[요지] 연간 임대수입금액이 그 토지가액의 3%에 미달한다 하더라도 정당한 사유가 있으므로 청구인의 특성, 취득경위 등을 고려하지 아니하고 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 잘못임
[요지] 연간 임대수입금액이 그 토지가액의 3%에 미달한다 하더라도 정당한 사유가 있으므로 청구인의 특성, 취득경위 등을 고려하지 아니하고 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 잘못임
[주 문] 이 유
1. 원처분의 요지 처분청은 장학재단인 청구인이 1996.4.20.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 대지 1,375㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 2,347.87㎡(지하1층, 지상6층, 이하 이건 토지와 합하여 “이건 부동산”이라 한다)를 증여로 취득하였으므로 지방세법 제290조제1항제18호의 규정에 의하여 취득세 등을 과세면제하였으나, 이건 부동산중 일부를 임대하였으므로 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 건축물 면적 1,713.87㎡에 대하여 안분계산한 시가표준액(425,036,748원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항과 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 10,200,870원, 농어촌특별세 935,070원, 등록세 7,650,660원, 교육세 1,402,620원, 합계 20,189,220원(가산세 포함)과 이건 토지중 임대용에 사용하고 있는 토지 1,003.7㎡(이하 “이건 쟁점토지”라 한다)는 수익사업에 사용하고 있으며, 그 연간 임대수입금액이 법인 장부가액의 100분의 3에 미달하므로 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 그 시가표준액(501,850,000원)에 지방세법 제112조제2항 및 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 90,333,000원, 농어촌특별세 8,280,520원, 등록세 9,033,300원, 교육세 1,656,100원, 합계 109,302,920원(가산세 포함)을 합산한 취득세 100,533,870원, 농어촌특별세 9,215,590원, 등록세 16,683,960원, 교육세 3,058,720원, 합계 129,492,140원(가산세 포함)을 1998.1.9. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1985.5.10. 어려운 환경속에서도 열심히 공부하는 모범학생들에 대한 학비보조 사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 장학재단으로서 기존의 기본재산으로는 장학사업의 실효성에 한계를 느껴 안정적인 장학금 수입원을 확보하고자 1996.6.24. 청구인의 이사장으로 재직하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ과 청구외 ㅇㅇㅇ의 자인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인이 공동으로 소유하고 있던 이건 부동산을 증여로 취득한 것으로 이건 부동산은 청구인이 취득하기 이전에 이미 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인이 청구외 ㅇㅇㅇ 외 6인에게 임대하여 임차인들이 식당, 꽃집, 여관 등으로 사용하고 있었으며, 이건 부동산을 청구인이 취득하게 됨에 따라 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인과 각각 임대차기간을 1년 혹은 2년으로 하여 임대차계약을 갱신 체결하였고, 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 부분의 연간 임대수입금액은 35,864,000원(임대보증금 4,000,000원×4/10,000×365 + 월임대료 2,940,000원×12월)이고, 이러한 임대수입금액을 토지와 건물가액에 따라 안분하면 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액은 19,418,066원이 되며, 이건 토지는 증여로 취득하였으므로 그 취득가액은 취득 당시의 시가표준액(510,850,000원)이 되고, 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 이건 쟁점토지의 취득가액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액(15,055,500원)을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 임대수입금액을 계산함에 있어서 법인세법 기본통칙 2-11-5...17에서 “임차인이 임차자산을 개수하는 조건으로 저렴한 요율로 건물을 임차한 경우 임차인이 임대차계약에 의하여 부담한 건물 개수비는 임대인의 임대수입에 해당한다”라고 하고 있음에 비추어 청구인도 저율의 임대료를 받는 대신 임차인이 비용을 부담하고 설치한 시설 등에 대하여 임대계약 만료후 일체의 권리가 청구인에게 귀속되도록 임대차계약을 체결하였으므로 이건 부동산의 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ외 6인이 부담한 시설투자비 총액(362,613,657원)도 임대기간에 따라 안분하여 연간 임대수입금액에 포함하여야 하고, 이렇게 안분한 시설투자비를 당초 계산한 임대수입금액에 포함하면 이건 쟁점토지의 취득가액의 100분의 3을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 이건 부동산의 취득 경위 등을 고려할 때 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 임대용 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가.먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제111조제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다... ”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “토지에 대한 시가표준액은 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(...)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제5항에서 “다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제1항에서 “취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용 토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “지방세법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(...)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지... ”라고 규정하고, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “내무부령이 정하는 부동산임대용으로 취득한 토지로서 다음 각목의 1에 해당하는 토지”라고 규정하고서, 나목에서 “부동산임대업을 주업으로 하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 내무부령으로 정하는 방법에 의하여 산정한 당해 토지의 1년간 임대수입 금액이 당해 토지가액의 100분의 3에 미달하는 토지... ”라고 규정하고, 다목에서 “부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우의 당해 지상정착물의 부속토지와 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하는 경우로서 임대용에 공한 지상정착물의 부속토지가 나목에 해당하는 경우의 당해 토지...”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행규칙 제46조의4에서 “영제84조의4제3항제1호나목의 규정에 의한 대상토지·토지가액·임대수입금액의 계산 등은 다음 각호의 1에 정하는 바에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “대상토지: 임대용에 공하고 있는 토지를 대상으로 하되, 매필지별(...)로 적용한다”라고 규정하고, 그 제3호가목에서 “토지의 가액은 당해 법인의 장부가액으로 한다... ”라고 규정하고 있고, 그 제4호나목에서 “임대기간에 따라 임대료를 징수하는 경우에는 임대일수에 해당하는 금액을 임대금액(임대차계약상으로 보아 수입되어야 할 미수금액을 포함한다)으로 하며, 보증금을 따로 징수한 때에는 가목의 규정에 의하여 산출한 수입금액을 가산한 것을 수입금액으로 한다”라고 규정하고, 다목에서 “지상건축물이 있는 토지에 대한 임대수입금액은 건축물 및 그 부속토지에 대한 임대수입금액 총액에 그 건축물의 가액과 그 부속토지의 가액(제3호의 규정을 준용하여 계산한 가액을 말한다)을 합산한 총가액에 대한 토지가액의 비율을 곱하여 산출한 금액으로 한다”라고 규정하고, 라목에서 “임대수입금액의 계산기간이 365일에 미달하는경우(...)에는 다음 산식에 의하여 산정한 금액을 임대수입금액으로 한다: 임대수입금액 = 임대수입금액/임대일수 × 365”라고 규정하고 있고, 구지방세법 제131조제1항에서 “부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산 가액의 100분의 15...”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제290조제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제... 한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제18호에서 “정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는... 장학단체... ”라고 규정하고 있다.
1998. 7. 29. 행 정 자 치 부 장 관 (제 2 안) 제98-361호 결 정 서 위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 1998년 6월 1일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다. 주 문
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 장학재단인 청구인이 1996.4.20.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 대지 1,375㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 2,347.87㎡(지하1층, 지상6층, 이하 이건 토지와 합하여 “이건 부동산”이라 한다)를 증여로 취득하였으므로 지방세법 제290조제1항제18호의 규정에 의하여 취득세 등을 과세면제하였으나, 이건 부동산중 일부를 임대하였으므로 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 건축물 면적 1,713.87㎡에 대하여 안분계산한 시가표준액(425,036,748원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항과 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 10,200,870원, 농어촌특별세 935,070원, 등록세 7,650,660원, 교육세 1,402,620원, 합계 20,189,220원(가산세 포함)과 이건 토지중 임대용에 사용하고 있는 토지 1,003.7㎡(이하 “이건 쟁점토지”라 한다)는 수익사업에 사용하고 있으며, 그 연간 임대수입금액이 법인 장부가액의 100분의 3에 미달하므로 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 그 시가표준액(501,850,000원)에 지방세법 제112조제2항 및 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 90,333,000원, 농어촌특별세 8,280,520원, 등록세 9,033,300원, 교육세 1,656,100원, 합계 109,302,920원(가산세 포함)을 합산한 취득세 100,533,870원, 농어촌특별세 9,215,590원, 등록세 16,683,960원, 교육세 3,058,720원, 합계 129,492,140원(가산세 포함)을 1998.1.9. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1985.5.10. 어려운 환경속에서도 열심히 공부하는 모범학생들에 대한 학비보조 사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 장학재단으로서 기존의 기본재산으로는 장학사업의 실효성에 한계를 느껴 안정적인 장학금 수입원을 확보하고자 1996.6.24. 청구인의 이사장으로 재직하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ과 청구외 ㅇㅇㅇ의 자인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인이 공동으로 소유하고 있던 이건 부동산을 증여로 취득한 것으로 이건 부동산은 청구인이 취득하기 이전에 이미 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인이 청구외 ㅇㅇㅇ 외 6인에게 임대하여 임차인들이 식당, 꽃집, 여관 등으로 사용하고 있었으며, 이건 부동산을 청구인이 취득하게 됨에 따라 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인과 각각 임대차기간을 1년 혹은 2년으로 하여 임대차계약을 갱신 체결하였고, 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 부분의 연간 임대수입금액은 35,864,000원(임대보증금 4,000,000원×4/10,000×365 + 월임대료 2,940,000원×12월)이고, 이러한 임대수입금액을 토지와 건물가액에 따라 안분하면 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액은 19,418,066원이 되며, 이건 토지는 증여로 취득하였으므로 그 취득가액은 취득 당시의 시가표준액(510,850,000원)이 되고, 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 이건 쟁점토지의 취득가액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액(15,055,500원)을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 임대수입금액을 계산함에 있어서 법인세법 기본통칙 2-11-5...17에서 “임차인이 임차자산을 개수하는 조건으로 저렴한 요율로 건물을 임차한 경우 임차인이 임대차계약에 의하여 부담한 건물 개수비는 임대인의 임대수입에 해당한다”라고 하고 있음에 비추어 청구인도 저율의 임대료를 받는 대신 임차인이 비용을 부담하고 설치한 시설 등에 대하여 임대계약 만료후 일체의 권리가 청구인에게 귀속되도록 임대차계약을 체결하였으므로 이건 부동산의 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ외 6인이 부담한 시설투자비 총액(362,613,657원)도 임대기간에 따라 안분하여 연간 임대수입금액에 포함하여야 하고, 이렇게 안분한 시설투자비를 당초 계산한 임대수입금액에 포함하면 이건 쟁점토지의 취득가액의 100분의 3을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 이건 부동산의 취득 경위 등을 고려할 때 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 임대용 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가.먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제111조제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다... ”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “토지에 대한 시가표준액은 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(...)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제5항에서 “다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제1항에서 “취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용 토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “지방세법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(...)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지... ”라고 규정하고, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “내무부령이 정하는 부동산임대용으로 취득한 토지로서 다음 각목의 1에 해당하는 토지”라고 규정하고서, 나목에서 “부동산임대업을 주업으로 하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 내무부령으로 정하는 방법에 의하여 산정한 당해 토지의 1년간 임대수입 금액이 당해 토지가액의 100분의 3에 미달하는 토지... ”라고 규정하고, 다목에서 “부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우의 당해 지상정착물의 부속토지와 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하는 경우로서 임대용에 공한 지상정착물의 부속토지가 나목에 해당하는 경우의 당해 토지...”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행규칙 제46조의4에서 “영제84조의4제3항제1호나목의 규정에 의한 대상토지·토지가액·임대수입금액의 계산 등은 다음 각호의 1에 정하는 바에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “대상토지: 임대용에 공하고 있는 토지를 대상으로 하되, 매필지별(...)로 적용한다”라고 규정하고, 그 제3호가목에서 “토지의 가액은 당해 법인의 장부가액으로 한다... ”라고 규정하고 있고, 그 제4호나목에서 “임대기간에 따라 임대료를 징수하는 경우에는 임대일수에 해당하는 금액을 임대금액(임대차계약상으로 보아 수입되어야 할 미수금액을 포함한다)으로 하며, 보증금을 따로 징수한 때에는 가목의 규정에 의하여 산출한 수입금액을 가산한 것을 수입금액으로 한다”라고 규정하고, 다목에서 “지상건축물이 있는 토지에 대한 임대수입금액은 건축물 및 그 부속토지에 대한 임대수입금액 총액에 그 건축물의 가액과 그 부속토지의 가액(제3호의 규정을 준용하여 계산한 가액을 말한다)을 합산한 총가액에 대한 토지가액의 비율을 곱하여 산출한 금액으로 한다”라고 규정하고, 라목에서 “임대수입금액의 계산기간이 365일에 미달하는경우(...)에는 다음 산식에 의하여 산정한 금액을 임대수입금액으로 한다: 임대수입금액 = 임대수입금액/임대일수 × 365”라고 규정하고 있고, 구지방세법 제131조제1항에서 “부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산 가액의 100분의 15...”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제290조제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제... 한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제18호에서 “정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는... 장학단체... ”라고 규정하고 있다.
1998. 7. 29. 행 정 자 치 부 장 관 (제 2 안) 제98-361호 결 정 서 위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 1998년 6월 1일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다. 주 문 청구인의 심사청구는 이를 기각한다. 이 유
1. 원처분의 요지 처분청은 장학재단인 청구인이 1996.4.20.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 대지 1,375㎡(이하 “이건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 2,347.87㎡(지하1층, 지상6층, 이하 이건 토지와 합하여 “이건 부동산”이라 한다)를 증여로 취득하였으므로 지방세법 제290조제1항제18호의 규정에 의하여 취득세 등을 과세면제하였으나, 이건 부동산중 일부를 임대하였으므로 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 건축물 면적 1,713.87㎡에 대하여 안분계산한 시가표준액(425,036,748원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항과 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 10,200,870원, 농어촌특별세 935,070원, 등록세 7,650,660원, 교육세 1,402,620원, 합계 20,189,220원(가산세 포함)과 이건 토지중 임대용에 사용하고 있는 토지 1,003.7㎡(이하 “이건 쟁점토지”라 한다)는 수익사업에 사용하고 있으며, 그 연간 임대수입금액이 법인 장부가액의 100분의 3에 미달하므로 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 그 시가표준액(501,850,000원)에 지방세법 제112조제2항 및 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 90,333,000원, 농어촌특별세 8,280,520원, 등록세 9,033,300원, 교육세 1,656,100원, 합계 109,302,920원(가산세 포함)을 합산한 취득세 100,533,870원, 농어촌특별세 9,215,590원, 등록세 16,683,960원, 교육세 3,058,720원, 합계 129,492,140원(가산세 포함)을 1998.1.9. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1985.5.10. 어려운 환경속에서도 열심히 공부하는 모범학생들에 대한 학비보조 사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 장학재단으로서 기존의 기본재산으로는 장학사업의 실효성에 한계를 느껴 안정적인 장학금 수입원을 확보하고자 1996.6.24. 청구인의 이사장으로 재직하고 있는 청구외 ㅇㅇㅇ과 청구외 ㅇㅇㅇ의 자인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인이 공동으로 소유하고 있던 이건 부동산을 증여로 취득한 것으로 이건 부동산은 청구인이 취득하기 이전에 이미 청구외 ㅇㅇㅇ 외 2인이 청구외 ㅇㅇㅇ 외 6인에게 임대하여 임차인들이 식당, 꽃집, 여관 등으로 사용하고 있었으며, 이건 부동산을 청구인이 취득하게 됨에 따라 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인과 각각 임대차기간을 1년 혹은 2년으로 하여 임대차계약을 갱신 체결하였고, 이건 부동산중 임대용에 사용하고 있는 부분의 연간 임대수입금액은 35,864,000원(임대보증금 4,000,000원×4/10,000×365 + 월임대료 2,940,000원×12월)이고, 이러한 임대수입금액을 토지와 건물가액에 따라 안분하면 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액은 19,418,066원이 되며, 이건 토지는 증여로 취득하였으므로 그 취득가액은 취득 당시의 시가표준액(510,850,000원)이 되고, 이건 쟁점토지의 연간 임대수입금액이 이건 토지의 취득가액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액(15,055,500원)을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 임대수입금액을 계산함에 있어서 법인세법 기본통칙 2-11-5...17에서 “임차인이 임차자산을 개수하는 조건으로 저렴한 요율로 건물을 임차한 경우 임차인이 임대차계약에 의하여 부담한 건물 개수비는 임대인의 임대수입에 해당한다”라고 하고 있음에 비추어 청구인도 저율의 임대로를 받는 대신 임차인이 비용을 부담하고 설치한 시설 등에 대하여 임대계약 만료후 일체의 권리가 청구인에게 귀속되도록 임대차계약을 체결하였으므로 이건 부동산의 임차인인 청구외 ㅇㅇㅇ외 6인이 부담한 시설투자비 총액(362,613,657원)도 임대기간에 따라 안분하여 연간 임대수입금액에 포함하여야 하고, 이렇게 안분한 시설투자비를 당초 계산한 임대수입금액에 포함하면 이건 쟁점토지의 취득가액의 100분의 3을 초과하므로 법인의 비업무용 토지에 해당하지 아니하며, 또한 이건 부동산의 취득 경위 등을 고려할 때 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 임대용 부동산에 대하여 과세면제한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가.먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제111조제1항에서 “취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다... ”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “토지에 대한 시가표준액은 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(...)에 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제5항에서 “다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득”이라고 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제1항에서 “취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용 토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다... ”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “지방세법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(...)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지... ”라고 규정하고, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “내무부령이 정하는 부동산임대용으로 취득한 토지로서 다음 각목의 1에 해당하는 토지”라고 규정하고서, 나목에서 “부동산임대업을 주업으로 하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 내무부령으로 정하는 방법에 의하여 산정한 당해 토지의 1년간 임대수입 금액이 당해 토지가액의 100분의 3에 미달하는 토지... ”라고 규정하고, 다목에서 “부동산임대업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 지상정착물이 있는 토지를 임대한 경우로서 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우의 당해 지상정착물의 부속토지와 당해 법인이 그 지상정착물 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하는 경우로서 임대용에 공한 지상정착물의 부속토지가 나목에 해당하는 경우의 당해 토지...”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행규칙 제46조의4에서 “영제84조의4제3항제1호나목의 규정에 의한 대상토지·토지가액·임대수입금액의 계산 등은 다음 각호의 1에 정하는 바에 의한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “대상토지: 임대용에 공하고 있는 토지를 대상으로 하되, 매필지별(...)로 적용한다”라고 규정하고, 그 제3호가목에서 “토지의 가액은 당해 법인의 장부가액으로 한다... ”라고 규정하고 있고, 그 제4호나목에서 “임대기간에 따라 임대료를 징수하는 경우에는 임대일수에 해당하는 금액을 임대금액(임대차계약상으로 보아 수입되어야 할 미수금액을 포함한다)으로 하며, 보증금을 따로 징수한 때에는 가목의 규정에 의하여 산출한 수입금액을 가산한 것을 수입금액으로 한다”라고 규정하고, 다목에서 “지상건축물이 있는 토지에 대한 임대수입금액은 건축물 및 그 부속토지에 대한 임대수입금액 총액에 그 건축물의 가액과 그 부속토지의 가액(제3호의 규정을 준용하여 계산한 가액을 말한다)을 합산한 총가액에 대한 토지가액의 비율을 곱하여 산출한 금액으로 한다”라고 규정하고, 라목에서 “임대수입금액의 계산기간이 365일에 미달하는경우(...)에는 다음 산식에 의하여 산정한 금액을 임대수입금액으로 한다: 임대수입금액 = 임대수입금액/임대일수 × 365”라고 규정하고 있고, 구지방세법 제131조제1항에서 “부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산 가액의 100분의 15...”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제290조제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제... 한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제18호에서 “정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립되거나 그 적용을 받는... 장학단체... ”라고 규정하고 있다.
1998. 7. 29. 행 정 자 치 부 장 관