[주 문] 처분청이 1997.9.11. 청구인에게 부과고지한 취득세 367,412,380원, 농어촌특별세 33,679,450원, 등록세 500,445,000원, 교육세 91,748,250원, 합계 993,285,080원(가산세 포함)은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 1994.12.6. 설립된 청구인이 1996.10.18. 취득(1997.10.24. 등기)한ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 2필지 토지 1,987㎡(이하 “이건 토지”라 한다) 및 위 지상건축물 1,404.7㎡(이하 “이건 건물”이라 한다)에 대하여 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의거 취득세와 등록세 등을 비과세하였으나, 그 취득(등기)일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 1997.2.12. 청구외 (학)ㅇㅇ대학원(이하 “청구외 학교법인”이라 한다)에 증여를 원인으로 하여 소유권을 이전하였으므로 비과세된 취득세 및 등록세 추징대상 및 법인의 비업무용 토지는 물론 대도시 내에서 법인 설립후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로 보아 그 취득가액(2,780,250,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제131조제1항제3호(2)목, 지방세법 제112조제2항, 138조제1항의 중과세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 367,412,380원, 농어촌특별세 33,679,450원, 등록세 500,445,000원, 교육세 91,748,250원, 합계 993,285,080원을 1997.9.11. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 선교 및 교육사업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1996.10.18. 이건 토지와 건물(이하 “이건 부동산”이라 한다)을 취득하였으나, 이건 부동산을 취득하기전부터 이건 부동산을 임차하여 ㅇㅇ교를 설치·운영해 오다가 교육법에 의한 학교설립 인가를 받지 아니하였다는 이유로 고발당하여 재판을 받게 되었고, 그후 이건 부동산을 취득한 후 종교교육 사업 확장 및 위탁 교육의 일환으로 신앙 목회자 고등교육 실시가 불가피하게 되어 1996.12.6. 교육부장관으로 부터 청구외 학교법인 설립 허가를 받았으나, 그 허가 조건에 이건 부동산을 청구외 학교법인 명의로 이전하고 그 결과를 1997.2.15.까지 교육부장관에게 보고하도록 함에 따라 이건 부동산을 불가피하게 청구외 학교법인에게 재화의 이전없이 증여를 원인으로 하여 소유권만 이전하였을 뿐이고, 이건 부동산을 당초 목적했던 대로 종교교육 사업에 계속 사용해 오고 있으므로 정당한 사유가 있는데도 비과세된 취득세와 등록세 등을 추징하면서, 법인의 비업무용 토지 및 대도시내 법인 설립후 5년 이내에 취득한 부동산 등기로 보아 취득세와 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 종교 등을 목적사업으로 하는 비영리법인이 대도시내의 부동산을 취득한 후 별도의 학교법인을 설립하여 부동산을 증여한 경우 비과세된 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용 토지 및 대도시내 법인 설립후 5년 이내 취득·등기한 부동산으로 보아 취득세와 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제107조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만,...취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만,...등기 또는 등록일로 부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 당해 각목에서 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지...”라고 규정하고서, 라목에서 “제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년”이라고 규정하고 있고, 같은항 제2호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유없이 매각한 토지. 다만, 당해 법인의 고유업무에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하는 토지는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 지방세법 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율(1,000분의 30)의 5배로 한다...”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치...에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기”라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제102조제2항에서 “법 제138조제1항제3호에서 ‘법인의 설립과 지점...설치 및...전입에 따른 부동산 등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(...) 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다...”라고 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 비영리법인인 청구인이 대도시 내에서 이건 토지 및 건축물을 취득(등기)한데 대하여 취득세와 등록세 등을 비과세하였으나, 취득일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 청구외 학교법인에 증여하였으므로 비과세된 취득세와 등록세 등을 추징하면서 이건 부동산을 법인의 비업무용 토지 및 대도시내 법인 설립 후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 취득세와 등록세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 교육법에 의한 학교설립 인가를 받지 아니하고 신학교를 설치·운영해 오다가 고발당하게 됨에 따라 청구외 학교법인 설립 인가를 받아 청구외 학교법인에 이건 부동산을 증여하였으나, 허가조건에 이건 부동산을 청구외 학교법인 명의로 이전하도록 함에 따라 불가피하게 증여했을 뿐이고, 이건 부동산을 종교교육 사업에 계속 사용해 오고 있으므로 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제107조제1호, 제127조제1항제1호 및 지방세법시행령 제79조제1항제1호, 제94조제1항에 의하면 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 대하여는 취득(등록)세를 비과세하지만, 취득(등기)일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니하거나, 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지가 된 때에는 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제2항, 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호라목 및 제2호에 의하면 법인이 토지를 취득한 후 1년(비영리사업자가 취득한 토지는 3년)이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 5년 이내에 정당한 사유없이 매각하는 경우는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있는 바, 여기에서의『정당한 사유』라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26. 92누8750)고 할 것이므로, 먼저 비과세된 취득세와 등록세 등을 추징하고 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부를 살펴보면, 청구인은 종교 등을 목적사업으로 하는 비영리법인으로서 1996.10.18. 종교 및 교육사업에 사용할 목적으로 이건 부동산을 청구외 ㅇㅇ총연맹으로부터 취득하여 같은해 10.24. 소유권 이전 등기를 한 후 1997.2.12. 청구외 학교법인에 증여하였으나, 청구인의 경우 이건 부동산을 취득하기 전인 1994.4.26. 청구외 ㅇㅇ총연맹으로부터 이건 부동산을 임차하여 ㅇㅇ교를 설치·운영해 오다가 교육법에 의한 인가를 받지 아니하고 학교를 경영하였다는 이유로 고발당함에 따라학교법인을 설립하여 종교·교육사업에 사용하기 위하여 1996.10.18. 이건 부동산을 취득하였다가 1996.12.6. 청구외 학교법인 설립허가를 받은 후 1997.2.12. 이건 부동산을 청구외 학교법인에 증여한 사실을 볼 때, 비록 청구인이 이건 부동산을 취득하기 전에 별도의 학교법인을 설립하고, 당해 학교법인 명의로 이건 부동산을 취득하도록 할 수 있었음에도 이를 소홀히 한 잘못은 있으나, 이건 부동산을 당초 취득 목적대로 사용하고 있고, 더구나 청구인이 청구외 학교법인을 설립하여 이건 부동산을 종교·교육사업에 계속 사용하고 있을 뿐만 아니라 학교법인 설립허가 조건에 따라 이건 부동산에 대한 소유권을 학교법인 명의로 이전하였으므로 청구인이 이건 부동산을 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 할 것인데도 처분청에서 청구인이 이건 부동산을 직접 사용하지 아니하고 학교법인에 증여하였다는 사유만으로 비과세 하였던 취득세와 등록세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다 하겠고, 다음으로 대도시내 법인설립 후 5년이내에 취득하는 부동산 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 대하여 살펴보면, 지방세법 제138조제1항제3호 및 지방세법시행령 제102조제2항에 의하면 대도시내에서 법인 설립이후 5년이내에 취득하는 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세하도록 하고 있으나, 비과세된 등록세를 추징하고 나아가 대도시지역내 법인등기 등의 중과세 대상에 해당된다 하더라도 중과세율에 의한 등록세를 추징하기 위해서는 먼저 비과세된 등록세의 추징요건을 전제로 하므로 비과세된 등록세의 추징요건에 해당되지 아니하여 비과세된 등록세를 추징할 수 없다면 나아가 대도시지역내 법인등기 등에 대한 중과 규정인 지방세법 제138조제1항에 따른 추징도 할 수 없다(같은 취지의 대법원 판결 1993.3.23. 92누8019)할 것이므로, 비과세된 등록세의 추징요건을 갖추지 못하여 등록세 추징대상에서 제외된다면 이건 부동산이 대도시내 법인 설립이후 5년이내에 취득하는 부동산 등기에 해당되더라도 등록세 등을 중과할 수 없는데도 이건 부동산에 대하여 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1998. 5. 27. 행 정 자 치 부 장 관