아파트형 공장을 취득하여 직접 사용하다가 그 일부를 임대한 정당한 사유가 있는지 여부 및 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1998.3.16. 청구인에게 부과고지한 취득세 3,491,060원, 농어촌특별세 320,010원, 등록세 5,236,590원, 교육세 960,030원, 합계 10,007,690원(가산세 포함)은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.6.25.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 아파트형공장 615.559103㎡ 및 그 부속토지 142.1454㎡(이하 “이건 공장”이라 한다)를 청구외 (주)ㅇㅇ건설로부터 취득함에 따라 구인천광역시세감면조례(1997.12.30. 조례 제3200호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의 2의 규정에 의하여 취득세 등을 과세면제 하였으나, 1997.6.13. 이건 공장의 일부(건축물 264.464㎡, 부속토지 61.0656㎡, 이하 “이건 쟁점공장”이라 한다)를 청구외 ㅇㅇㅇ에게 임대하였으므로 이건 쟁점공장의 취득가액(145,461,270원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,491,060원, 농어촌특별세 320,010원, 등록세 5,236,590원, 교육세 960,030원, 합계 10,007,690원(가산세 포함)을 1998.3.16. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 전자부품제조공장을 운영하고자 청구외 (주)ㅇㅇ건설로부터 이건 공장을 374,559,217원에 취득(1996.6.25. 소유권 이전등기)하면서 잔금 107,187,217원을 지급하지 못하고 납입독촉을 받던 중 청구인 소유의 지방 부동산을 매각하여 잔금을 정산하기로 약속하고 가계수표를 발행해 주었으나, 청구외 (주)ㅇㅇ건설이 약속을 어기고 가계수표를 교환(1996.9.20)한 관계로 부도처리 되어 형사입건에 이르게 되었고, 자구책으로 지방 부동산을 급매하여 95,000,000원을 납입(1997.2.5.)하였으나, 나머지 10,513,217원을 미지급하였다고 이건 공장을 가압류(1997.6.9.)하고 경매처분하겠다는 통보를 해 옴에 따라 자금압박을 해소하고 공장회생을 위한 방편으로 청구외 ㅇㅇㅇ에게 이건 쟁점공장을 임대한 것으로서 이는 정당한 사유에 해당된다 할 것이며, 또한 청구인은 이건 공장을 취득한 후 1년 이내인 1996.9.9. 전자제품제조업의 공장등록을 하고 직접 사용해 왔으며, 청구외 ㅇㅇㅇ에게 임대(1997.6.13)를 하였으나, 임차인이 사실상 입주하여 사용한 날(1997.7.1.)은 이건 공장의 취득일로부터 1년이 경과된 시점으로서 과세면제한 취득세 등을 추징할 수 없다 할 것인데도 이건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 아파트형 공장을 취득하여 직접 사용하다가 그 일부를 임대한 정당한 사유가 있는지 여부 및 과세면제한 취득세 등의 추징대상에 해당되는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가.먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호 개정되기 전의 것) 제105조제1항에서 “취득세는 부동산...의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(...)에서 그 취득자에게 부과한다...”라고 규정하고, 지방세법 제124조에서 “등록세는 재산권 기타 권리의 취득...에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(...)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받은 자에게 부과한다”라고 규정하고 있으며, 구인천광역시세감면조례 제22조의2에서 “공업배치및공장설립에관한법률 제29조제2항의 규정에 의한 아파트형공장의 설립신고 또는 건축허가를 받은자 및 아파트형 공장에서 사업을 영위하고자 하는 중소기업자가 당해사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(...)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 아파트형 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업자가 부동산을 취득한 후 정당한 사유없이 1년 이내에 당해사업에 직접 사용하지 아니할 경우에는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다”라고 각각 규정하고 있다.

• 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 이건 공장을 취득한 후 1년 이내에 공장으로 직접 사용하다가 이건 쟁점공장을 정당한 사유없이 임대하였으므로 과세면제한 취득세 및 등록세의 추징대상이 되었다고 보아 이건 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 쟁점공장을 1년 이내에 직접 사용하다가 임대할 수 밖에 없었던 정당한 사유가 있고, 사실상 임대한 날이 이건 공장을 취득한 날로부터 1년이 경과된 시점인데도 과세면제한 취득세 등을 추징 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
• 다. 이건 관계 법령과 청구인 주장과의 관계를 판단한 결과 구인천광역시세감면조례 제22조의2에서 아파트형 공장에서 사업을 영위하고자 하는 중소기업자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해사업에 직접 사용하지 아니할 경우는 면제된 취득세 및 등록세를 추징하도록 규정하고 있는 바, 청구인은 청구외 (주)ㅇㅇ건설로부터 이건 공장을 취득하고자 1995.12.8. 분양계약을 체결하였고 1996.6.25. 소유권 이전등기를 경료하여 취득한 후 1996.9.9. 전자제품제조업으로 공장을 등록하고 직접 사용해 온 사실, 잔금일부를 가계수표로 발행해 주었다가 부도처리(1996.9.20)된 사실, 1997.1.29. 청구외 (주)ㅇㅇ건설로부터 공장입주 미수금(22,187,217원)의 납부촉구 안내문을 내용증명으로 받은 사실과 그후 1997.6.11. 청구외 (주)ㅇㅇ건설을 채권자(채권금액 10,513,217원)로 하여 인천지방법원의 가압류결정(97카단13492)이 있었다가 1998.2.14. 해제된 사실 등이 제출된 관계증빙자료(분양계약서, 등기부등본, 공장등록증, 가계수표 부도확인서, 내용증명서 등)에서 확인되므로 청구인이 이건 공장을 취득한 후 잔금 및 입주비용 등으로 인하여 자금압박을 받아온 사실을 알 수 있고, 아파트형 공장에 대하여 취득세 등을 감면하도록 규정한 구인천광역시세감면조례 제22조의2 단서 추징조항에 취득일로부터 1년 이내에 직접 사용하지 아니할 경우 추징한다고만 규정하고 있어 1년이 경과되는 시점에 사용만 하고 있으면 취득세 등의 과세면제 조건은 충족되었다고 보아야 할 것이므로 청구인이 이건 공장을 취득한 후 2개월 14일만에 공장등록을 마치고 9개월이상 직접 사용해 오다가 취득일로부터 1년이 다된 1997.6.13. 이건 공장의 일부인 이건 쟁점공장을 청구외 ㅇㅇㅇ에게 임대(전세금 11,000,000원)한 사실은 제출된 전세계약서에서 알 수 있으나, 그 임차인이 이건 쟁점공장에 사실상 입주한 날이 1997.7.1.임이 공단관리소장(ㅇㅇㅇ)의 입주확인서 및 공단경비근무일지, 전세금(잔금)입금표 등에서 입증되고 있는 이상, 이건 공장을 취득한 후 1년이 경과되는 시점(1997.6.25)에는 청구인이 직접 사용하고 있었던 것으로 보아야 할 것이므로 면제된 취득세 등을 추징할 수 없다 할 것이며, 설령, 이건 쟁점공장의 임대일을 계약서상 명도일(1997.6.13.)로 본다 하더라도 자금압박 등 경영정상화를 위하여 공장의 일부를 임대한 점, 임대한 시점이 취득일로부터 1년에서 12일이 부족한 점, 임대후에도 임차인에 의해 같은 목적으로 계속하여 사용되고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 이건 쟁점 공장은 1년 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기에 족하다 할 것인데도 처분청이 이건 쟁점공장을 1년 이내에 임대하였다는 사유만을 들어 과세면제한 취득세 등을 추징고지한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 9. 30. 행 정 자 치 부 장 관