ㅇㅇ협동조합이 사무실을 신축할 목적으로 취득한 토지를 1년이내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1998.1.9. 청구인으로부터 수납하여 징수결정한 취득세 16,000,000원, 농어촌특별세 1,600,000원, 등록세 24,000,000원, 교육세 4,800,000원, 합계 46,400,000원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 사무실을 신축할 목적으로 1996.12.11.ㅇㅇ도ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지외 3필지 토지 803㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한데 대하여 취득세 및 등록세를 과세 면제하였으나, 이건 토지 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지의 취득가액(800,000,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 16,000,000원, 농어촌특별세 1,600,000원, 등록세 24,000,000원, 교육세 4,800,000원, 합계 46,400,000원을 1998.1.9. 신고 납부함에 따라 같은날 이를 수납하여 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지역경제발전과 지역민의 경제활동을 지원하는 비영리법인으로서 청구인의 사무실 신축부지로 사용하기 위하여 1996.12.11. 이건 토지를 취득한 후 1년이내 사용하고자 1997.4.9. 설계용역 계약을 체결하고 같은해 6.13. 건축허가를 받아 같은해 7.16. 공사입찰 실시로 청구외 ㅇㅇ(주)을 선정, 같은해 7.23. 공사도급계약을 체결하고 같은해 7.29. 시공회사로부터 착공신고서(공사착공, 현장사무실 개설)를 접수하였으며, 같은해 8.1. 지하흙막이 공사를 위한 제1차 시험굴착, 같은해 8.4. 제2차 시험굴착을 실시한 결과 현장여건상 미흡하여 시공회사에서 흙막이 공사 전문업체에 시공용역을 의뢰키로하여 같은해 9.20. 흙막이 공사 대체공법인 슬라이드빔공법으로 설계를 변경한 상태에서 같은해 9.30. 시공회사의 부도발생으로 같은해 10.11. 공정협의회를 개최한 결과 시공회사측의 공사계속추진 의사표명에 따라 청구인은 청구외 ㅇㅇ(주)이 청구인 소재 지역에 본사를 둔 향토기업이고, 1963년 설립이후 지역경제발전에 많은 기여를 해 온 경상남도 도급순위 28위의 우량기업으로서 도산될 경우 하청업체의 연쇄도산 등 지역경제에 미치는 영향을 고려하여 시공회사를 쉽게 재선정할 수 없는 입장이였음에도 공사독촉 및 2회에 걸친 공사포기각서 제출요청을 하였고, 같은해 11.18. 시공회사로부터 1997.11.30.한 현장정상화 한다는 탄원서가 접수되고 “향토기업 ㅇㅇ 정상화 된다”는 보도(ㅇㅇ신문 및 ㅇㅇ신문 등)와 함께 1997.12.8. 공사를 재개하겠다는 통보를 받았으나, 동절기로서 즉시 공사재개가 어려웠고, 또한 IMF한파에 따른 경제위기 극복에 동참하는 뜻에서 이사회(1998.3.5)를 개최하고 투자계획을 대폭 축소하기로 결정하여 처분청으로부터 설계변경허가(1998.3.18)를 받고 착공(1998.4.9)하여 1998.6.2. 현재 70%의 공정율을 보이고 있으며, 청구인이 1998.1.9. 이건 취득세 등을 신고 납부한 것은 1997.12.20. 처분청으로부터 감면한 취득세 등에 대한 신고 납부안내를 받고 향후 발생될 수도 있는 가산세 문제를 해소하기 위하여 신고 납부한 것일 뿐, 이건 토지를 취득한 후 유예기간(1년)내에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다한 정당한 사유가 있는데도 단지 1년이내 사용하지 않았다는 이유만으로 감면된 취득세 등을 징수 결정한 것은 부당하다고 주장하면서 그 결정의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 ㅇㅇ협동조합이 사무실을 신축할 목적으로 취득한 토지를 1년이내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

• 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제290조제2항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ협동조합(...)”이라고 규정하고 있다.
• 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 사무실 신축을 목적으로 이건 토지를 취득(1996.12.11.)한 후 1년이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고, 감면한 취득세 등을 신고 납부함에 따라 같은날 수납하여 징수 결정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 토지를 취득한 후 1년이내에 고유업무에 직접 사용하기 위하여 건축허가를 받아 시공회사를 선정하고 지하 흙막이 공사를 위한 시험굴착 등 사실상 착공한 상태에서 시공회사의 부도로 일시 공사가 중단되었고 IMF한파에 따른 경제위기 극복 차원에서 투자계획을 대폭 축소한 설계변경을 거쳐 공사를 재개하여 1998.6.20. 현재 70%의 공정에 이르는 등 정상적인 노력과 추진을 다한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제290조제2항제3호에서 ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 취득일부터 1년이내 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세 및 등록세를 추징하도록 규정하고 있으며, 여기에『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(같은 취지의 대법원 판결 1996.1.26. 95누13104)할 것인 바, 청구인의 경우 ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ협동조합으로서 이건 토지를 사무실 신축부지로 사용하기 위하여 취득(1996.12.11.)한 후 1년이내 사용하기 위하여 1997.1.22. 건축계획(지하1층, 지상3층)을 수립하고, 1997.4.9. 청구외 (주)ㅇㅇ건축사무소와 설계용역계약을 체결(설계비 50,000,000원)하여 1997.6.13. 처분청으로부터 건축허가를 받아 1997.6.30. 공사입찰공고를 거쳐 1997.7.23. 청구외 ㅇㅇ(주)과 공사도급계약을 체결(계약금액 1,335,000,000원)하고 1997.7.29. ㅇㅇ건축사무소와 공사감리용역계약을 체결함과 동시 시공회사로부터 착공신고서를 접수하였고, 1997.8.1. 및 8.4. 2차에 결쳐 흙막이 공사시험굴착 결과 시공회사로부터 흙막이 공사설계 변경 요청(1997.8.13)이 있어 1997.8.23. 청구인, 설계자, 감리자, 시공자의 연석회의를 거쳐 흙막이공사 공법을 변경하는 설계변경을 한 상태에서 1997.10.1. 시공회사가 부도처리 됨에 따라 공사가 중단되어 1997.10.11. 시공회사 및 연대보증회사(ㅇㅇ건설(주)) 대표자를 소집하여 공사공정협의회를 갖고 1997.10.20. 시공회사에 공사추진 독촉을 한 후 1997.11.7. 및 11.14. 2회에 걸쳐 공사포기각서 제출 요청을 하였으나, 1997.11.30.까지는 공사를 재개하겠다는 탄원서가 접수(1997.11.11.)되었고, 그 당시 ㅇㅇ신문, ㅇㅇ신문, ㅇㅇ신문, ㅇㅇ신문 등에서 “향토기업 ㅇㅇ 정상화”라는 일제보도와 함께 시공회사로부터 1997.12.9.부터 공사를 재개 하겠다는 통보(1997.12.8.)를 받는 등 1년이내에 이건 토지를 사용하기 위하여 적극적인 노력과 추진을 다한 사실이 제출된 관계 증빙자료(건축허가서, 공사도급계약서, 시험굴착현장사진, 탄원서, 신문기사 등)에서 입증되고 있고, 그후 동절기로서 즉시 공사재개를 할 수 없었던 사실, IMF 경제위기 극복에 동참하는 차원에서 1998.3.5. 정기이사회의를 거쳐 경제여건 호전시까지 투자비용을 줄여 판매장으로 사용하기로 결정하고 1998.3.18. 건축설계변경 허가를 받아 착공(1998.4.9)하여 1998.6.1. 현재 70%의 공정에 이르고 있는 사실이 제출된 이사회회의록, 설계변경허가서, 착공신고서 및 현장사진 등에서 명백히 입증되고 있는 바, ㅇㅇ협동조합 등의 법인에 대하여 취득세 등을 면제하는 취지 및 조합의 성격 등에 비추어 이건 토지의 취득목적, 고유업무에 사용하기 위해 기울인 청구인의 노력정도, 사실상의 장애사유 등을 종합해 볼때, 적극적인 노력을 다하고도 유예기간(1년)을 경과한 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것인데도 단지, 이건 토지를 취득한 후 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다는 이유만으로 청구인이 신고 납부한 취득세 등을 처분청이 이를 수납하여 징수 결정한 것은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 7. 29. 행 정 자 치 부 장 관