 사용한 경우 그 일부를 2년이 경과하기 전에 임대하였다 하더라도 과세면제한 취득세 등을 추징할 수 없다는 청구인의 주장에 대하여 살펴보면, 청구인이 1995.8.31. 공업단지내의 이건 토지를 취득하였고, 1996.2.12. 그 지상에 공장용 건축물을 신축(가동 1층: 공장, 나동 1,2층: 경비실 및 사무실)한 후 이건 쟁점부동산에 대하여 청구외 (주)ㅇㅇ산업과 임대차계약을 체결(임대기간: 1997.5.1.～1999.4.30)하고 임대하였으며, 청구외 (주)ㅇㅇ산업은 이건 쟁점 부동산에 1997.6.23. 공장등록을 하고 공장으로 사용하고 있고, 청구인은 이건 토지 및 건축물중 이건 쟁점부동산을 제외한 면적에 1997.6.25. 공장등록을 하여 공장으로 사용하고 있는 사실을 공장등록증, 임대차계약서, 건축물관리대장 등에서 알 수 있는 바, 청구인이 이건 토지 및 이건 건축물을 취득하고서 이건 쟁점부동산에 대하여는 직접 공장으로 사용하였다고 인정하기도 어렵고, 설령 청구인이 이건 쟁점부동산도 공장으로 일시적으로 직접 사용하였다 하더라도 공업단지내의 이건 토지 및 건축물에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하기 위하여는 2년의 유예기간이 경과되어야 하므로 이러한 기간의 경과도 추징요건의 일부에 해당된다고 보아야 할 것이고 이러한 2년의 유예기간이 경과한 시점에서 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당되는지 여부를 판단하여야 하는 것으로 청구인이 이건 토지 및 건축물을 취득하고 각각 그 취득일로부터 2년 이내에 그 일부를 공장으로 사용하는 것을 포기하고 임대하였다면 2년이 경과하는 시점에서 볼 때 결국 공장으로 직접 사용하지 아니한 것이 되어 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보는 것이 타당하다 하겠고, 다음으로, 청구인이 대도시내의 본점을 대도시외의 지역으로 이전하였으므로 취득세 및 등록세의 과세면제 대상에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구인은 1995.1.18. 대도시내인ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지에서 설립하여 사업을 영위하다가 1995.8.31. 공장을 신축할 목적으로 이건 토지 및 건축물을 취득하여 2년 이내에 공장을 신축하였고, 그 일부를 본점으로 사용하고 있는 사실을 알 수 있으나, 이건 쟁점부동산은 공장용 건축물이고 대도시내의 본점을 대도시외의 지역으로 이전하는 경우와 공장을 이전하는 경우를 지방세법상 각각 구분하여 과세면제 대상을 달리 규정하고 있는 점에 비추어 본점 사무실을 이전하기 위하여 취득한 부동산과 공장을 이전하기 위하여 취득한 부동산은 각각 별도로 과세면제 여부를 판단하여야 하는 것으로 청구인이 비록 대도시내의 본점 사무실을 대도시외의 지역으로 이전한 경우에 해당한다 하더라도 본점 사무실로 사용하기 위하여 취득 등기한 부동산이 아니라 공장용 건축물인 이건 쟁점부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분에는 영향을 미칠 수 없다 하겠으므로 처분청이 이건 쟁점부동산에 대하여 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징한 이건 부과처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 9. 30. 행 정 자 치 부 장 관