ㅇㅇ조합이 부동산을 취득한 후 1년이내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 1992.4.27. 설립된 청구인이 1996.10.18. 취득(1996.12.17. 등기)한ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지상의 건축물 609.5㎡(이하 “이건 건물”이라 한다) 및 그 부속토지 330.6㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)에 대하여 지방세법 제290조제2항제9호의 규정에 의거 취득세와 등록세 등을 과세 면제하였으나, 이건 부동산중 2층 304.31㎡(이중 등기된 부분은 33.06㎡임, 이하 “이건 쟁점부동산”이라 한다)를 청구외 ㅇㅇ교회에 임대하여 임차인이 이를 종교용에 사용하고 있으므로 취득세와 등록세 등 추징대상에 해당됨은 물론 대도시내 법인 설립후 5년이내에 취득하는 부동산 등기에 해당된다고 보아 이건 쟁점 부동산의 취득가액(취득세: 998,600,000원, 등록세: 645,200,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항의 일반세율 및 제138조제1항의 중과세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 19,972,000원, 농어촌특별세 3,994,400원, 등록세 116,136,000원, 교육세 21,291,600원, 합계 161,394,000원(가산세 포함)을 1998.1.13. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은ㅇㅇ조합법에 의하여 1992.4.7. 설립된 비영리법인(청구외 ㅇㅇ교회와 ㅇㅇ교회에 등록된 교인들로 하여 조합을 설립)으로서 이건 부동산을 청구외 ㅇㅇㅇ외 4인으로부터 1996.10.18. 취득(1996.12.17. 등기)하였으나, 이건 부동산을 취득하기 전인 1996.1월에 청구외 ㅇㅇ교회에서 교회와 연접한 이건 건물을 2억원을 들여 수리하기로 건물주인 청구외 ㅇㅇㅇ외 4인과 계약을 체결하면서 2층 건물을 청구외 ㅇㅇ교회에서 10년간 예배당으로 사용(전소유자는 1층 사용)하기로 하고 수리비는 월 170만원씩 차감되는 것으로 하며, 교회의 동의없이 이건 부동산을 매매할 수 없도록 하고 부득이 매매할 경우에는 본 계약이 최대한 이행될 수 있도록 하는 조건으로 계약을 체결하고 이건 건물의 2층을 사용해 오다가 건물주인 청구외 ㅇㅇㅇ외 4인이 개인적인 자금사정으로 제3자에게 이건 부동산을 매도하겠다고 청구외 ㅇㅇ교회에 알려왔으나, 청구외 ㅇㅇ교회에서 이건 부동산을 매수할 자금여력이 없고, 청구인의 경우 조합원수 증가로 기존 장소가 협소하여 이전하려고 하여도 주사무소 소재지로부터 100m이내나 동일 행정동 이내로 한정되어 있어 이건 부동산이 제3자에게 매각될 경우 청구인이 고유업무에 사용할 장소를 구하기가 어려울 뿐만 아니라, 이건 토지 일대가 공유지분으로 되어 있어 나중에 재개발사업을 시행할 수 밖에 없는 실정이고, 재개발사업을 시행하여도 청구외 ㅇㅇ교회와 인접하여 있어야만 목적사업을 수행할 수 있으므로 부득이 이건 부동산을 매입하였으나, 청구외 ㅇㅇ교회에서 청구인이 이건 부동산을 취득하기 전부터 2억원의 건물 수리비 조건으로 이건 건물의 2층에 대한 사용권을 획득하고 있어 청구외 ㅇㅇ교회와 특수관계에 있는 청구인으로서는 계약기간 10년중 남은 잔여기간 동안 청구외 ㅇㅇ교회에 건물의 사용권을 인정할 수 밖에 없었던 정당한 사유가 있으며, 또한 청구인의 경우 예배보는 날(수, 금, 일요일)을 제외한 날에는 이건 건물의 2층을 조합원의 꽃꽃이 교실, 예식장, 회의장 등으로 사용하여 왔으므로 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는데도 이건 쟁점 부동산에 대하여 과세면제된 취득세와 등록세 등을 추징하고, 대도시내 법인 설립후 5년이내에 취득하는 부동산 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는ㅇㅇ조합이 부동산을 취득한 후 1년이내 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

• 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제290조제2항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제9호에서 “신용협동조합법에 의하여 설립된ㅇㅇ조합(연합회 및 중앙회을 제외한다)”이라고 규정하고 있으며, 지방세법 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율(1,000분의 30)의 5배로 한다...”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치...에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기”라고 규정하고, 지방세법시행령 제102조제2항에서 “법 제138조제1항제3호에서 ‘법인의 설립과 지점...설치 및...전입에 따른 부동산 등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(...) 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다...”라고 각각 규정하고 있다.
• 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 이건 부동산을 취득한데 대하여 취득세와 등록세 등을 과세 면제하였으나, 이건 쟁점부동산을 청구외 ㅇㅇ교회에 임대하여 임차인이 이를 종교용에 사용하고 있으므로 과세면제된 취득세 등 추징대상이 됨은 물론 대도시내 법인 설립 후 5년이내에 취득하는 부동산 등기에 해당된다고 보아 취득세와 등록세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 부동산을 취득하였으나, 그전에 청구외 ㅇㅇ교회가 건물 수리비조건으로 10년간 이건 쟁점 부동산에 대한 사용권을 획득하고 있어 청구외 ㅇㅇ교회의 교인들로 하여 설립된 청구인으로서는 남은 잔여기간동안 사용권을 인정할 수 밖에 없었던 정당한 사유가 있고 또한 예배보는 날을 제외한 날에는 청구인이 이건 쟁점 부동산을 조합원의 꽃꽂이 교실, 예식장, 회의장소 등으로 사용해 왔으므로 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는데도 과세면제된 취득세 등을 추징하고 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제290조제2항제9호에서ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된ㅇㅇ조합이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고, 지방세법 제138조제1항제3호 및 지방세법시행령제102조제2항에서 대도시내에서 법인 설립이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정하고 있는 바, 위 규정에서의『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 뜻한다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26, 92누8750)할 것이므로, 청구인의 경우를 살펴보면 청구인이 이건 부동산을 취득(1996.10.18)하기 전부터 청구외 ㅇㅇ교회에서 건물수리비 조건으로 10년간 전소유자로부터 이건 쟁점부동산에 대한 사용권을 획득하여 종교용에 사용해 오고 있었으므로 이를 해결하지 않을 경우 이건 쟁점부동산을 사실상 사용할 수 없다는 장애사실을 알고 있었음에도 이를 해소하기 위하여 별다른 노력을 하지 아니하였고, 이건 토지를 취득한 이후에도 별다른 노력을 다하지 아니하고 있다가 단지, 청구외 ㅇㅇ교회가 청구인과 특수관계에 있다는 이유만으로 1996.10.1. 청구외 ㅇㅇ교회와 이건 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 체결하여 청구외 ㅇㅇ교회에서 이건 쟁점 부동산을 종교용에 사용해 오고 있는 이상, 이는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되지 아니한다 하겠으므로 청구인이 10년 잔여기간중 남은 잔여기간 동안 이건 쟁점부동산에 대한 청구외 ㅇㅇ교회의 사용권을 인정할 수 밖에 없었던 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠고, 또한 청구인의 경우 예배보는 날을 제외한 날에 이건 쟁점부동산을 조합원의 꽃꽂이 교실, 예식장, 회의장소 등으로 일시적으로 사용하고 있더라도 청구인과 청구외 ㅇㅇ교회는 별개의 법인으로서 청구외 ㅇㅇ교회에서 1996.10.1. 이건 쟁점부동산을 청구인으로부터 임차하여 종교용에 사용해 오고 있는 이상, 청구인이 이건 쟁점부동산을 고유업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없으므로 처분청이 이건 쟁점부동산에 대하여 과세면제된 취득세와 등록세 등을 추징하고 나아가 대도시내 법인설립 후 5년이내에 취득하는 부동산 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분은 적법하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 7. 29. 행 정 자 치 부 장 관