[주 문] 청구인의 심사청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1993.12.21.부터 1994.6.29.까지 ㅇㅇ전문대학 이전부지로 각각 취득한ㅇㅇ도ㅇㅇ군ㅇㅇ면 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지외 17필지 토지(답 및 임야) 103,157㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의거 취득세와 등록세 등을 비과세하였으나, 그 취득일로부터 1년이내에 그 지목을 변경하여 당해법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하지 아니하였으므로 비과세된 취득세와 등록세 추징대상에 해당됨은 물론 법인의 비업무용토지에 해당된다고 보아 이건 토지의 취득가액(385,748,400원)에 구지방세법 제112조제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 69,434,710원, 등록세 10,478,240원, 교육세 1,291,000원, 합계 81,833,950원(가산세 포함)을 1998.1.9. 부과 고지하였으나, 청구인이 이의신청을 제기하자 이의신청 결정기관인 전라북도지사는 등록세가 비과세되었다가 추징대상이 된 경우 신고납부 의무를 규정한 지방세법 제150조의2제3항의 규정이 1995.1.1.부터 시행되었음에도 시행일 이전에 납세의무가 성립된 이건 토지의 등기에 대하여 등록세 등 추징대상에 해당된다는 이유로 등록세 등 가산세를 부과 고지한 잘못이 있으므로 당초 부과 처분을 취득세 69,434,690원(가산세 포함), 등록세 8,731,870원, 교육세 1,746,370원, 합계 79,912,930원으로 1998.3.31. 경정 결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 교육을 목적사업으로 하는 비영리학교법인으로서 청구인이 운영하는 ㅇㅇ전문대학이 ㅇㅇ중·고등학교와 같이 사용하는 관계로 강의실, 실험실습실 등이 모자라 대학운영에 어려움을 겪게되어 학교를 이전할 목적으로 1993.10.21.및 1994.2.1. 교육부장관으로부터 교육용 기본재산취득예정확인서를 발급받고 1993.12.21.부터 1994.6.29.까지 이건 토지를 취득한 후 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나, 학교법인은 일반법인과 달리 학교시설사업촉진법 및 대학설립운영 규정 등에 의하여 교육부의 승인을 거쳐야 하는 등 취득한 토지를 고유업무에 사용할 수 없는 법령상 장애가 많을 뿐만 아니라, 이건 토지중 일부 토지(산ㅇㅇ번지외 2필지 토지 30,545㎡)는 처분청의 조림사업계획에 포함되어 잣나무 3,900주를 조림하여 지속적으로 학교림으로 조성하고, 전주시에서 주관하는 육림행사에 적극적으로 참여하여 시업하는 등 학생들의 M.T장소 및 실습림으로 조성하였고, 또한 학교시설 배치도 및 진입로 개설 설계도서 작성, 학교진입로에 대한 토지소유자의 사용승낙서징구 등 학교이전 사업을 추진하였으나, 학교진입로에 대한 토지사용 승낙을 받는 과정에서 토지소유자들이 현싯가와는 동떨어진 가액을 요구해와 진입로 확보에 어려움을 겪던 중 교육부에서 여러차례 걸쳐 학교 이전용으로 취득한 기본재산중 교지로 부적합한 토지는 수익용 기본재산으로 전환하는 등 필요한 조치를 취하여도 좋다는 통지를 받고 교육부와 협의하여ㅇㅇ도ㅇㅇ군ㅇㅇ면 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지일원의 토지(188,313㎡, 이하 “청구외 토지”라 한다)에 대하여 1997.10.16. 학교이전계획 승인을 득하고, 이건 토지는 수익용 재산으로 전환한 후 매각하여 청구외 토지상에 설립하는 교육용 건축물 건축비로 사용하는 조건으로 기본재산 용도변경 및 처분허가 승인을 받은 상태로 현재 매각처분 신청상태에 있는데도 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 비영리학교법인이 토지를 취득한 후 1년이내에 그 지목을 변경하여 당해법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만,...취득일부터 1년이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “교육법에 의한 학교를 경영하는 자...”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만,...등기 또는 등록일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 다음 각목에 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지...”라고 규정하고서, 라목에서 “제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년”이라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제4호(1997.10.1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것)에서 “내무부령이 정하는 농업·축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 전·답·과수원·목장용지 및 임야. 다만, 취득한 날로부터 1년이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하는 경우...를 제외한다“라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 ㅇㅇ전문대학 이전 부지로 취득한 이건 토지에 대하여 취득세와 등록세 등을 비과세하였으나, 그 취득일로 부터 1년이내에 그 지목을 변경하여 당해법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 비과세된 취득세와 등록세 등을 추징하고 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세 하였으나, 청구인이 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 전라북도지사는 등록세가 비과세되었다가 추징대상이 된 경우 신고납부 의무를 규정한 지방세법 제150조의2제3항의 규정이 1995.1.1.부터 시행되었는데도 시행일 이전에 이루어진 이건 토지의 등기에 대하여 등록세 등 추징대상이 된다는 이유로 가산세를 부과 고지한 잘못이 있으므로 당초 부과 처분을 경정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이건 토지를 취득한 후 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나, 학교법인은 일반 법인과는 달리 교육부의 승인을 거쳐야 하는 관계로 법령상 장애가 많을 뿐만 아니라, 이건 토지중 일부 토지에 대하여는 잣나무 3,900주를 조림하여 학교림으로 조성하였고, 또한 학교시설 배치도 및 진입로 개설 설계도서 작성, 진입로에 대한 토지소유자의 사용승낙서 징구 등 학교이전사업을 추진하였으나, 진입로에 대한 사용승낙을 받는 과정에서 토지소유자들이 현싯가와는 동떨어진 가격을 요구해와 진입로 확보에 어려움을 겪다가 청구외 토지에 대하여 학교이전계획 승인을 득하고 이건 토지를 수익용 재산으로 전환후 그 매각대금으로 청구외 토지에 건축하는 건축비로 사용하는 조건으로 기본재산 용도변경 및 처분허가 승인을 받은 상태로 현재 매각처분 신청상태에 있는데도 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제107조제1호, 제127조제1항제1호, 지방세법시행령 제79조제1항제2호 및 구지방세법 제112조제2항, 구지방세법시행령 제84조의4제3항제4호에 의하면 교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하지만, 법인의 비업무용토지에 해당하거나 취득(등기)일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고, 농업 또는 산림업 등을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 전·답·과수원·목장용지 및 임야는 법인의 비업무용토지로 보지만, 그 취득일로부터 1년이내에 그 지목을 변경하여 당해법인의 고유업무에 해당하는 용도에 사용하거나 지목변경을 하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에는 제외하도록 규정하고 있는 바, 동 규정에서의『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 포함한다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26. 92누8750)할 것이므로, 청구인이 이건 토지를 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부를 살펴보면, 청구인의 경우 이건 토지를 취득한 후 학교를 건축하고자 하였다면 학교시설사업촉진법에 의한 학교시설사업계획 승인을 받은 후 건축설계 등을 거쳐 건축허가를 받은 후 건축착공을 하여야 함에도 토지 취득일로부터 4년 5월 및 3년 11월이 각각 경과한 1998.6.11. 현재까지 토지지목변경이나 학교신축을 위한 부지조성 공사를 시행하지 아니하고, 임야(답)상태 그대로 방치하고 있는 사실로 볼 때, 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 학교시설사업계획 승인을 받은 경우는 도시계획법 제30조제2항의 규정에 의거 토지수용위원회에 토지재결신청을 하여 진입도로를 매입할 수 있었음에도 단지 토지소유자들이 토지가액을 높게 요구한다는 이유만으로 노력도 하지 아니한채 방치하고 있다가 1997.10.16. 청구외 토지에 대하여 교육부로부터 학교이전계획 변경 승인을 득하고, 같은날 이건 토지를 청구외 토지에 설립하는 교육용건축물 건축비로 사용하는 조건으로 기본재산 용도변경 및 처분허가 승인을 받았다고 하더라도 이는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으며, 또한 청구인의 경우 이건 토지중 일부토지상에 잣나무 3,900주를 조림하였다고 하나, 처분청의 조림사업계획에 전 소유자인 청구외 ㅇㅇㅇ 명의로 되어있고, 설령 청구인이 조림하였다고 하더라도 산림업 또는 농업 등을 주업으로 하지 아니하는 청구인이 지목이 임야 및 답인 이건 토지를 취득한 경우는 그 취득일로부터 1년이내에 지목변경을 하여야만 법인의 비업무용토지에서 제외됨에도 정당한 사유없이 지목변경을 하지 아니한 이상, 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세하였던 등록세 등을 추징한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 7. 1. 행 정 자 치 부 장 관