기업부설연구소를 설치한 후 2년 이내에 연구소의 일부를 비워두고 있는 경우 면제된 취득세 등을 추징 고지한 처분이 적법한지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 1997.12.30. 청구인에게 부과 고지한 취득세 110,406,370원, 농어촌특별세 10,120,570원, 등록세 47,982,630원, 교육세 8,718,400원, 합계 177,227,970원(가산세 포함)은 이를 취득세 71,653,730원, 농어촌특별세 6,568,250원, 등록세 31,140,730원, 교육세 5,658,240원, 합계 115,020,950원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1994.10.18.ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ읍ㅇㅇ리ㅇㅇ번지외 2필지 토지 3,596㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후 이건 토지상에 1996.3.8. 기업부설연구소용 건축물 10,089.59㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 신축한 다음 1996.4.3. 과학기술처장관으로부터 기업부설연구소로 인정을 받았으므로 이건 토지 및 건축물에 대하여 취득세 등을 과세 면제하였으나, 연구소 설치후 2년이내에 이건 건축물 10,089.59㎡중 3,425.395㎡를 다른 용도로 사용하고 1,852.05㎡를 공실 상태로 비워두고 있으므로 이건 건축물중 5,277.445㎡(이하 “쟁점 건출물”이라 한다)를 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 쟁점 건축물(구축물 포함) 및 그 부속토지의 취득가액(4,600,265,841원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 110,406,370원, 농어촌특별세 10,120,570원, 등록세 47,982,630원, 교육세 8,718,400원, 합계 177,227,970원(가산세 포함)을 1997.12.30. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지방세법 제282조에서 연구소 설치후 2년이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는 바, 처분청이 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 쟁점 건축물(5,277.445㎡)중 1,852.05㎡는 향후 사업의 확장에 대비해 연구소로 사용하기 위해 공실 상태로 비워두고 있을 뿐 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 전용하여 사용한 것이 아닌데도 현재 사용하고 있지 아니하다는 사실만으로 과세 면제하였던 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 기업부설연구소를 설치한 후 2년 이내에 연구소의 일부를 비워두고 있는 경우 면제된 취득세 등을 추징 고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

• 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(...)에 대하여는 취득세와 등록세를... 면제한다. 다만, 연구소 설치후 2년이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정하고, 지방세법시행령 제228조에서 “법 제282조에서 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에 기술개발촉진법시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관의 인정을 받은 것을 말한다”라고 규정하고 있다.
• 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 기업부설연구소용으로 직접 사용하기 위해 취득한 이건 건축물(10,089.59㎡)중 쟁점 건축물(5,277.445㎡)을 다른 용도로 사용(3,425.395㎡)하거나 공실 상태(1,852.05㎡)로 비워두고 있으므로 쟁점 건축물을 기업부설 연구소용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 쟁점 건축물 및 그 부속토지에 대하여 과세 면제하였던 취득세 등을 추징 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 쟁점 건축물(5,277.445㎡)중 1,852.05㎡는 공실 상태로 비워두고 있을 뿐 다른 용도로 전용하여 사용한 것이 아닌데도 현재 사용하고 있지 아니하다는사실만으로 과세 면제하였던 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제282조 및 지방세법시행령 제228조에서 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에 기술개발촉진법시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관의 인정을 받은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제한다고 규정하면서 그 단서에서 연구소 설치후 2년이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고, 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(같은 취지의 대법원 판결 1994.2.22. 92누18603)할 것인 바, 처분청은 청구인이 기업부설연구소용으로 직접 사용하기 위해 취득한 이건 건축물(10,089.59㎡)중 쟁점 건축물(5,277.445㎡)을 연구소 설치후 2년이내에 다른 용도로 사용(3,425.395㎡)하거나 공실 상태(1,852.05㎡)로 비워두고 있으므로 청구인이 쟁점 건축물을 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 쟁점 건축물 및 그 부속토지에 대하여 과세 면제하였던 취득세 등을 추징 고지하였으나, 연구소 설치후 2년이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에만 면제된 취득세 등을 추징할 수 있다 할 것임은 위 법문상 명백하다 할 것이므로 쟁점 건축물(5,277.445㎡)중 공실 상태로 비워두고 있는 면적(1,852.05㎡)은 기업부설 연구소용에 직접 사용하지는 아니하였지만, 다른 용도로 사용하였다고는 볼 수 없어 면제된 취득세 등을 추징할 수 없다(같은 취지의 행정자치부 유권해석 1997.12.22. 세정 13407-1649)할 것인데도 공실상태로 비워두고 있는 면적(1,852.05㎡)을 추징 대상에 포함하여 이건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 5. 27 행 정 자 치 부 장 관