종교법인이 취득한 부동산을 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각한 정당한 사유가 있는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1997.10.13. 청구인에게 부과 고지한 취득세 18,123,810원, 농어촌특별세1,802,740원, 등록세 3,749,990원, 교육세 750,190원, 합계 24,426,730원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.12.20.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 외 4필지 토지 1,901.3㎡와 그 지상 건축물 52.6㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)중 일부(토지 168.5㎡, 건축물 52.6㎡, 이하 “이건 공유지분”이라 한다)를 교회 신축을 위하여 취득하였으므로 취득세와 등록세를 과세면제하였으나, 청구인이 1996.7.8. 정당한 사유없이 이건 부동산을 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 이건 공유지분중 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 이건 공유지분의 취득가액(125,000,000원)중 토지 취득가액(120,183,257원)에 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 18,027,480원, 농어촌특별세 1,802,740원, 합계 19,830,220원와 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 3,605,490원, 교육세 721,290원, 합계 4,326,780원 및 이건 공유지분중 건물의 취득가액(4,816,743원)에 구지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 96,330원, 등록세 144,500원, 교육세 28,900원, 합계 269,730원를 모두 합산한 취득세 18,123,810원, 농어촌특별세 1,802,740원, 등록세 3,749,990원, 교육세 750,190원, 합계 24,426,730원을 1997.10.13. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 청구인 소속의 ㅇㅇ교회에서 이건 공유지분을 청구인 명의로 취득하여 교회 교육관으로 사용하던 중 이건 부동산에 교회를 신축코자 하였으나 이건 부동산의 공유자중 일부 공유자가 지분을 매입할 것을 요구하여 그들의 공유지분을 ㅇㅇ교회 담임목사인 ㅇㅇㅇ외 1인 개인 명의로 취득하였고, 이러한 추가 공유지분 취득에 따른 자금부족으로 대출을 받고자 하였으나 은행에서는 이건 부동산이 공유로 되어 있어 담보권 설정을 할 수 없다고 하므로 종교재단인 청구인 명의로 등기된 이건 공유지분을 1996.6.28. 문화체육부장관의 기본재산 처분인가를 받아 ㅇㅇ교회 담임목사인 청구외 ㅇㅇㅇ 명의로 소유권 이전등기를 한 것으로 현재까지도 이건 부동산에 공유자들의 사용승낙을 받아 당초의 취득목적대로 교회 건축을 추진중에 있으므로 청구인이 이건 공유지분을 매각한 것은 정당한 사유가 있다고 할 것인데도 처분청이 이건 공유지분을 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 취득세를 중과세하고 과세면제한 등록세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 종교법인이 취득한 부동산을 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가.먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(법제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고 있고, 지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용 토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 당해 각목에서 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지...”라고 규정하고서, 라목에서 “제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년”이라고 규정하고 있고, 같은조같은항 제2호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유없이 매각한 토지...”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(법제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하고 있다.

• 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 이건 공유지분을 취득한 후 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 이건 공유지분에 대하여 과세면제한 세액을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 청구인 소속의 ㅇㅇ교회에서 이건 공유지분을 사실상 취득하여 교회 교육관으로 사용하다가 이건 부동산에 교회를 신축코자 하였으나 이건 부동산의 공유자중 일부가 지분을 매입할 것을 요구하므로 그들의 공유지분을 ㅇㅇ교회 담임목사인 청구외 ㅇㅇㅇ 외 1인 개인명의로 취득하였으며, 이러한 공유지분 추가 취득에 따른 자금부족으로 대출을 받고자 청구인 명의로 등기된 이건 공유지분을 문화체육부장관의 기본재산 처분인가를 받아 청구외 ㅇㅇㅇ 명의로 소유권 이전등기한 것으로 현재까지도 이건 부동산의 공유자들의 사용승낙을 받아 당초의 취득목적대로 교회 건축을 추진중에 있으므로 매각에 정당한 사유가 있으므로 이건 부과 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제107조제1호, 제112조제2항, 제127조제1항제1호, 지방세법시행령 제79조제1항제1호, 제84조의4제1항제1호라목 및 제2호, 제94조제1항의 규정을 종합하면, 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하는 것이나 취득·등기한 부동산을 정당한 사유없이 3년 이내에 그 사업에 직접 사용하지 아니하거나 5년 이내에 매각하는 경우에는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세한 등록세를 추징하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 1995.12.20. 이건 공유지분을 취득하고 1996.6.28. 문화체육부장관의 기본재산 처분인가를 받아 1996.7.8. 청구외 ㅇㅇㅇ 명의로 소유권 이전등기를 하였으며, 청구외 ㅇㅇㅇ은 청구인 소속 ㅇㅇ교회의 담임목사로 재직중인 사실을 제출된 재직증명서에 의하여 알 수 있고, 청구인 소속의 ㅇㅇ교회는 이건 부동산에 종교시설을 신축하고자 1997.6.30. 청구외 ㅇㅇ사사무소 건축사 ㅇㅇㅇ과 건축물의 설계계약을 체결하고 교회 건축을 추진중에 있음이 입증되고 있으므로, 청구인이 비록 이건 공유지분을 청구인 소속의 목회자인 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매각한 사유가 이건 공유지분을 담보로 활용코자 한 것으로써 이러한 사유는 내부적인 사유에 불과하다고 할 것이지만 청구인이 이건 공유지분을 매각한 이후에도 청구인이 당초 종교용에 사용하기 위하여 취득한 목적이 그대로 유지하고 있으며, 비영리사업자가 취득하는 부동산에 대한 취득세 등 비과세의 입법 취지에 비추어 볼 때 이건 공유지분을 청구인 소속의 ㅇㅇ교회 담임목사인 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매각하여 종교용에 사용하도록 한 것은 정당한 사유가 있다고 할 것인데도 처분청이 이건 공유지분을 정당한 사유없이 고유업무에 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 과세면제한 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 5. 27. 행 정 자 치 부 장 관