공업단지내의 공장용지를 개인사업자가 취득한 후 법인을 설립하여 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄 양도 양수한 경우 비과세한 취득세 등을 추징고지한 처분이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1997.10.14. 청구인에게 부과 고지한 취득세 5,890,030원, 농어촌특별세 539,910원, 합계 6,429,940원(가산세 포함)은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 공업단지내인ㅇㅇ도ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리ㅇㅇ번지공장용지 7,476㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 공업용유지 및 육분 생산 공장용으로 사용하고자 처분청과 분양계약을 체결(1993.5.31)하여 1995.8.3. 취득함에 따라 취득세 및 등록세를 감면하였다가 취득일부터 2년이내 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 이건 토지의 취득가액(306,204,871원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 7,348,900원, 농어촌특별세 673,640원, 등록세 11,023,360원, 교육세 2,020,920원, 합계 21,066,820원(가산세 포함)을 1997.10.14. 부과 고지하였으나, 청구인이 이의신청을 제기하자 이의신청 결정기관인 경상남도지사는 이건 토지의 과세표준액은 사실상의 취득가격인 취득당시 분양가격(현금 납부액에 융자금을 포함한 245,418,131원)으로 보아야 하고, 등록세는 등기 또는 등록을 받은 자에게 부과 하여야 함으로 이건 토지를 청구인 명의로 등기하지 아니한 이상, 등록세를 부과할 수 없다고 보아 이건 부과 처분을 취득세 5,890,030원, 농어촌특별세 539,910원, 합계 6,429,940원(가산세 포함)으로 1998.2.17. 경정 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은개인사업자(상호: ㅇㅇ공업)로서단미사료의 동물성 유지제품 제조공장을 신축하고자 공업단지내의 이건 토지에 대하여 1993.5.31. 처분청과 분양대금 245,418,313원(현금 181,572,614원＋융자금 63,845,517원)에 분양계약을 체결하고, 같은날 계약금으로 24,542,000원을 납부한 상태에서 지역경제 활성화를 위해 법인전환을 적극 장려하는 처분청의 정책에 협조하고자 1994.1.22. 청구인이 52%, 청구외 ㅇㅇㅇ외 6인이 48%를 출자하여 청구인의 당초 계획사업인 단미사료 및 동물성 유지제품 제조 판매업을 목적사업으로 하는 청구외 (주)ㅇㅇ산업을 설립하고, 1995.8.3. 분양대금중 현금 납부액의 잔액(157,030,610원)을 납부한 후 같은해 9.28. 청구인의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 청구외 (주)ㅇㅇ산업에 포괄 양도하여 법인으로 전환하고 같은해 10.9. 처분청으로부터 공업단지 입주자 명의변경 승인을 받았으며, 1996.1.31. 및 9.24. 청구외 (주)ㅇㅇ산업 명의로 분양대금중 융자금 전액을 상환하고 1996.2.26. 건축 착공을 하여 같은해 9.3. 사용승인을 받은 후 현재 이건 토지를 당초 취득 목적대로 단미사료 및 동물성 유지제품 제조 공장용지로 사용하고 있는데도 단지 개인사업자가 취득하여 법인으로 전환한 것을 매각으로 보아 감면한 취득세 등을 추징고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 공업단지내의 공장용지를 개인사업자가 취득한 후 법인을 설립하여 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄 양도 양수한 경우 비과세한 취득세 등을 추징고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

• 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제276조제1항에서 “산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 공업단지...안에서 공장을 신축하고자 하는 자에 대하여는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 취득세·등록세...를 감면한다. 다만, 공장용 부동산의 취득일부터 2년이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(...)에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”라고 규정하고서 그 가목에서 “공장을 신축하기 위하여 최초로 취득하는 토지”라고 규정하고 있다.
• 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1995.8.3. 공업단지내의 공장용지인 이건 토지를 취득함에 따라 취득세 및 등록세를 감면하였다가 취득일로부터 2년이내에 정당한 사유없이 공장용지로 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 1997.10.14. 감면한 취득세 및 등록세를 추징고지 하였으나, 청구인이 이의신청을 제기함에 따라 이의신청 결정기관인 경상남도지사는 이건 토지의 사실상 취득가격은 당초 분양가격으로 하여야 하고, 이건 토지를 청구인 명의로 등기한 사실이 없으므로 등록세는 부과할 수 없다고 보아이건 부과처분을 1998.2.17. 경정 결정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 개인사업자 명의로 이건 토지를 취득하여 처분청의 지역경제 활성화 정책에 협조하고자 법인을 설립(청구인이 52% 출자)한 후 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 그 법인에 포괄 양도하여 이건 토지를 당초 취득한 목적대로 사용하고 있는데도 이건 토지를 매각한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제276조제1항제1호가목에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지 안에서 공장을 신축하기 위하여 최초로 취득하는 토지에 대하여는 취득세 및 등록세를 감면하지만, 취득일부터 2년이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면한 취득세 및 등록세를 추징하도록 규정하고 있으며, 위 법조항 후단 단서의 취지는 당해 부동산의 취득자가 정당한 사유없이 본래의 취득목적인 공장용에 직접 사용하지 아니하고 2년의 기간을 도과한다든가 2년이내일지라도 정당한 사유없이 이를 제3자에게 매각하는 경우에는 본래 취득세를 면제한 사유가 없어졌으므로 이를 추징한다는 것으로서 2년이내에 이를 매각하는 경우라도 그 매각이 당초의 취득세를 면제한 취지를 벗어나는 것이 아니고 정당한 사유가 있는 경우에는 위 법조항 단서의 규정에 해당하지 아니한다고 볼 것(같은 취지의 대법원 판결 1992.6.9. 91누10725)인 바, 청구인의 경우 개인사업자(ㅇㅇ공업)로서 단미사료 및 동물성 유지제품 제조공장을 신축 운영할 계획으로 처분청으로부터 공업단지내 입주지정을 받아 1993.5.31. 처분청과 이건 토지에 대한 분양계약을 체결하고, 같은날 계약금(24,542,000원)을 납부한 후 1994.1.22. 법인으로 전환하고자 청구인이 52%를 출자하고 청구외 ㅇㅇㅇ외 6인이 48%를 출자하여 단미사료 및 동물성 유지제품 생산판매를 목적사업으로 하는 청구외 (주)ㅇㅇ산업을 설립한 사실이 제출된 분양계약서, 사업계획서, 법인등기부등본, 주주지분율사실확인서(ㅇㅇ세무서장 발행)에서 확인되고 있고, 그후 청구인은 이건 토지의 잔금(157,030,610원)을 납부(1995.8.3)하여 취득한 다음, 1995.9.28. 청구인의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 청구외 (주)ㅇㅇ산업에 포괄적으로 양도하는 포괄양도 양수계약서를 작성하고 같은해 10.9. ㅇㅇ공업(청구인)의 개인사업자에서 (주)ㅇㅇ산업(대표이사 ㅇㅇㅇ)의 법인사업자로 전환하는 공업단지 입주자 변경승인을 받아 이건 토지상에 청구외 (주)ㅇㅇ산업 명의로 공장용 건축물을 신축(1996.9.3)한 후 당초 청구인의 사업계획이었던 단미사료 및 동물성 유지제품 제조공장으로 사용하고 있는 사실이 제출된 포괄 양도양수계약서, 공업단지입주변경(법인전환) 승인서(지경 55145-1575), 건축물사용승인서, 공장등록증, 세금계산서 등에서 입증되고 있는 바, 청구인이 처분청으로부터 공장용지로 취득한 이건 토지를 공장운영의 효율성을 높이고 지역경제에 대한 기여도를 높이기 위하여 청구인이 출자(52%)하여 설립한 법인에게 사업 일체를 포괄적으로 양도하여 그 법인으로 하여금 당초 사업계획서에 의하여 생산하고자 한 제품을 생산하고 있는 이상, 청구인이 당초 이건 토지를 취득한 사용목적을 포기한 것이 아니고 청구인이 설립한 법인으로 하여금 취득 당시 목적하였던 사업계획을 승계하여 이건 토지상에 건물을 신축하여 공장용에 직접 사용하게 한 것으로서 당초 취득세를 면제한 취지를 벗어난 것이라고 할 수 없다 하겠으므로 청구인이 이건 토지를 매각한 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것인데도 처분청이 이건 토지를 2년이내 매각한 사유만을 들어 감면한 취득세 등을 추징 고지한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 7. 1. 행 정 자 치 부 장 관