[주 문] 처분청이 1997.10.14. 청구인에게 부과고지한 취득세 16,225,920원, 농어촌특별세 1,487,370원, 등록세 8,112,960원, 교육세 1,487,370원, 합계 27,313,620원(가산세포함)은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.2.1. 취득한ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ읍ㅇㅇ리ㅇㅇ번지 토지(전 2,817㎡, 이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 지방세법 제290조제2항의 규정에 의거 취득세와 등록세 등을 과세 면제하였으나, 그 취득일로부터 1년이내인 1997.4.30. 이건 토지를 대구지방법원 칠곡등기소 부지와 교환하여 그 소유권을 이전하였으므로 과세 면제된 취득세와 등록세의 추징대상으로 보아 그 취득가액(676,080,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 16,225,920원, 농어촌특별세 1,487,370원, 등록세 8,112,960원, 교육세 1,487,370원, 합계 27,313,620원(가산세 포함)을 1997.10.14. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 비영리특별법인으로서 지역현안을 협의하는 과정에서 대구지방법원 칠곡등기소가 청사부지 협소로 이전코자 하였으나 예산사정으로 인하여 등기소 이전이 어려워짐에 따라 동 등기소에서 청구인 소유의 이건 토지와 등기소 부지를 교환하자는 요청을 하였고, 청구인이 이를 검토한 결과 등기소 부지가 향후 청구인의 사업확장 등 장기적인 발전을 위하여 업무용 부지로 최적격지라는 판단하에 이건 토지와 등기소 부지를 상호 교환하기로 결론을 내리고 칠곡등기소의 요구에 따라 1997.2.1. 취득한 이건 토지와 등기소 부지를 1997.4.30. 교환하여 이건 토지에 대한 소유권을 이전하였으나, 청구인의 경우 칠곡등기소의 요구에 따라 등기소 부지와 교환할 목적으로 이건 토지를 취득하였다가 상호교환 조건에 따라 그 소유권을 이전하였고, 등기소 부지를 취득하기 위해서는 교환이라는 방법외에 달리 취할 방법이 없었으며, 국가기관인 칠곡등기소의 필요에 의해 토지의 취득 및 교환이 이루어졌으므로 정당한 사유가 있는데도 과세 면제된 취득세와 등록세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 ㅇㅇ조합이 토지를 취득한 후 국가기관의 요청에 따라 청사부지와 상호교환한 경우 과세 면제된 취득세와 등록세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제290조제2항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정한 다음, 그 제9호에서 “ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합(연합회 및 중앙회)을 제외한다”라고 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 1997.2.1. 취득한 이건 토지에 대하여 취득세와 등록세 등을 과세 면제하였으나, 그 취득일로부터 1년이내인 1997.4.30. 이건 토지를 대구지방법원 칠곡등기소 부지와 교환하여 소유권을 이전하였으므로 과세 면제된 취득세와 등록세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 국가기관의 요청에 따라 등기소 부지와 교환할 목적으로 이건 토지를 취득하였다가 상호교환 조건에 따라 그 소유권을 이전하였고, 등기소 부지를 취득할 방법이 교환외에는 없었으며, 국가기관의 필요에 의해 토지의 취득 및 교환이 이루어졌으므로 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제290조제2항제9호에서 ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득일부터 1년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있는 바, 시유지와 교환하기 위하여 지방자치단체의 권유에 따라 토지를 취득하였다가 토지교환이 시의회의 부결로 무산됨에 따라 시유지를 취득하기 위하여 취득한 토지를 매각하였다고 하더라도 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다(같은 취지의 대법원 판결 1996.5.29. 96누5162)고 하고 있고, 국가기관의 요청에 따라 법인이 토지를 취득하면 즉시 국가기관이 관리하는 토지와 교환 양도하기로 약정하고 토지를 취득한 후 국가기관이 관리하는 토지와 서로 교환한 것은 당해토지를 그 취득일로부터 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 못하고 매각한 정당한 사유가 있다(같은 취지의 대법원 판결 1993.4.23. 92누10937)고 할것 이므로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 업무용건물 신축목적으로 1997.2.1. 이건 토지를 취득하였으나, 제출된 관계 증빙자료(교환계약서, 등기부등본, 사실확인서, 관련공문 등)에 의하면 청구인이 이건 토지를 취득하기 전인 1995년부터 등기소 청사 협소로 새로운 청사의 신축·이전을 추진해 오던 대구지방법원 칠곡등기소가 새로운 신축 후보지를 물색하였지만, 법원 예산 사정으로 부동산 교환 방법에 의해 청사신축 및 이전을 추진하라는 대법원의 지시에 따라 교환할 청사 후보지들을 검토하였으나, 마땅한 후보지가 없어 고심하던 중 청구인이 취득한 이건 토지가 여러측면에서 등기소 청사 후보지로 적합하므로 대법원의 관리계획 승인을 얻어 청구인에게 등기소 청사부지와 이건 토지의 교환을 여러차례 요청하였고, 청구인으로서는 비좁은 지역사회의 특성상 칠곡등기소의 요구를 거절할 수 없어 부득이 재산상 손실을 감수하면서까지 등기소 청사부지와 이건 토지를 상호 교환하기로 교환약정을 체결하고 그 교환약정에 따라 1997.4.25. 교환계약을 체결한 후 그 소유권을 이전한 사실과 국가나 지방자치단체 등에서 청사부지로 사용하겠다고 교환요청을 할 경우 사실상 이를 거절하기가 어려운 점을 고려할 때, 청구인과 같이 국가기관의 요청에 따라 토지를 상호 교환한 것은 당해토지를 그 취득일로부터 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아야 함에도 처분청에서 청구인이 이건 토지를 취득한 후 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하였다는 이유로 취득세와 등록세 등을 추징한 처분은 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 5. 27. 행 정 자 치 부 장 관