[주 문] 처분청이 1997.11.7. 청구인에게 부과 고지한 취득세 37,798,470원(가산세 포함), 등록세 3,374,860원, 교육세 742,470원, 합계 41,915,800원은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 중소기업창업 사업계획승인(1990.8.25)을 받고 1990.10.24. 청구외 ㅇㅇㅇ 소유의ㅇㅇ도ㅇㅇ군ㅇㅇ면 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지토지 185,357㎡중 115,850㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득함에 따라 구조세감면규제법(1996.12.30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제84조제2항 및 제85조제2항의 규정에 의하여 취득세 및 등록세의 100분의 50을 감면하였으나, 185,357㎡중 43,422㎡(이하 “이건 쟁점토지”라 한다)를 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 쟁점 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(224,990,936원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 중과세율과 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 각각 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 37,798,470원, 등록세 4,049,830원, 교육세 742,470원, 합계 42,590,770원(가산세 포함)을 1997.11.7. 부과고지 하였으나, 청구인이 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 경상남도지사는 과세감면한 등록세를 추징하면서 가산세를 부과 고지한 처분은 잘못이 있다고 보아 이건 부과 처분을 취득세 37,798,470원(가산세 포함), 등록세 3,374,860원, 교육세 742,470원, 합계 41,915,800원으로 1998.2.17. 경정결정 하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1990.8.25. 처분청으로부터 창업사업계획승인을 받고 1990.10.24. 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 이건 토지를 취득하여 공유지분등기(1990.10.24)를 한 후 시설자금차입을 위해 1990.11.29. (주)ㅇㅇ은행에 청구인 소유지분(185,357㎡분의 115,850㎡)만큼을 공유소유자인 청구외 ㅇㅇㅇ와 실제 점유상태를 근거로 위치확인 동의서(공증 확정일자 제8867호, 1991.4.30)를 작성하여 담보로 제공하였으며, 그후 청구인 소유 위치에 공장부지를 조성하여 창업사업계획승인 조건에 따라 지목변경을 하고자 위 1365번지 토지(185,357㎡)를 3필지(1365번지, 1365-7번지, 1365-8번지)로 분할하여 1365번지(114,278㎡)와 1365-8번지(1,572㎡)의 토지(115,850㎡)에 대하여 지목변경(공장용지 등)을 하고 그 지상에 공장용 건축물을 신축하여 열강압연제품 제조공장으로 사용하고 있는데도 공부상 3필지 모두 공유지분으로 등기되어 있다고 하여 사실상 청구외 ㅇㅇㅇ 소유의ㅇㅇ면 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지 69,607㎡중 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 감면한 등록세 등을 추징고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 창업중소기업이 취득한 토지중 일부를 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 감면한 등록세 등을 추징고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제30조의2제1항에서 “지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 행사하지 아니할 경우에는 이를 부과할 수 없다”라고 규정하고 있고, 구조세감면규제법 제84조제2항에서 “창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기...에 대하여는 등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”라고 규정하고, 구같은법 제85조제2항에서 “창업중소기업이 당해사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(내무부장관이 상공부장관과 협의하여 정하는 공장용부지는 2년)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 창업중소기업으로서 공장용지로 사용하기 위하여 이건 토지를 취득함에 따라 취득세 및 등록세의 100분의 50을 감면하였다가 청구인이 이건 쟁점토지를 2년이내 정당한 사유없이 당해사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 감면한 등록세 등을 추징고지 하였으나, 청구인이 이의신청을 제기하자 이의신청결정기관인 경상남도지사는 감면한 등록세를 추징하면서 가산세를 부과 고지한 처분은 잘못이라고 보아 등록세 가산세를 경정 결정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 철강제품의 제조공장을 운영하고자 청구외 ㅇㅇㅇ 소유의 이건 토지를 취득하여 공유지분 등기를 하였고 청구외 ㅇㅇㅇ 소유의 지분을 제외하고 청구인 소유의 이건 토지 전체 부분을 공장용지로 지목변경하고 공장용 건축물을 신축한 후 열강압연제품 제조공장으로 직접 사용하고 있는데도 사실상 청구외 ㅇㅇㅇ 소유의 토지부분이 공부상 청구인과 공유로 등재되어 있다는 사유만으로 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고, 감면한 등록세 등을 추징 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제30조의2제1항에서 “지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 행사하지 아니할 경우에는 부과할 수 없다고 규정하고, 구조세감면규제법 제84조제2항 및 제85조제2항에서 창업중소기업이 당해사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세의 100분의 50을 감면하도록 규정하고 있으며, 구지방세법 제112조제2항 및 구지방세법시행령 제84조의4제1항에서는 법인이 공장용지를 취득한 후 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니한 경우에는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세 하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 1990.8.25. 처분청으로부터 창업사업계획 승인을 받았고 그 승인조건에 승인면적을 115,850㎡로 하여 신청지를 정확히 분할 측량하여 승인 면적만 전용하도록 한 사실과 1990.10.24. 청구외 ㅇㅇㅇ 소유의 토지(1365번지 185,357㎡, 유지)중 이건 토지(185,357㎡분의 115,850㎡)만 취득하여 공유지분 등기(1990.10.24.)한 후 청구외 ㅇㅇ은행 마산지점에서 시설자금을 융자받기 위하여 제출한 공유지분 위치확인 동의서(경남 공증인 합동사무소에서 공증, 확정일자 제8867호, 1991.4.30)에 첨부된 지적도에서 청구인의 공유지분 위치가 명확히 구분되어 있고 그후 1991.12.10. 위 1365번지 토지 185,357㎡를 3필지 토지로 분할(1365번지 114,278㎡, 1365-7번지 69,507㎡, 1365-8번지 1,572㎡)하여 그중 1365번지 및 1365-8번지의 토지 115,850㎡에 대하여 공장용지 및 구거로 지목변경을 한 사실, 그 지목변경한 면적과 위치가 청구인의 당초 사업계획 및 청구외 ㅇㅇㅇ가 동의한 공유지분 위치와 동일한 사실 등이 제출된 창업사업계획승인서, 공유지분위치확인서, 지적도등본 및 토지대장등본 등에서 입증되고 있는 이상, 비록 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 당초 취득한 토지를 공유지분으로 등기하였다가 그 토지를 3개필지로 분할하면서 각 필지별로 공유지분 등기를 하였다 하더라도 청구인이 철강제품의 제조공장으로 사용하기 위하여 취득한 이건 토지 전체면적(115,850㎡)에 공장용 건축물을 신축(1991.9.24)하여 열강압연제품 제조공장(공장등록증에서 입증됨)으로 사용하고 있는 사실이 명백하다 할 것이므로 이건 쟁점토지를 사용하지 못한데 정당한 사유가 있다 할 것이고, 더구나 구조세감면규제법 제84조제2항 및 제85조제2항에서 취득세 및 등록세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한 후 취득일로부터 2년이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니할 경우 감면한 취득세 등을 추징하도록 규정한 단서 조항이 1996.12.30. 개정(단서조항 신설)되어 1997.1.1.부터 시행되었으므로 그 이전에 취득(1990.10.24)한 이건 토지에 대하여는 그 추징규정을 적용할 수 없어 취득세 및 등록세의 50%를 추징할 수 없고 나아가 취득세의 경우 그 50% 부분에 대하여는 법인의 비업무용토지에 해당한다 하더라도 중과세율을 적용할 수 없는 것이며, 또한 등록세 부분은 이건 토지등기일(1990.10.24)의 다음날부터 이미 5년이 경과되었으므로 추징대상 여부와 관계없이 부과제척기간 경과로 인하여 부과할 수 없다 할 것인데도 처분청이 이건 쟁점토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고, 감면한 등록세 등을 추징 고지한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 7. 1. 행 정 자 치 부 장 관