[주 문] 처분청이 1998.6.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 90,510,040원, 등록세15,426,940원, 교육세 3,085,380원, 합계 109,022,360원(가산세 포함)중 취득세 90,510,040원(가산세 포함)은 취득세(가산세) 341,950원을 감액한 취득세 90,168,090원으로 경정하고 나머지 청구는 이를 기각하며, 같은날 청구인에게 부과 고지한 재산세 456,000원, 도시계획세 213,970원, 공동시설세 348,190원, 교육세 91,250원, 합계 1,109,410원에 관한 심사청구는 이를 각하한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1992.5.25. 업무용 건물을 건축하기 위하여ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지대지면적 424.3㎡(이하 “전체토지”라 한다)를 취득한 후 1993.4.19. 전체 토지상에 건축물을 착공하여 1993.11.25. 지하1층, 지상7층의 건축물(연면적 2,021.27㎡, 이하 “전체 건축물”이라 한다)을 준공·취득한 후 같은해 11.30.부터 전체 건축물의 2,3,4,6층(총면적 1,151.37㎡)을 임대하고 1995.6.8.부터 7층 면적 290.62㎡을 골프연습장으로 사용하였으므로 전체 건축물중 고유업무에 사용하지 않은 2,3,4,6,7층 1,441.99㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)의 부속토지를 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조의3 및 같은법시행령(1993.12.31. 대통령령 제1404호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제4항제7호의 규정에 의거 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 88,458,330원, 등록세 14,743,050원, 교육세 2,948,610원, 합계 106,149,960원(가산세 포함) 및 이건 건축물에 대하여 기 감면된 취득세 2,051,710원, 등록세 683,890원, 교육세 136,790원, 합계 2,872,380원(가산세 포함)을 추징부과 하고 또한, 이건 건축물중 7층 골프연습장 사용에 대한 재산세 등 1,109,410원을 1998.6.10. 각각 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ㅇㅇ금고법에 의하여 설립된 법인으로서 1992.5.25. 이건 토지를 취득하여 1993.11.25. 동 지상에 전체 건축물을 신축·취득한 후 그중 일부를 임대하였는바, 첫째, 전체 건축물의 연면적의 52%를 업무용으로 직접 사용하고 있으므로 구지방세법시행령 제84조의4제4항제7호에 의한 법인의 비업무용토지에 해당하지 않으며, 둘째, 이건 토지의 취득일이 1992.5.25.이므로 이건 토지에 대한 부과의 제척기간은 1997.5.24.이므로 그 기간이 경과된 뒤에 부과 고지한 이건 취득세 등 부과처분은 위법 부당하고, 세째, 청구인의 목적사업을 위하여 건물을 임대한 것은 비영리법인이 고유의 업무를 수행함에 필요한 경비를 마련할 목적으로 수익사업을 영위하는 것이므로 그 부속토지를 법인의 비업무용토지로 볼 수 없으며, 네째, 과세대상물건이 법인의 비업무용토지가 되거나 비과세 감면대상 물건이 추징대상이 되는 경우 신고납부하도록 한 규정이 1995년부터 신설되었으므로 그 이전에 취득한 이건 토지와 건축물에 대한 가산세 부과처분은 부당하고, 다섯째, 이건 건축물중 7층의 골프연습장은 회원편익시설로서 청구인 고유업무에 사용한 것이므로 재산세 등을 추징부과한 처분이 부당하다고 주장하며 이건 처분의 취소 또는 경정을 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 이건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당하는지 여부와 부과의 제척기간 경과 여부 및 가산세 부과 처분이 적법한지 여부등에 관한 다툼이라 하겠다.
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제30조의4(부과의 제척기간) 제1항에서 “지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간(...) 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고, 같은법시행령 제14조의2(제척기간의 기산일) 제2항에서 “다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로한다”라고 규정한 다음 그 제3호에서 “비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날”이라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제110조의3(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것)제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(...)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정한 다음 그 제11호에서 “ㅇㅇ금고법에 의하여 설립된 ㅇㅇ금고”라고 규정하고, 구같은법 제112조제2항(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것)에서 “대통령령으로 정하는(...) 법인의 비업무용 토지...를 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다”라고 규정하고 있으며, 구같은법시행령 제84조의4(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것)제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다”라고 규정한 다음 그 제7호(1993.12.31. 대통령령 제1404호로 개정되기 전의 것)에서 “법인이 직접 사용하기 위하여 취득한 건축물로서 취득한 날로부터 1년이내에 당해법인이 직접 사용하는 부분(생략)의 연면적이 그 건축물의 연면적의 100분의 50이상이 되는 경우(생략)에는 당해 건축물의 부속토지와 법인이 직접 사용하는 연면적이 그 건축물의 연면적의 100분의 50에 미달하는 경우에는 그 건축물의 연면적에 대한 사용면적의 비율에 해당하는 건축물의 부속토지”라고 규정하고 구지방세법 제112조의3(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것)에서 “법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해토지가 그 법인의 비업무용토지가 된 경우(...)에는 제112조제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다”라고 규정하고 있으며, 구같은법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제128조의2(과세면제) 제1항에서 “제110조의3제1항 각호의 법인의 재산권 기타 권리에 대한 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정하고 구같은법 제120조(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 단서규정에서 “취득세 과세물건을 취득한 후에 당해 과세물건이 제112조제2항... 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날로부터 30일 이내에 제112조제2항...의 규정에 의한 세율을 적용하여 산정한 세액에서 이미 자진신고 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 자진신고 납부하여야 한다”라고 규정하고 있으며 구같은법시행령(1993.12.31. 대통령령 제1404호로 개정되기 전의 것) 제86조의3제1호제4목에서 “법인의 비업무용토지는 사실상 그 법인의 비업무용토지가 된 날” 이라고 규정하고 같은법 제120조제3항(1994.12.22. 법률 제4794호로 신설)에서 “이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액(...)을 신고납부하여야 한다“라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1992.5.25. 전체토지를 취득하고 1993.11.25. 당해토지상에 전체 건축물을 준공 취득한 후 전체 건축물 연면적의 100분의 50이상을 직접 사용하지 아니하므로 이건 건축물의 부속토지에 대하여 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세하고 이미 감면받은 이건 건축물에 대하여 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 전체 건축물을 1993.11.25. 신축 취득후 당해 건축물의 52%를 직접 사용하였으며 이건 토지의 취득일로부터 5년이 경과하여 부과의 제척기간이 경과되었고 이건 토지의 취득시점에서 가산세를 부과할 수 있는 규정이 없었으므로 가산세를 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제112조제2항, 구같은법 제112조의3, 구같은법시행령 제84조의4제4항을 종합해보면 법인이 직접 사용하기 위하여 건축물을 취득한 후 5년 이내에 그 건축물의 직접 사용하는 연면적이 그 건축물의 연면적의 100분의 50에 미달하는 경우에는 그 건축물의 연면적에 대한 직접 사용하지 않는 면적의 비율에 해당하는 부속토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과하도록 하고 있는 바, 첫째, 청구인은 전체 건축물 총면적의 52%(1,053.835㎡)를 직접 사용하였으므로 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구인이 1993.11.30. 임대에 공한 2,3,4,6층의 전용면적과 지하주차장, 기계실의 공용면적을 안분하여 합산한 면적이 총 1,151.369㎡로서 전체 건축물 연면적의 56.96%를 차지하고 있음이 제출된 임대계약서에서 확인되고 있으며 또한, 1995.6.8. 이건 건축물 7층 회의실을 골프연습장으로 용도를 변경함으로써 청구인이 고유업무에 직접 사용하지 않는 면적이 총 1,441.99㎡로서 전체 건축물 연면적의 71.34%를 차지하게 되었으므로 이건 건축물의 부속토지가 법인의 비업무용토지에 해당되지 않는다는 청구인의 주장은 이유없다 할 것이고, 둘째, 이건 토지에 대한 부과의 제척기간(5년)이 경과되어 토지분 취득세 부과처분이 위법 부당하다고 주장하나, 지방세법 제30조의4제3호 및 구같은법 제120조, 구같은법시행령 제86조의3제1호 규정에 따라 법인의 비업무용토지로서 이건 토지에 대한 취득세 등을 부과 할 수 있는 날은 이건 건축물을 임대한 1993.11.30.부터 30일이 경과한 1993.12.31.이므로 이 날로부터 5년 이내에 부과한 이건 토지에 대한 취득세 등 부과 처분은 적법하다 할 것이며, 세째, 이건 건축물의 일부를 임대한 것은 구지방세법시행령 제84조의4제4항제1호 규정에 따라 수익사업으로 보아 법인의 비업무용토지에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구인의 경우에는 지방세법시행령 제79조에서 정한 비영리사업자의 범위에 포함되지 않으므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없겠고, 네째, 이건 토지와 건축물에 대한 취득세 가산세 부과처분은 1995년부터 시행된 신고납부의무 규정을 소급하여 적용한 것이므로 이를 취소하여야 한다는 주장에 대하여는 먼저, 이건 토지에 대한 중과세 추징은 이건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당하여 취득세를 추징할 수 있는 시점인 1993.12.31. 현재 시행되던 구지방세법 제120조 및 구같은법시행령 제86조의3규정에 따라 가산세를 포함하여 부과한 것으로서 그 처분이 적법하다 할 것이나, 이건 건축물에 대하여 기 감면받은 일반 취득세를 추징하면서 가산세를 포함하여 부과한 처분은 취득세등을 감면받은 후에 추징대상이 된 이건 건축물에 대한 추징조항(지방세법 제120조제3항)이 1994.12.22. 신설되어 1995.1.1. 이후부터 가산세를 부과할 수 있는 규정임에도 1995.1.1.이전에 취득한 이건 건축물에 대한 취득세를 추징하면서 위의 규정을 적용하여 가산세를 포함하여 부과한 처분은 법률불소급의 원칙에 위배된다고 보아 이건 건축물에 대한 취득세중 가산세에 해당하는 341,950원은 감액하여야 할 것이며, 마지막으로 이건 건축물의 7층에 대한 재산세 등 추징부과 처분이 부당하다는 주장에 대하여는 이건 재산세등 부과처분이 과세전적부심사결정이나 이의신청결정을 거치지 아니하고 바로 심사청구가 제기된 것으로서 본안 심의대상으로 볼 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 8. 31. 행 정 자 치 부 장 관